Job Description P25718 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 11:42:17 GMT 2012 Rank 33 Aligned Residues 472 % Identity 19% Template c2ya1A_ PDB info PDB header:hydrolase Chain: A: PDB Molecule:putative alkaline amylopullulanase; PDBTitle: product complex of a multi-modular glycogen-degrading2 pneumococcal virulence factor spua Resolution 2.25 Å

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		87	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.									.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.								.	.	.	.	.	.	150	.
Predicted Secondary structure																																		.	.	.	.	.	.	.	.																										.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																		.	.	.	.	.	.	.	.																										.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		D	G	E	Y	T	L	Q	I	D	T	R	S	G	T	P	T	L	M	I	S	I	Q	N	A	A	E	P	V	A	S	L	V	.	.	.	.	.	.	.	.	R	E	C	P	K	W	D	G	L	P	L	T	V	D	V	S	A	T	F	P	E	G	A	A	V	.	.	.	.	.	.	.	R	D	Y	Y	S	Q	Q	I
Query Conservation																																		.	.	.	.	.	.	.	.																										.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence														.	.																			.	.	.	.	.	.	.	.																										.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation														.	.
Template Sequence		D	G	K	L	G	A	D	L	K	E	E	G	.	.	K	Q	V	D	L	T	L	W	S	P	S	A	D	K	V	S	V	V	V	Y	D	K	N	D	P	D	K	V	V	G	T	V	A	L	E	K	G	E	R	G	T	W	K	Q	T	L	D	S	T	N	K	L	G	I	T	D	F	T	G	Y	Y	Y	Q	Y	Q	I
Template Known Secondary structure			S								G	G	G	.	.	T									T	T		S									S	S		T	T	S											G	G	G								T	T		S	S			S			T	T
Template Predicted Secondary structure														.	.
Template SS confidence
		448	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.			460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.
		152	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.																											.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		A	I	V	K	N	G	Q	I	M	L	Q	P	A	A	T	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	N	G	L	L	L	L	E	R	A	E	T	D	T	S	A	P	F	D	W	H	N	A	T	V	Y	F	V	L	T	D	R	F	E	N	G	D	P	S
Query Conservation																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence				.														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation				.
Template Sequence		E	R	.	Q	G	K	T	V	L	A	L	D	P	Y	A	K	S	L	A	A	W	N	S	D	D	S	K	I	D	D	A	H	K	V	A	K	A	A	F	V	D	P	A	K	L	G	P	Q	D	L	T	Y	G	K	I	H	N	F	K	T	R	E	D	A	V	I	Y	E	A	H	V	R	D	F	T	S	D	P	A	I
Template Known Secondary structure				.	T	T								T	T		S	S	B				B	G	G	G	T	T	S		G	G	G	S	S								G	G	G	S	S		T	T							T	T		S	S	G	G	G															G	G	G
Template Predicted Secondary structure				.
Template SS confidence
		526	.		.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.
		206	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.						.	.	.	.	.	.	.	.	280
Predicted Secondary structure																																																																				.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																																				.	.	.	.	.
Query Sequence		N	D	Q	S	Y	G	R	H	K	D	G	M	A	E	I	G	T	F	H	G	G	D	L	R	G	L	T	N	K	L	D	Y	L	Q	Q	L	G	V	N	A	L	W	I	S	A	P	F	E	Q	I	H	G	W	V	G	G	G	T	K	G	D	F	P	H	Y	A	.	.	.	.	.	Y	H	G	Y	Y	T	Q	D	W
Query Conservation																																																																				.	.	.	.	.
Alig confidence							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																		.	.	.	.	.
Template Conservation							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		A	K	D	L	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	K	P	F	G	T	F	E	A	F	I	E	K	L	D	Y	L	K	D	L	G	V	T	H	I	Q	L	L	P	V	L	S	Y	Y	F	V	N	E	L	K	N	H	E	R	L	S	D	Y	A	S	S	N	S	N	Y	N	W	G	Y	D	P	Q	N	Y
Template Known Secondary structure		T	T	T		S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S		T	T	S						T	T								T		S					S			B		B	S	S		B	G	G	G	T	T	S				S			S	S	S		S				S		S	B	S		S
Template Predicted Secondary structure							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		605	.	.	.	.													610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.
		281	.	.	.	.	.	.	.	.									290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.
Predicted Secondary structure											.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence											.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		T	N	L	D	A	N	M	G	N	.	.	.	.	.	.	.	.	E	A	D	L	R	T	L	V	D	S	A	H	Q	R	G	I	R	I	L	F	D	V	V	M	N	H	T	G	Y	A	T	L	A	D	M	Q	E	Y	Q	F	G	A	L	Y	L	S	G	D	E	V	K	K	S	L	G	E	R	W	S	D	W	K	P
Query Conservation											.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence											.	.	.	.	.	.	.	.																																																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		F	S	L	T	G	M	Y	S	S	D	P	K	N	P	E	K	R	I	A	E	F	K	N	L	I	N	E	I	H	K	R	G	M	G	A	I	L	D	V	V	Y	N	H	T	A	K	V	D	L	F	E	D	L	E	P	N	Y	Y	H	F	M	D	A	D	G	T	P	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		S	S	B		S	T	T		S		T	T		T	T															T	T	T									T	T			S							T	T	S	T	T	T	S	B		B		T	T			B	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																																																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		673	.	.	.	.	.	.	680	.	.	.	.	.	.	.	.	.	690	.	.	.	.	.	.	.	.	.	700	.	.	.	.	.	.	.	.	.	710	.	.	.	.	.	.	.	.	.	720	.	.	.	.	.	.	.	.	.	730	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		353	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		A	A	G	Q	T	W	H	S	F	N	D	Y	I	N	F	S	D	K	T	G	W	D	K	W	W	G	K	N	W	I	R	T	D	I	G	D	Y	D	N	P	G	F	D	D	L	T	M	S	L	A	F	L	P	D	I	K	T	E	S	T	T	A	S	G	L	P	V	F	Y	K	N	K	M	D	T	H	A	K	A	I
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	R	T	S	F	G	G	G	R	L	G	T
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.				T	T				B		T
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
																																																																							740	.	.	.	.	.	.	.	.	.	750
		433	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		D	G	Y	T	P	R	D	Y	L	T	H	W	L	S	Q	W	V	R	D	Y	G	I	D	G	F	R	V	D	T	A	K	H	V	E	L	P	A	W	Q	Q	L	K	T	E	A	S	A	A	L	R	E	W	K	K	A	N	P	D	K	A	L	D	D	K	P	F	W	M	T	G	E	A	W	G	H	G	V	M	Q	S
Query Conservation
Alig confidence																																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		T	H	H	M	T	K	R	L	L	I	D	S	I	K	Y	L	V	D	T	Y	K	V	D	G	F	R	F	D	M	M	G	D	H	D	A	A	S	I	E	E	A	Y	K	A	A	R	A	L	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	N	P	N	L	I	M	L	G	E	G	W	R	T	Y	A	G	D	E
Template Known Secondary structure		T	S																										T	T	G	G	G	S	B															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.		T	T									S					S	T
Template Predicted Secondary structure																																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		751	.	.	.	.	.	.	.	.	760	.	.	.	.	.	.	.	.	.	770	.	.	.	.	.	.	.	.	.	780	.	.	.	.	.	.	.	.	.	790	.	.	.	.	.	.	.	.															.	800	.	.	.	.	.	.	.	.	.	810	.	.	.	.	.	.
		513	.	.	.	.	.	.	520											.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.														.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.				.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																			.	.	.
Query SS confidence										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																			.	.	.
Query Sequence		D	Y	Y	R	H	G	F	D	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	A	M	I	N	F	D	Y	Q	E	Q	A	A	K	A	V	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	D	C	L	A	Q	M	D	T	T	W	Q	Q	M	A	E	K	L	Q	.	.	.	G	F	N	V	L	S	Y	L	S	S	H	D	T
Query Conservation										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																			.	.	.
Alig confidence										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																			.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		N	M	P	T	K	A	A	D	Q	D	W	M	K	H	T	D	T	V	A	V	F	S	D	D	I	R	N	N	L	K	S	G	Y	P	N	E	G	Q	P	A	F	I	T	G	G	K	R	D	V	N	T	I	F	K	N	L	I	A	Q	P	T	N	F	E	A	D	S	P	G	D	V	I	Q	Y	I	A	A	H	D	N
Template Known Secondary structure		T					B	S	S	G	G	G	G	G	G		S	S	S												S			T	T	S	T	T				T	T	T	T													T	T			S	S	S			S	S	G	G	G					S			S	S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		817	.	.	820	.	.	.	.	.	.	.	.	.	830	.	.	.	.	.	.	.	.	.	840	.	.	.	.	.	.	.	.	.	850	.	.	.	.	.	.	.	.	.	860	.	.	.	.	.	.	.	.	.	870	.	.	.	.	.	.	.	.	.	880	.	.	.	.	.	.	.	.	.	890	.	.	.	.	.	.
		567	.	.	570																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.
Predicted Secondary structure						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																				.	.	.	.
Query SS confidence						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																				.	.	.	.
Query Sequence		R	L	F	R	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	E	G	G	D	K	A	A	E	L	L	L	L	A	P	G	A	V	Q	I	F	Y	G	D	E	S	S	R	P	F	G	P	T	G	S	D	P	L	Q	G	T	R	S	D	M	N	W	Q	D	V	S	G	.	.	.	.
Query Conservation						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																				.	.	.	.
Alig confidence						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																				.	.	.	.													.	.	.	.
Template Conservation																																																														.	.	.	.
Template Sequence		L	T	L	F	D	I	I	A	Q	S	I	K	K	D	P	S	K	A	E	N	Y	A	E	I	H	R	R	L	R	L	G	N	L	M	V	L	T	A	Q	G	T	P	F	I	H	S	G	Q	E	Y	G	R	T	K	Q	F	R	N	P	A	.	.	.	.	Y	R	T	P	V	A	E	D	K	V	P	N	K	S	H	L
Template Known Secondary structure		S											T			T	T	S																				T	S	S	S						T	T	T	T	T	T				B				G	G	.	.	.	.	G	S	S				T	T	T			T	T
Template Predicted Secondary structure																																																														.	.	.	.
Template SS confidence
		897	.	.	900	.	.	.	.	.	.	.	.	.	910	.	.	.	.	.	.	.	.	.	920	.	.	.	.	.	.	.	.	.	930	.	.	.	.	.	.	.	.	.	940	.	.	.	.	.	.	.	.	.	950	.	.	.	.	.	.					.	.	.	960	.	.	.	.	.	.	.	.	.	970	.	.
																																										622	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	K	S	A	A	S	V	A	H	W	Q	K	I	S	Q	F	R	A	R	H	P	A	I	G	A	G	K	Q	T	T	L	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		L	R	D	K	D	G	N	P	F	D	Y	P	Y	F	I	H	D	S	Y	D	S	S	D	A	V	N	K	F	D	W	T	K	A	T	D	G	K	A	Y	P	E	N	V	K	S	R	D	Y	M	K	G	L	I	A	L	R	Q	S	T	D	A	F	R	L	K	S	L	Q	D	I	K	D	R	V	H	L	I	T	V	P
Template Known Secondary structure					T	T	S										S			T	T																T	T	T																						G	G	G	S		S												S	S		T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		973	.	.	.	.	.	.	980	.	.	.	.	.	.	.	.	.	990	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1000	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1010	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1020	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1030	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1040	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1050	.	.
								652	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.		.	.	.	.	670	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.															.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.															.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	L	L	K	Q	G	Y	G	F	V	R	E	H	G	D	.	D	K	V	L	V	V	W	A
Query Conservation		.	.	.	.	.	.															.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.															.
Template Conservation
Template Sequence		G	Q	N	G	V	E	K	E	D	V	V	I	G	Y	Q	I	T	A	P	N	G	D	I	Y	A	V	F	V	N
Template Known Secondary structure		T	S	T	T			S			S									T	T	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		1053	.	.	.	.	.	.	1060	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1070	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1080	.