Job Description P25718 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 11:42:17 GMT 2012 Rank 37 Aligned Residues 400 % Identity 21% Template c3ucqA_ PDB info PDB header:transferase Chain: A: PDB Molecule:amylosucrase; PDBTitle: crystal structure of amylosucrase from deinococcus geothermalis Resolution 1.97 Å

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		182	.	.	.	.	.			.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure								.	.
Query SS confidence								.	.
Query Sequence		A	P	F	D	W	H	.	.	N	A	T	V	Y	F	V	L	T	D	R	F	E	N	G	D	P	S	N	D	Q	S	Y	G	R	H	K	D	G	M	A	E	I	G	T	F	H	G	G	D	L	R	G	L	T	N	K	L	D	Y	L	Q	Q	L	G	V	N	A	L	W	I	S	A	P	F	E	Q	I	H	G	W	V
Query Conservation								.	.
Alig confidence								.	.													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																.	.	.	.
Template Conservation																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																.	.	.	.
Template Sequence		R	P	D	W	L	Q	R	P	E	M	V	G	Y	V	A	Y	T	D	R	F	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	A	G	T	L	K	G	V	E	E	R	L	D	Y	L	E	G	L	G	V	K	Y	L	H	L	M	P	L	L	R	P	R	.	.	.	.
Template Known Secondary structure			T	T	G	G	G	S	T	T												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.		S	S						T	T							T	T														.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																.	.	.	.
Template SS confidence
		82	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.																										.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.
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Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		G	G	G	T	K	G	D	F	P	H	Y	A	Y	H	G	Y	Y	T	Q	D	W	T	N	L	D	A	N	M	G	N	E	A	D	L	R	T	L	V	D	S	A	H	Q	R	G	I	R	I	L	F	D	V	V	M	N	H	T	G	Y	A	T	L	A	D	M	Q	E	Y	Q	F	G	A	L	Y	L	S	G	D	E	V
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.																																																																				.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.																																																																				.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	E	G	E	N	D	G	G	Y	A	V	Q	D	Y	R	A	V	R	P	D	L	G	T	M	D	D	L	S	A	L	A	R	A	L	R	G	R	G	I	S	L	V	L	D	L	V	L	N	H	V	A	R	E	H	A	W	A	Q	K	A	R	A	G	D	P	K	Y	R	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	S	S			G	G	G	T	S									G	G	G																T	T										S				T	T	S								T	T						.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.																																																																				.	.	.	.	.
Template SS confidence
										133	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		K	K	S	L	G	E	R	W	S	D	W	K	P	A	A	G	Q	T	W	H	S	F	N	D	Y	I	N	F	S	D	K	T	G	W	D	K	W	W	G	K	N	W	I	R	T	D	I	G	D	Y	D	N	P	G	F	D	D	L	T	M	S	L	A	F	L	P	D	I	K	T	E	S	T	T	A	S	G	L	P	V
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.																																		.	.	.	.	.	.																											.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.																																		.	.	.	.	.	.																											.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	A	Y	F	H	L	F	P	D	R	R	G	P	D	A	F	E	A	T	L	P	E	I	F	P	D	F	A	P	G	N	F	S	W	.	.	.	.	.	.	D	E	E	I	G	E	G	E	G	G	W	V	W	T	T	F	N	S	Y	Q	W	D	L	N	W	A	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	T	T	B				S	S	S								T	T				S		T	T	T	S		S	S				.	.	.	.	.	.		T	T	S	S	S	S	S							S	S	S	T	T				B		T	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.																																		.	.	.	.	.	.																											.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
								200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.							.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.
		420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.														.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		F	Y	K	N	K	M	D	T	H	A	K	A	I	D	G	Y	T	P	R	D	Y	L	T	H	W	L	S	Q	W	V	R	D	Y	G	I	D	G	F	R	V	D	T	A	K	H	V	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	E	L	P	A	W	Q	Q	L	K	T	E	A	S	A	A	L	R	E	W	K	K
Query Conservation																																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																	.																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																	.																																												.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	N	P	D	V	F	L	E	F	V	D	I	I	L	Y	L	A	.	N	R	G	V	E	V	F	R	L	D	A	I	A	F	I	W	K	R	L	G	T	D	C	Q	N	Q	P	E	V	H	H	L	T	R	A	L	R	A	A	A	R	I	V	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S																.	T	T	T							T	T	G	G	G	S				T	T	S		S	S	S																			.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																	.																																												.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
																259	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.		.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.
		487	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.							.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.			.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																		.	.	.	.	.	.																				.	.
Query SS confidence																																		.	.	.	.	.	.																				.	.
Query Sequence		A	N	P	D	K	A	L	D	D	K	P	F	W	M	T	G	E	A	W	G	H	G	V	M	Q	S	D	Y	Y	R	H	G	.	.	.	.	.	.	F	D	A	M	I	N	F	D	Y	Q	E	Q	A	A	K	A	V	D	C	.	.	L	A	Q	M	D	T	T	W	Q	Q	M	A	E	K	L	Q	G	F	N	V	L
Query Conservation																																		.	.	.	.	.	.																				.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.																									.	.	.	.	.	.																				.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	A	P	A	V	A	F	K	A	E	A	I	V	A	P	A	D	L	I	H	Y	L	G	T	R	A	H	H	G	K	V	S	D	M	A	Y	H	N	S	L	M	V	Q	L	W	S	S	L	A	S	R	N	T	R	L	F	E	E	A	L	R	A	F	P	P	K	P	T	S	T	T	W	G
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.		T	T															G	G	G	T			S	S	S	S			S		S																													T						T	T
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
										318	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		559	560	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		S	Y	L	S	S	H	D	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		L	Y	V	R	C	H	D	D	I	G	W	A	I	S	D	E	D	A	A	R	A	G	L	N	G	A	A	H	R	H	F	L	S	D	F	Y	S	G	Q	F	P	G	S	F	A	R	G	L	V	F	Q	Y	N	P	V	N	G	D	R	R	I	S	G	S	A	A	S	L	A	G	L	E	A	A	L	E	T	G	D	P
Template Known Secondary structure				S			S	S		B												T	T															T	T		S	T	T									S			T	T	T													T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.
				566	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600								.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.								.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.																																				.	.	.	.	.	.	.																	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.																																				.	.	.	.	.	.	.																	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	T	R	L	F	R	E	G	G	D	K	A	A	E	L	L	L	L	A	P	G	A	V	Q	I	F	Y	G	D	E	S	S	R	P	F	G	.	.	.	.	.	.	.	P	T	G	S	D	P	L	Q	G	T	R	S	D	M	N	W	.	.	.	.	.	.	.	Q	D	V	S	G	K	S	A	A	S	V	A	H
Query Conservation		.	.																																				.	.	.	.	.	.	.																	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.																																				.	.	.	.	.	.	.																	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		G	R	I	E	D	A	V	R	R	L	L	L	L	H	T	V	I	L	G	F	G	G	V	P	L	L	Y	M	G	D	E	L	A	L	L	N	D	Y	A	F	E	D	V	P	E	H	A	P	D	N	R	W	V	H	R	P	Q	M	D	W	A	L	A	E	R	V	R	Q	E	P	S	S	P	A	G	R	V	N	T	G
Template Known Secondary structure																					S	S	S						T	T	G	G	G	T					G	G	G	G	G	S	T	T	T	T	T		G	G	G	G	G																T	T	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.				.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.
Predicted Secondary structure																												.	.	.
Query SS confidence																												.	.	.
Query Sequence		W	Q	K	I	S	Q	F	R	A	R	H	P	A	I	G	A	G	K	Q	T	T	L	L	L	K	Q	.	.	.	G	Y	G	F	V	R	E	H	G	D	D	K	V	L	V	V	W	A
Query Conservation																												.	.	.
Alig confidence																												.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		L	R	H	L	L	R	V	R	R	D	T	P	Q	L	H	A	S	I	E	S	Q	V	L	P	S	P	D	S	R	A	L	L	L	R	R	D	H	P	L	G	G	M	V	Q	V	Y	N
Template Known Secondary structure											T		G	G	G		T	T	S								S	S	T	T									T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.