Job Description P25718 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 11:42:17 GMT 2012 Rank 60 Aligned Residues 455 % Identity 18% Template c3amkA_ PDB info PDB header:transferase Chain: A: PDB Molecule:os06g0726400 protein; PDBTitle: structure of the starch branching enzyme i (bei) from oryza sativa l Resolution 1.90 Å

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		88	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.						.	.	.	.	.	.	.	.							140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																														.	.	.	.	.									.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																														.	.	.	.	.									.	.	.	.	.	.
Query Sequence		G	E	Y	T	L	Q	I	D	T	R	S	G	T	P	T	L	M	I	S	I	Q	N	A	A	E	P	V	A	S	L	V	R	E	C	P	K	W	D	G	L	P	L	T	V	.	.	.	.	.	D	V	S	A	T	F	P	E	.	.	.	.	.	.	G	A	A	V	R	D	Y	Y	S	Q	Q	I	A	I	V	K	N
Query Conservation																																														.	.	.	.	.									.	.	.	.	.	.
Alig confidence											.	.	.	.																																.	.	.	.	.									.	.	.	.	.	.
Template Conservation											.	.	.	.
Template Sequence		L	K	F	G	I	N	T	V	D	.	.	.	.	G	A	T	I	Y	R	E	W	A	P	A	A	Q	E	A	Q	L	I	G	E	F	N	N	W	N	G	A	K	H	K	M	E	K	D	K	F	G	I	W	S	I	K	I	S	H	V	N	G	K	P	A	I	P	H	N	S	K	V	K	F	R	F	R	H	G	G	G
Template Known Secondary structure		G	T	S						T	.	.	.	.	T									T	T		S							G	G	G	T	T			T	T	S	B					T	T	S									B	T	T	B		S	S		T	T										T	T
Template Predicted Secondary structure											.	.	.	.
Template SS confidence
		56	.	.	.	60	.	.	.	.					.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.
		157	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.							180	.	.	.	.	.	.												.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																									.	.	.	.	.	.								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																									.	.	.	.	.	.								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		G	Q	I	M	L	Q	P	A	A	T	S	N	G	L	L	L	L	E	R	A	E	T	D	.	.	.	.	.	.	T	S	A	P	F	D	W	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	H	N	A	T	V	Y	F	V	L	T	D	R	F	E	N	G	D	P	S	N	D	Q	S	Y	G	R	H	K	D	G	M	A	E
Query Conservation																									.	.	.	.	.	.								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																									.	.	.	.	.	.								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.											.	.	.	.	.										.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																											.	.	.	.	.										.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		A	W	V	D	R	I	P	A	W	I	R	Y	A	T	F	D	A	S	K	F	G	A	P	Y	D	G	V	H	W	D	P	P	A	C	E	R	Y	V	F	K	H	P	R	P	P	K	P	D	A	P	R	I	Y	E	A	H	V	.	.	.	.	.	G	M	S	G	E	E	P	E	V	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		S							T	T		S						S	S	S	S	S												G	G	G	S					S							S	S								S	.	.	.	.	.	T	T		S	S	S	S	S		.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																																											.	.	.	.	.										.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		132	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.						.	190	.	.	.	.	.	.	.
		220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.		.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																	.
Query SS confidence																	.
Query Sequence		I	G	T	F	H	G	G	D	L	R	G	L	T	N	K	.	L	D	Y	L	Q	Q	L	G	V	N	A	L	W	I	S	A	P	F	E	Q	I	H	G	W	V	G	G	G	T	K	G	D	F	P	H	Y	A	Y	H	G	Y	Y	T	Q	D	W	T	N	L	D	A	N	M	G	N	E	A	D	L	R	T	L	V	D
Query Conservation																	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.										.																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	S	T	Y	R	E	F	A	D	N	V	L	P	R	I	R	A	N	N	Y	N	T	V	Q	L	M	A	I	M	E	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	H	S	Y	Y	A	S	F	G	Y	H	V	T	N	F	F	A	V	S	S	R	S	G	T	P	E	D	L	K	Y	L	V	D
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.										T							T	T								S				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.		S		G	G	G	T	T		S		S							G	G	G
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
								198	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.														.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.
		299	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		S	A	H	Q	R	G	I	R	I	L	F	D	V	V	M	N	H	T	G	Y	A	T	L	A	D	M	Q	E	Y	Q	F	G	A	L	Y	L	S	G	D	E	V	K	K	S	L	G	E	R	W	S	D	W	K	P	A	A	G	Q	T	W	H	S	F	N	D	Y	I	N	F	S	D	K	T	G	W	D	K	W	W	G
Query Conservation
Alig confidence																																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		K	A	H	S	L	G	L	R	V	L	M	D	V	V	H	S	H	A	S	N	N	V	T	D	G	L	N	G	Y	D	V	G	Q	N	T	H	E	S	Y	F	H	T	G	D	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure						T	T										S						T	T	T	S	G	G	G	G		S	S			G	G	G	S	S	B			G	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		259	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.
		379	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		K	N	W	I	R	T	D	I	G	D	Y	D	N	P	G	F	D	D	L	T	M	S	L	A	F	L	P	D	I	K	T	E	S	T	T	A	S	G	L	P	V	F	Y	K	N	K	M	D	T	H	A	K	A	I	D	G	Y	T	P	R	D	Y	L	T	H	W	L	S	Q	W	V	R	D	Y	G	I	D	G	F	R
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	R	G	Y	H	K	L	W	D	S	R	L	F	N	Y	A	N	W	E	V	L	R	F	L	L	S	N	L	R	Y	W	M	D	E	F	M	F	D	G	F	R
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	G			T	T	T	T				B		T	T	S																					S
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
																																										303	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.
		459	460	.	.	.	.	.																											.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.
Predicted Secondary structure									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		V	D	T	A	K	H	V	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	E	L	P	A	W	Q	Q	L	K	T	E	A	S	A	A	L	R	E	W	K	K	A	N	P	D	K	A	L	D	D	K	P	F	W	M	T	G	E	A	W	G	H	G	V	M	Q	S
Query Conservation									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		F	D	G	V	T	S	M	L	Y	H	H	H	G	I	N	K	G	F	T	G	N	Y	K	E	Y	F	S	L	D	T	D	V	D	A	I	V	Y	M	M	L	A	N	H	L	M	H	K	L	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	L	P	E	A	T	I	V	A	E	D	V	S	G	M	P	V	L	C
Template Known Secondary structure			T	T						B	T	T	T	T	T	T					S						S	S	T	T	B																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.		T	T								S	S			T	T	T	T
Template Predicted Secondary structure																																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		343	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390															.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.
		513	.	.				.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.					.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570
Predicted Secondary structure					.	.	.																							.	.	.	.																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence					.	.	.																							.	.	.	.																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		D	Y	Y	.	.	.	R	H	G	F	D	A	M	I	N	F	D	Y	Q	E	Q	A	A	K	A	V	D	C	.	.	.	.	L	A	Q	M	D	T	T	W	Q	Q	M	A	E	K	L	Q	G	F	N	V	L	S	Y	L	S	S	H	D	T	R	L	F	R	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation					.	.	.																							.	.	.	.																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence					.	.	.																							.	.	.	.																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		R	P	V	D	E	G	G	V	G	F	D	F	R	L	A	M	A	I	P	D	R	W	I	D	Y	L	K	N	K	E	D	R	K	W	S	M	S	E	I	V	Q	T	L	T	N	R	R	Y	T	E	K	C	I	A	Y	A	E	S	H	D	D	K	T	I	A	F	L	L	M	D	K	E	M	Y	T	G	M	S	D	L
Template Known Secondary structure		S		G	G	G	T	S				S					T	T														G	G	G													S		T	T	S				B		S														G	G	G					T	B	T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		409	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.
													571	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.		.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.				.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.				.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																		.																.	.	.																.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																		.																.	.	.																.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	E	G	G	D	K	A	A	E	L	L	L	L	A	P	G	A	V	.	Q	I	F	Y	G	D	E	S	S	R	P	F	G	P	T	.	.	.	G	S	D	P	L	Q	G	T	R	S	D	M	N	W	Q	.	.	.	D	V	S	G	K	S	A	A	S	V	A	H	W	Q	K
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																		.																.	.	.																.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																		.																.	.	.																.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		Q	P	A	S	P	T	I	N	R	G	I	A	L	Q	K	M	I	H	F	I	T	M	A	L	G	G	D	G	Y	L	N	F	M	G	N	E	F	G	H	P	E	W	I	D	F	P	R	E	G	N	N	W	S	Y	D	K	C	R	R	Q	W	S	L	V	D	T	D	H	L	R	Y	K	Y	M	N	A	F	D	Q	A
Template Known Secondary structure		S																										S	S					T	T	G	G	G	T			S							G	G	G	T	S			T	T	S	S									T	T	B	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		494	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.
		633	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.				.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.
Predicted Secondary structure																					.	.	.
Query SS confidence																					.	.	.
Query Sequence		I	S	Q	F	R	A	R	H	P	A	I	G	A	G	K	Q	T	T	L	.	.	.	L	L	K	Q	G	Y	G	F	V	R	E	H	G	D	D	K	V	L	V	V	W	A
Query Conservation																					.	.	.
Alig confidence																					.	.	.											.	.	.	.
Template Conservation																																		.	.	.	.
Template Sequence		M	N	A	L	E	E	E	F	S	F	L	S	S	S	K	Q	I	V	S	D	M	N	E	K	D	K	V	I	V	F	E	R	.	.	.	.	G	D	L	V	F	V	F	N
Template Known Secondary structure											G	G	G											T	T	T	T							.	.	.	.	T	T
Template Predicted Secondary structure																																		.	.	.	.
Template SS confidence
		574	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.					.	.	.	.	610	.	.	.