Job Description P08204 Confidence 99.23% Date Thu Jan 5 11:00:58 GMT 2012 Rank 23 Aligned Residues 251 % Identity 20% Template d1huxa_ SCOP info Ribonuclease H-like motif Actin-like ATPase domain BadF/BadG/BcrA/BcrD-like Resolution 3.00

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		3	.	.	.	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		I	A	I	G	L	D	F	G	S	D	S	V	R	A	L	A	V	D	C	A	T	G	E	E	I	A	T	S	V	E	W	Y	P	R	W	Q	K	G	Q	F	C	D	A	P	N	N	Q	F	R	H	H	P	R	D	Y	I	E	S	M	E	A	A	L	K	T	V	L	A	E	L	S	V	E	Q	R	A	A	V	V	G
Query Conservation
Alig confidence																				.																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																					.
Template Conservation																				.																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																					.
Template Sequence		Y	T	L	G	I	D	V	G	S	T	A	S	K	C	I	I	L	K	.	D	G	K	E	I	V	A	K	S	L	V	A	V	G	T	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	S	G	P	A	R	S	I	S	E	V	L	E	N	A	H	M	K	K	E	.	D	M	A	F
Template Known Secondary structure										S	S									.	T	T	T												S	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																T			G	G	.	G		S
Template Predicted Secondary structure																				.																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																					.
Template SS confidence
		4	.	.	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.		.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.																					.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.		.	.	60	.
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Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		I	G	V	D	S	T	G	S	T	P	A	P	I	D	A	D	G	N	V	L	A	L	R	P	E	F	A	E	N	P	N	A	M	F	V	L	W	K	D	H	T	A	V	E	E	A	E	E	I	T	R	L	C	H	A	P	G	N	V	D	Y	S	R	Y	I	G	G	I	Y	S	S	E	W	F	W	A	K	I	L	H
Query Conservation
Alig confidence										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		T	L	A	T	G	Y	G	R	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure						S	T	T	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		62	.	.	.	.	.	.	.
		163	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		V	T	R	Q	D	S	A	V	A	Q	S	A	A	S	W	I	E	L	C	D	W	V	P	A	L	L	S	G	T	T	R	P	Q	D	I	R	R	G	R	C	S	A	G	H	K	S	L	W	H	E	S	W	G	G	L	P	P	A	S	F	F	D	E	L	D	P	I	L	N	R	H	L	P	S	P	L	F	T	D	T
Query Conservation
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		243	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		W	T	A	D	I	P	V	G	T	L	C	P	E	W	A	Q	R	L	G	L	P	E	S	V	V	I	S	G	G	A	F	D	C	H	M	G	A	V	G	A	G	A	Q	P	N	A	L	V	K	V	I	G	T	S	T	C	D	I	L	I	A	D	K	Q	S	V	G	E	R	A	V	K	G	I	C	G	Q	V	D	G
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	N	S	L	E	G	I	A	D	K	Q	M	S	E	L	S	C	H	A	M	G	A	S	F	I	W	P	N	V	H	T	V	I	D	I	G	G	Q	D	V	K	V	I	H	V	E	N	G	T	M	T	N	F	Q	M	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	T	T	T	T	T		S																		T	T									T	T									T	T								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
																		70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.
		323	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		S	V	V	P	G	F	I	G	L	E	A	G	Q	S	A	F	G	D	I	Y	A	W	F	G	R	V	L	G	W	P	L	E	Q	L	A	A	Q	H	P	E	L	K	T	Q	I	N	A	S	Q	K	Q	L	L	P	A	L	T	E	A	W	A	K	N	P	S	L	D	H	L	P	V	V	L	D	W	F	N	G	R	R
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.																																																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.																																																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	N	D	K	C	A	A	G	T	G	R	F	L	D	V	M	A	N	I	L	E	V	K	V	S	D	L	A	E	L	G	A	K	S	T	K	R	V	A	I	S	S	T	C	T	V	F	A	E	S	E	V	I	S	Q	L	S	K	G	T	D	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.		S	S			T	T	S												T			T	T	T						T	T			S								S														T	T			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.																																																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
										124	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.
		403	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		T	P	N	A	N	Q	R	L	K	G	V	I	T	D	L	N	L	A	T	D	A	P	L	L	F	G	G	L	I	A	A	T	A	F	G	A	R	A	I	M	E	C	F	T	D	Q	G	I	A	V	N	N	V	M	A	L	G	G	I	A	R	K	N	Q	V	I	M	Q	A	C	C	D	V	L	N	R	P	L	Q	I
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																								.	.	.	.												.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																								.	.	.	.												.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	K	I	D	I	I	A	G	I	H	R	S	V	A	S	R	V	I	G	L	A	N	R	V	.	.	.	.	G	I	V	K	D	V	V	M	T	G	G	.	V	A	Q	N	Y	G	V	R	G	A	L	E	E	G	L	G	V	E	I	K	T
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																						T	T	.	.	.	.				S	S					S	G	.	G	G	G														S
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																								.	.	.	.												.
Template SS confidence
																						184	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.					.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.		.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.
		483	.	.	.	.		.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure							.
Query SS confidence							.
Query Sequence		V	A	S	D	Q	.	C	C	A	L	G	A	A	I	F	A	A
Query Conservation							.
Alig confidence							.
Template Conservation
Template Sequence		S	P	L	A	Q	Y	N	G	A	L	G	A	A	L	Y	A	Y
Template Known Secondary structure			G	G	G	G	G
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		239	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.