Job Description P37624 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 11:55:58 GMT 2012 Rank 7 Aligned Residues 462 % Identity 26% Template c3pihA_ PDB info PDB header:hydrolase/dna Chain: A: PDB Molecule:uvrabc system protein a; PDBTitle: t. maritima uvra in complex with fluorescein-modified dna Resolution 2.90 Å

Show / Hide SS confidence

Show / Hide Conservation and Alignment quality

		16	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.														.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70
Predicted Secondary structure																																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		A	G	V	S	Q	H	Y	G	K	T	V	A	L	N	N	I	T	L	D	I	P	A	R	C	M	V	G	L	I	G	P	D	G	V	G	K	S	S	L	L	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	L	I	S	G	A	R	V	I	E	Q	G	N	V	M	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation																																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		N	E	I	V	V	K	G	A	R	V	H	N	L	K	N	I	T	V	R	I	P	K	N	R	L	V	V	I	T	G	V	S	G	S	G	K	S	S	L	A	M	D	T	I	Y	A	E	G	Q	R	R	Y	L	E	S	L	S	T	Y	K	K	P	D	V	D	E	I	E	G	L	S	P	A	I	A	I	D	Q	K	T
Template Known Secondary structure								S	B		S	T	T			S	B						T	T	S							S	T	T	S	S	S					T	T	T											T	T	S							S		S				T									S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		2	.	.	.	.	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.
																									71	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	V	L	G	G	D	M	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		S	H	N	P	R	S	T	V	G	T	V	T	E	I	Y	D	Y	L	R	V	L	Y	A	R	I	G	K	A	H	C	P	E	C	G	R	P	L	E	K	K	S	I	D	E	I	L	Q	D	L	F	N	S	F	K	E	G	S	R	I	Y	I	L	A	P	L	V	V	D	R	L	I	L	E	T	R	N	E	H	R	I
Template Known Secondary structure				S	T	T		B					T	T												S				B		T	T	T			B		B															S		T	T																		G	G	G
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		91	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170
																																																					77	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	R	D	P	K	H	R	R	D	V	C	P	R	I	A	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		L	D	S	L	E	L	A	M	R	E	G	K	G	F	V	E	I	R	N	V	D	T	G	E	S	K	I	F	S	E	N	L	M	C	P	V	C	G	I	G	F	P	E	I	T	P	K	L	F	S	F	N	S	P	Y	G	A	C	P	N	C	H	G	L	G	F	T	F	E	V	D	P	S	L	V	A	I	I	P	Y
Template Known Secondary structure													T	S							T	T	T								S	S		B		T	T	T								S	G	G	G	G		T	T	S	T	T	T	B		T	T	T	T	T	S	S							S						G	G	G
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		219	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.
																																																																91	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.													.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.													.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	W	M	P	Q	G	L	G	K	N	L	Y	H	.	.	.	.	.	.
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.													.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.													.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		R	W	D	R	R	L	S	R	W	V	A	R	E	I	E	K	R	G	V	S	P	P	E	D	V	K	E	F	I	L	Y	G	D	F	E	G	V	V	P	K	V	Q	R	W	H	R	E	T	E	M	K	E	W	L	E	K	N	F	I	V	Q	R	T	C	S	V	C	G	G	R	R	L	N	R	E	A	L	S	V	K
Template Known Secondary structure		T	T													T	T	T	T						S		T																															T	T							T	T	T		S			B		T	T	G	G	G
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		309	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.
												103	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.										.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140		.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																				.	.	.	.	.	.	.	.	.																				.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																				.	.	.	.	.	.	.	.	.																				.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	L	S	V	Y	E	N	V	D	F	F	A	R	L	F	G	H	D	K	.	.	.	.	.	.	.	.	.	A	E	R	E	V	R	I	N	E	L	L	T	S	T	G	L	A	P	F	.	R	D	R	P	A	G	K	L	S	G	G	M	K	Q	K	L	G	L	C	C	A	L
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																				.	.	.	.	.	.	.	.	.																				.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																				.	.	.	.	.	.	.	.	.								.												.
Template Conservation																																															.
Template Sequence		I	N	G	L	N	I	H	E	F	T	E	L	S	I	S	E	E	L	E	F	L	K	N	L	N	L	T	E	R	E	R	E	I	V	G	E	L	L	K	E	I	E	K	R	L	.	E	F	L	V	D	V	G	L	E	Y	L	T	L	S	R	S	A	T	T	L	S	G	G	E	S	Q	R	I	R	L	A	T	Q	I
Template Known Secondary structure			T	T									S	B										S					T	T	T	T	T	T													.					T	T	T		T	T		B	T	T	S	B	G	G	G
Template Predicted Secondary structure																																															.
Template SS confidence
		401	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.		.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		163	.	.	.	.			.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.							.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.
Predicted Secondary structure							.	.																																																							.	.	.	.	.	.
Query SS confidence							.	.																																																							.	.	.	.	.	.
Query Sequence		I	H	D	P	E	.	.	L	L	I	L	D	E	P	T	T	G	V	D	P	L	S	R	S	Q	F	W	D	L	I	D	S	I	R	Q	R	Q	S	N	M	S	V	L	V	A	T	A	Y	M	E	E	A	E	R	F	D	W	L	V	A	M	.	.	.	.	.	.	N	A	G	E	V	L	A	T	G	S	A	E	E
Query Conservation							.	.																																																							.	.	.	.	.	.
Alig confidence							.	.																														.	.																								.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																						.	.
Template Sequence		G	S	G	L	T	G	V	I	Y	V	L	D	E	P	T	I	G	L	H	P	R	D	T	E	R	L	I	K	T	L	K	K	L	R	D	L	.	.	G	N	T	V	I	V	V	E	H	D	E	E	V	I	R	N	A	D	H	I	I	D	I	G	P	G	G	G	T	N	G	G	R	V	V	F	Q	G	T	V	D	E
Template Known Secondary structure			T	T			S								T	T	T	T			G	G	G											T	T	T	T	.	.	T															T		S							S	S	S	G	G	G		S
Template Predicted Secondary structure																																						.	.
Template SS confidence
		480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.			.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.
		235	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		L	R	Q	Q	T	Q	S	A	T	L	E	E	A	F	I	N	L	L	P	Q	A	Q	R	Q	A	H	Q	A	V	V	I	P	P	Y	Q	P	E	N	A	E	I	A	I	E	A	R	D	L	T	M	R	F	G	S	F	V	A	V	D	H	V	N	F	R	I	P	R	G	E	I	F	G	F	L	G	S	N	G	C	G
Query Conservation
Alig confidence																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.															.	.	.	.	.
Template Conservation																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.															.	.	.	.	.
Template Sequence		L	L	K	N	P	D	S	S	L	T	G	E	Y	L	S	G	K	R	K	I	T	V	N	K	T	R	R	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	L	P	Y	A	S	L	K	I	K	G	V	R	H	N	.	.	.	.	.	N	L	K	N	I	D	V	E	I	P	L	G	V	F	V	C	V	T	G	V	S	G	S	G
Template Known Secondary structure					S		T	T									S	S	S						S	S			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.			S	S									S	T	.	.	.	.	.	T			S							S	S	S							S	T	T	S	S
Template Predicted Secondary structure																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.															.	.	.	.	.
Template SS confidence
		558	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.											.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.						.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.
		315	.	.	.	.		320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.		.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.
Predicted Secondary structure							.																								.																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence							.																								.																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		K	S	T	T	M	.	K	M	L	T	G	L	L	P	A	S	E	G	E	A	W	L	F	G	Q	P	V	D	P	.	K	D	I	D	T	R	R	R	V	G	Y	M	S	Q	A	F	S	L	Y	N	E	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation							.																								.																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence							.																								.																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		K	S	S	L	V	M	E	T	L	Y	P	A	L	M	N	L	L	H	K	T	K	L	P	A	G	E	F	D	S	I	E	G	H	E	N	I	D	K	M	I	A	I	D	Q	S	P	I	G	R	T	P	R	S	N	P	A	T	Y	T	K	V	F	D	E	I	R	S	L	F	A	M	T	P	A	A	K	A	R	G	Y
Template Known Secondary structure									T																				S					G	G	G									S							T	T							S	S										T	T	S						S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		623	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.	.	.	.	.	.	.	680	.	.	.	.	.	.	.	.	.	690	.	.	.	.	.	.	.	.	.	700	.	.
																																																																		364	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	L	T	V	R	Q	N	L	E	L	H	A	R	L	F	H	I
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.										.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																																											.	.	.	.	.	.
Template Sequence		N	K	S	R	F	S	F	N	L	K	G	G	R	C	E	A	C	Q	G	Q	G	Y	V	K	I	E	M	L	F	L	P	D	V	Y	V	E	C	D	V	C	K	G	K	R	Y	N	R	E	T	L	E	I	T	Y	K	G	K	N	I	S	D	I	L	D	M	T	V	D	E	A	L	E	F	.	.	.	.	.	.	F
Template Known Secondary structure			G	G	G	G		T	T	S	T	T	T	B		T	T	T	T	T	S	S							T	T	S								T	T	T	T	T	S		B		T	T	G	G	G			B	T	T	B							S	S	B								.	.	.	.	.	.	T
Template Predicted Secondary structure																																																																											.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		703	.	.	.	.	.	.	710	.	.	.	.	.	.	.	.	.	720	.	.	.	.	.	.	.	.	.	730	.	.	.	.	.	.	.	.	.	740	.	.	.	.	.	.	.	.	.	750	.	.	.	.	.	.	.	.	.	760	.	.	.	.	.	.	.	.	.	770	.	.	.	.	.							.
		380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.		.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.				.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																								.																											.	.	.
Query SS confidence																								.																											.	.	.
Query Sequence		P	E	A	E	I	P	A	R	V	A	E	M	S	E	R	F	K	L	N	D	V	E	.	D	I	L	P	E	S	L	P	L	G	I	R	Q	R	L	S	L	A	V	A	V	I	H	R	P	E	.	.	.	M	L	I	L	D	E	P	T	S	G	V	D	P	V	A	R	D	M	F	W	Q	L	M	V	D	L	S	R
Query Conservation																								.																											.	.	.
Alig confidence																								.																											.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		K	N	I	P	S	I	K	R	T	L	Q	V	L	H	D	V	G	L	G	Y	V	K	L	G	Q	P	A	T	T	L	S	G	G	E	A	Q	R	I	K	L	A	S	E	L	R	K	R	D	T	G	R	T	L	Y	I	L	D	E	P	T	V	G	L	H	F	E	D	V	R	K	L	V	E	V	L	H	R	L	V	D
Template Known Secondary structure		T	T														T	T	G	G	G	S	B	T	T			S	T	T																T	S				S	S							S	T	T	T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		777	.	.	780	.	.	.	.	.	.	.	.	.	790	.	.	.	.	.	.	.	.	.	800	.	.	.	.	.	.	.	.	.	810	.	.	.	.	.	.	.	.	.	820	.	.	.	.	.	.	.	.	.	830	.	.	.	.	.	.	.	.	.	840	.	.	.	.	.	.	.	.	.	850	.	.	.	.	.	.
		456	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480							.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.
Predicted Secondary structure																											.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																											.	.	.	.	.	.
Query Sequence		Q	D	K	V	T	I	F	I	S	T	H	F	M	N	E	A	E	R	C	D	R	I	S	L	M	.	.	.	.	.	.	H	A	G	K	V	L	A	S	G	T	P	Q	E	L	V	E	K	R	G	A	A	S
Query Conservation																											.	.	.	.	.	.
Alig confidence			.																								.	.	.	.	.	.
Template Conservation			.
Template Sequence		R	.	G	N	T	V	I	V	I	E	H	N	L	D	V	I	K	N	A	D	H	I	I	D	L	G	P	E	G	G	K	E	G	G	Y	I	V	A	T	G	T	P	E	E	I	A	K	N	P	H	S	Y	T
Template Known Secondary structure		T	.	T														T	T		S							S	S	S	G	G	G									S						S		T	T
Template Predicted Secondary structure			.
Template SS confidence
		857		.	.	860	.	.	.	.	.	.	.	.	.	870	.	.	.	.	.	.	.	.	.	880	.	.	.	.	.	.	.	.	.	890	.	.	.	.	.	.	.	.	.	900	.	.	.	.	.	.	.	.