Job Description P75780 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 12:14:03 GMT 2012 Rank 14 Aligned Residues 550 % Identity 19% Template c2hdiA_ PDB info PDB header:protein transport,antimicrobial protein Chain: A: PDB Molecule:colicin i receptor; PDBTitle: crystal structure of the colicin i receptor cir from e.coli in complex2 with receptor binding domain of colicin ia. Resolution 2.50 Å

Show / Hide SS confidence

Show / Hide Conservation and Alignment quality

		55	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.		.	.	.	130	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																																										.
Query SS confidence																																																																										.
Query Sequence		A	P	Q	Q	S	A	D	P	K	F	S	R	P	V	A	D	T	T	R	T	M	T	V	I	S	E	Q	V	I	K	D	Q	G	A	T	N	L	T	D	A	L	K	N	V	P	G	V	G	A	F	F	A	G	E	N	G	N	S	T	T	G	D	A	I	Y	M	R	G	A	D	T	S	.	N	S	I	Y	I	D	G
Query Conservation																																																																										.
Alig confidence																																																										.	.	.	.	.												.
Template Conservation																																																										.	.	.	.	.
Template Sequence		E	T	M	V	V	T	A	S	S	V	E	Q	N	L	K	D	A	P	A	S	I	S	V	I	T	Q	E	D	L	Q	R	K	P	V	Q	N	L	K	D	V	L	K	E	V	P	G	V	Q	L	T	N	E	G	D	N	R	.	.	.	.	.	K	G	V	S	I	R	G	L	D	S	S	Y	T	L	I	L	V	D	G
Template Known Secondary structure						S	S	S	S	S	S				G	G	G		S	S												S	S			S	S	T					T	T	S	T	T							S	S	S		.	.	.	.	.						T	T	B		G	G	G						T	T
Template Predicted Secondary structure																																																										.	.	.	.	.
Template SS confidence
		31	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.						.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.
		134	.	.	.	.												.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.
Predicted Secondary structure							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		I	R	D	I	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	V	S	R	D	T	F	N	T	E	Q	V	E	V	I	K	G	P	S	G	T	D	Y	G	R	S	A	P	T	G	S	I	N	M	I	S	K	Q	P	R	N	D	S	G	I	D	A	S	A	S	I	G	S	A	W	F	R	R	G	T	L	D	V	N
Query Conservation							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		K	R	V	N	S	R	N	A	V	F	R	H	N	D	F	D	L	N	W	I	P	V	D	S	I	E	R	I	E	V	V	R	G	P	M	S	S	L	Y	G	S	D	A	L	G	G	V	V	N	I	I	T	K	K	I	G	Q	K	W	S	G	T	V	T	V	D	T	T	I	Q	E	H	R	D	R	G	D	T	Y	N
Template Known Secondary structure							T	T	T			S				G	G	G	S	S	S		G	G	G									S								T	T	T	T	S												S	S													S	S	T	T	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		106	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.
		203	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		Q	V	I	G	D	T	T	A	V	R	L	N	V	M	G	E	K	T	H	D	A	G	R	D	K	V	K	N	E	R	Y	G	V	A	P	S	V	A	F	G	L	G	T	A	N	R	L	Y	L	N	Y	L	H	V	T	Q	H	N	T	P	D	G	G	I	P	T	I	G	L	P	G	Y	S	A	P	S	A	G	T	A
Query Conservation
Alig confidence																																																																									.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																																									.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		G	Q	F	F	T	S	G	P	L	I	D	G	V	L	G	M	K	A	Y	G	S	L	A	K	R	E	K	D	D	E	G	F	S	S	R	D	G	N	V	E	F	A	W	T	P	N	Q	N	H	D	F	T	A	G	Y	G	F	D	R	Q	D	R	D	S	N	R	L	E	R	Q	N	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure												T	T	T																																S	S	T	T																								.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																																																									.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		186	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.
		283	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		A	L	N	H	S	G	K	V	D	T	H	N	F	Y	G	T	D	S	D	Y	D	D	S	T	T	D	T	A	T	M	R	F	E	H	D	I	N	D	N	T	T	I	R	N	T	T	R	W	S	R	V	K	Q	D	Y	L	M	T	A	I	M	G	G	A	S	N	I	T	Q	P	T	S	D	V	N	S	W	T	W	S
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Y	S
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
																																																																																277	.
		363	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		R	T	A	N	T	K	D	V	S	N	K	I	L	T	N	Q	T	N	L	T	S	T	F	Y	T	G	S	I	G	H	D	V	S	T	G	V	E	F	T	R	E	T	Q	T	N	Y	G	V	N	P	V	T	L	P	A	V	N	I	Y	H	P	D	S	S	I	H	P	G	G	L	T	R	N	G	A	N	A	N	G	Q
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		V	S	H	N	G	R	W	D	Y	G	T	S	E	L	K	Y	Y	G	E	K	V	E	N	K	N	P	G	N	S	S	P	I	T	S	E	S	N	T	V	D	G	K	Y	T	L	P	L	T	A	I	N	Q	F	L	T	V	G	G	E	M	R	H	D	K	M	S	D	A	V	N	L	T	G	G	T	S	S	K	T	S
Template Known Secondary structure									S	S																	T	T	S	S	S																		G	G	G	T																	G	G	G	B	S	S		T	T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		279	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.
		443	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		T	D	T	F	A	I	Y	A	F	D	T	L	Q	I	T	R	D	F	E	L	N	G	G	I	R	L	D	N	Y	H	T	E	Y	D	S	A	T	A	C	G	G	S	G	R	G	A	I	T	C	P	T	G	V	A	K	G	S	P	V	T	T	V	D	T	A	K	S	G	N	L	M	N	W	K	A	G	A	L	Y	H
Query Conservation
Alig confidence																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		A	S	Q	Y	A	L	F	V	E	D	E	W	R	I	F	E	P	L	A	L	T	T	G	V	R	M	D	D	H	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	E	T	Y	G	E	H	W	S	P	R	A	Y	L	V	Y	N
Template Known Secondary structure																	T	T													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	T	T
Template Predicted Secondary structure																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		359	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.																																				.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.
		523	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.						.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.				580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																				.	.	.	.	.																								.	.	.
Query SS confidence																																				.	.	.	.	.																								.	.	.
Query Sequence		L	T	E	N	G	N	V	Y	I	N	Y	A	V	S	Q	Q	P	P	G	G	N	N	F	A	L	A	Q	S	G	S	G	N	S	A	.	.	.	.	.	N	R	T	D	F	K	P	Q	K	A	N	T	S	E	I	G	T	K	W	Q	V	L	D	.	.	.	K	R	L	L	L	T	A	A	L	F	R	T	D	I	E
Query Conservation																																				.	.	.	.	.																								.	.	.
Alig confidence																																				.	.	.	.	.																								.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		A	T	D	T	V	T	V	K	G	G	W	A	T	A	F	K	A	P	S	L	L	Q	L	S	P	D	W	T	S	N	S	C	R	G	A	C	K	I	V	G	S	P	D	L	K	P	E	T	S	E	S	W	E	L	G	L	Y	Y	M	G	E	E	G	W	L	E	G	V	E	S	S	V	T	V	F	R	N	D	V	K
Template Known Secondary structure		S	S	S	S																					T	T	B					G	G	G	T							T	T																			S	G	G	G	T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		404	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.
		595	.	.	.	.	600	.	.																											.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		N	E	V	E	Q	N	D	D	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	T	Y	S	Q	Y	G	K	K	R	V	E	G	Y	E	I	S	V	A	G	N	I	T	P	A	W	Q	V	I	G	G	Y	T	Q	Q	K	A	T	I	K	N	G	K	D	V	A
Query Conservation										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																												.	.	.
Template Conservation																																																																															.	.	.
Template Sequence		D	R	I	S	I	S	R	T	S	D	V	N	A	A	P	G	Y	Q	N	F	V	G	F	E	T	G	A	N	G	R	R	I	P	V	F	S	Y	Y	N	V	N	K	A	R	I	Q	G	V	E	T	E	L	K	I	P	F	N	D	E	W	K	L	S	I	N	Y	T	Y	N	D	G	R	D	V	S	N	G	.	.	.
Template Known Secondary structure										S		T	T	T	G	G	G	S	T	T								T	T	S	S																											S	S	S																	T	T	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																																																															.	.	.
Template SS confidence
		484	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560
		649	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.			.	.	.	.	.	.	.	680	.	.	.	.	.	.	.	.	.	690	.	.	.	.	.	.	.	.	.	700	.	.	.	.	.	.	.	.	.	710	.	.	.	.	.	.	.	.	.	720	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																										.	.
Query SS confidence																										.	.
Query Sequence		Q	D	G	S	S	S	L	P	Y	T	P	E	H	A	F	T	L	W	S	Q	Y	Q	A	T	.	.	D	D	I	S	V	G	A	G	A	R	Y	I	G	S	M	H	K	G	S	D	G	A	V	G	T	P	A	F	T	E	G	Y	W	V	A	D	A	K	L	G	Y	R	V	N	R	N	L	D	F	Q	L	N	V	Y
Query Conservation																										.	.
Alig confidence		.	.																							.	.																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.																																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	E	N	K	P	L	S	D	L	P	F	H	T	A	N	G	T	L	D	W	K	P	L	A	L	E	D	W	S	M	Y	M	S	G	H	Y	T	G	Q	K	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	G	Y	T	I	W	N	T	G	A	A	W	Q	V	T	K	D	V	K	L	R	A	G	V	L
Template Known Secondary structure		.	.																						S	S		T	T														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																T	T
Template Predicted Secondary structure		.	.																																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
				561	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.															600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.
		727	.	.	730	.	.	.	.	.	.	.	.	.	740	.	.	.	.	.	.	.	.	.	750	.	.	.	.	.	.	.	.	.	760
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		N	L	F	D	T	D	Y	V	A	S	I	N	K	S	G	Y	R	Y	H	P	G	E	P	R	T	F	L	L	T	A	N	M	H	F
Query Conservation
Alig confidence										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		N	L	G	D	K	D	L	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	R	N	E	D	G	R	R	Y	F	M	A	V	D	Y	R	F
Template Known Secondary structure		S	T	T						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		635	.	.	.	.	640	.	.											.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.