Job Description P75780 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 12:14:03 GMT 2012 Rank 12 Aligned Residues 624 % Identity 16% Template d1fepa_ SCOP info Transmembrane beta-barrels Porins Ligand-gated protein channel Resolution 2.40

Show / Hide SS confidence

Show / Hide Conservation and Alignment quality

		55	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.		.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.		.	.	.	130	.	.
Predicted Secondary structure																																				.																																							.
Query SS confidence																																				.																																							.
Query Sequence		A	P	Q	Q	S	A	D	P	K	F	S	R	P	V	A	D	T	T	R	T	M	T	V	I	S	E	Q	V	I	K	D	Q	G	A	.	T	N	L	T	D	A	L	K	N	V	P	G	V	G	A	F	F	A	G	E	N	G	N	S	T	T	G	D	A	I	Y	M	R	G	A	D	T	S	.	N	S	I	Y	I	D
Query Conservation																																				.																																							.
Alig confidence														.	.	.				.																.																																							.
Template Conservation														.	.	.				.
Template Sequence		D	T	I	V	V	T	A	A	E	Q	N	L	.	.	.	Q	A	P	.	G	V	S	T	I	T	A	D	E	I	R	K	N	P	V	A	R	D	V	S	K	I	I	R	T	X	P	G	V	N	L	T	G	N	S	T	S	G	Q	R	G	N	N	R	Q	I	D	I	R	G	X	G	P	E	N	T	L	I	L	I	D
Template Known Secondary structure													T	.	.	.	T	S	T	.	T												S			S	S		T					T	T	S	T	T						S		T	T		T	T	T	T							T	T	S		G	G	G						T
Template Predicted Secondary structure														.	.	.				.
Template SS confidence
		12	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.				.	.	.		.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.
		133	.	.	.	.	.																		.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		G	I	R	D	I	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	V	S	R	D	T	F	N	T	E	Q	V	E	V	I	K	G	P	S	G	T	D	Y	G	R	S	A	P	T	G	S	I	N	M	I	S	K	Q	P	R	N	D	S	G	I	D	A	S	A	S	I	G	S	A	W	F	R
Query Conservation								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		G	K	P	V	S	S	R	N	S	V	R	Q	G	W	R	G	E	R	D	T	R	G	D	T	S	W	V	P	P	E	X	I	E	R	I	E	V	L	R	G	P	A	A	A	R	Y	G	N	G	A	A	G	G	V	V	N	I	I	T	K	K	G	S	G	E	W	H	G	S	W	D	A	Y	F	N	A	P	E	H	K
Template Known Secondary structure		T					G	G	G	G	S				T	T	S				S			S	T	T	S	S		G	G	G									T					T	T		T	T		S	S												S	S													S	S	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		88	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.
		196	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		R	G	T	L	D	V	N	Q	V	I	G	D	T	T	A	V	R	L	N	V	M	G	E	K	T	H	D	A	G	R	D	K	V	K	N	E	R	Y	G	V	A	P	S	V	A	F	G	L	G	T	A	N	R	L	Y	L	N	Y	L	H	V	T	Q	H	N	T	P	D	G	G	I	P	T	I	G	L	P	G	Y	S
Query Conservation
Alig confidence																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		E	E	G	A	T	K	R	T	N	F	S	L	T	G	P	L	G	D	E	F	S	F	R	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	L	Y	G	N	L	D	K	T	Q	A	D	A	W	D	I	N	Q	G	H	Q	S	A
Template Known Secondary structure		T	S															S	S	S					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.													T	T	T	T	T	T	T
Template Predicted Secondary structure																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		168	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190																																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.
		276	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		A	P	S	A	G	T	A	A	L	N	H	S	G	K	V	D	T	H	N	F	Y	G	T	D	S	D	Y	D	D	S	T	T	D	T	A	T	M	R	F	E	H	D	I	N	D	N	T	T	I	R	N	T	T	R	W	S	R	V	K	Q	D	Y	L	M	T	A	I	M	G	G	A	S	N	I	T	Q	P	T	S	D
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		R	A	G	T	Y	A	T	T	L	P	A	G	R	E	G	V	I	N	K	D	I	N	G	V	V	R	W	D	F	A	P	L	Q	S	L	E	L	E	A	G	Y	S	R	Q	G	N	L	Y	A	G	D	T	Q	N	T	N	S	D	S	Y	T	R	S	K	Y	G	D	E	T	N	R	L	Y	R	Q	N	Y	A	L	T
Template Known Secondary structure				G	G	G	T	T																								T	T																			S					S	S								T	T	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		213	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.
		356	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		V	N	S	W	T	W	S	R	T	A	N	T	K	D	V	S	N	K	I	L	T	N	Q	T	N	L	T	S	T	F	Y	T	G	S	I	G	H	D	V	S	T	G	V	E	F	T	R	E	T	Q	T	N	Y	G	V	N	P	V	T	L	P	A	V	N	I	Y	H	P	D	S	S	I	H	P	G	G	L	T	R	N
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		W	N	G	G	W	D	N	G	V	T	T	S	N	W	V	Q	Y	E	H	T	R	N	S	R	I	P	E	G	L	A	G	Q	D	F	V	D	I	D	L	D	D	V	X	L	H	S	E	V	N	L	P	I	D	F	L	V	N	Q	T	L	T	L	G	T	E	W	N	Q	Q	R	X	K	D	L	S	S	N	T	Q	A
Template Known Secondary structure							T	T	S																				S																										S	S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		293	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.
		436	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		G	A	N	A	N	G	Q	T	D	T	F	A	I	Y	A	F	D	T	L	Q	I	T	R	D	F	E	L	N	G	G	I	R	L	D	N	Y	H	T	E	Y	D	S	A	T	A	C	G	G	S	G	R	G	A	I	T	C	P	T	G	V	A	K	G	S	P	V	T	T	V	D	T	A	K	S	G	N	L	M	N	W
Query Conservation
Alig confidence																																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		D	R	S	P	Y	S	K	A	E	I	F	S	L	F	A	E	N	N	X	E	L	T	D	S	T	I	V	T	P	G	L	R	F	D	H	H	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	I	V	G	N	N	W	S	P
Template Known Secondary structure																							S	S	S													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	T	T
Template Predicted Secondary structure																																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.																																				.	.	.	.	440	.	.	.	.
		516	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.						.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590
Predicted Secondary structure																																											.	.	.	.	.
Query SS confidence																																											.	.	.	.	.
Query Sequence		K	A	G	A	L	Y	H	L	T	E	N	G	N	V	Y	I	N	Y	A	V	S	Q	Q	P	P	G	G	N	N	F	A	L	A	Q	S	G	S	G	N	S	A	.	.	.	.	.	N	R	T	D	F	K	P	Q	K	A	N	T	S	E	I	G	T	K	W	Q	V	L	D	K	R	L	L	L	T	A	A	L	F	R
Query Conservation																																											.	.	.	.	.
Alig confidence																																											.	.	.	.	.																						.	.
Template Conservation																																																																					.	.
Template Sequence		A	L	N	I	S	Q	G	L	G	D	D	F	T	L	K	X	G	I	A	R	A	Y	K	A	P	S	L	Y	Q	T	N	P	N	Y	I	L	Y	S	K	G	Q	G	C	Y	L	Q	G	N	D	D	L	K	A	E	T	S	I	N	K	E	I	G	L	E	F	K	R	.	.	D	G	W	L	A	G	V	T	W	F	R
Template Known Secondary structure										S	T	T																T	T	T	T		T	T						S										T	T																		.	.	T	T
Template Predicted Secondary structure																																																																					.	.
Template SS confidence
		445	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.			.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.
		591	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.												.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		T	D	I	E	N	E	V	E	Q	N	D	D	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	Y	S	Q	Y	G	K	K	R	V	E	G	Y	E	I	S	V	A	G	N	I	T	P	A	W	Q	V	I	G	G	Y	T	Q	Q	K	A	T	I	K	N	G	K	D	V	A	Q	D	G	S	S	S	L	P	Y	T	P
Query Conservation															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																											.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																																				.	.	.	.	.	.
Template Sequence		N	D	Y	R	N	K	I	E	A	G	Y	V	A	V	G	Q	N	A	V	G	T	D	L	Y	Q	W	D	N	V	P	K	A	V	V	E	G	L	E	G	S	L	N	V	P	V	S	E	T	V	X	W	T	N	N	I	T	Y	X	L	K	S	E	N	K	T	T	.	.	.	.	.	.	G	D	R	L	S	I	I	P
Template Known Secondary structure												S	S		S		B		T	T	S		B																									T	T																T	T	T	.	.	.	.	.	.				S	S
Template Predicted Secondary structure																																																																				.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.							.	.	.	.	600	.	.	.
		660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.	.	.	.	.	.	.	680	.	.	.	.	.	.	.	.	.	690	.	.	.	.	.	.	.							.	.	700	.	.	.	.	.	.	.	.	.	710	.	.	.	.	.	.	.	.	.	720	.	.	.	.	.	.	.	.	.	730	.	.	.
Predicted Secondary structure																																								.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																								.	.	.	.	.	.
Query Sequence		E	H	A	F	T	L	W	S	Q	Y	Q	A	T	D	D	I	S	V	G	A	G	A	R	Y	I	G	S	M	H	K	G	S	D	G	A	V	G	T	.	.	.	.	.	.	P	A	F	T	E	G	Y	W	V	A	D	A	K	L	G	Y	R	V	N	R	N	L	D	F	Q	L	N	V	Y	N	L	F	D	T	D	Y
Query Conservation																																								.	.	.	.	.	.
Alig confidence																																								.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		E	Y	T	L	N	S	T	L	S	W	Q	A	R	E	D	L	S	X	Q	T	T	F	T	W	Y	G	K	Q	Q	P	K	K	Y	N	Y	K	G	Q	P	A	V	G	P	E	T	K	E	I	S	P	Y	S	I	V	G	L	S	A	T	W	D	V	T	K	N	V	S	L	T	G	G	V	D	N	L	F	D	K	R	L
Template Known Secondary structure		S													T	T													B				S	B		T	T	S		B			G	G	G	G			B															S	S	S									S	T	T				B
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		604	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.	.	.	.	.	.	.	680	.	.	.
		734	.	.	.	.	.	740	.	.	.															.	.	.	.	.	.	750	.	.	.	.	.	.	.	.	.	760
Predicted Secondary structure												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		V	A	S	I	N	K	S	G	Y	R	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Y	H	P	G	E	P	R	T	F	L	L	T	A	N	M	H	F
Query Conservation												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		W	R	A	G	N	A	Q	T	T	G	D	L	A	G	A	N	Y	I	A	G	A	G	A	Y	T	Y	N	E	P	G	R	T	W	Y	X	S	V	N	T	H	F
Template Known Secondary structure					S		S	S					T	T	S	S	S						T	T					B
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		684	.	.	.	.	.	690	.	.	.	.	.	.	.	.	.	700	.	.	.	.	.	.	.	.	.	710	.	.	.	.	.	.	.	.	.	720	.	.	.	.