Job Description P25718 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 11:42:17 GMT 2012 Rank 12 Aligned Residues 393 % Identity 27% Template c2wcsA_ PDB info PDB header:hydrolase Chain: A: PDB Molecule:alpha amylase, catalytic region; PDBTitle: crystal structure of debranching enzyme from nostoc2 punctiforme (npde) Resolution 2.80 Å

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		180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.					.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																						.	.	.	.
Query SS confidence																																						.	.	.	.
Query Sequence		T	S	A	P	F	D	W	H	N	A	T	V	Y	F	V	L	T	D	R	F	E	N	G	D	P	S	N	D	Q	S	Y	G	R	H	K	D	.	.	.	.	G	M	A	E	I	G	T	F	H	G	G	D	L	R	G	L	T	N	K	L	D	Y	L	Q	Q	L	G	V	N	A	L	W	I	S	A	P	F	E	Q	I
Query Conservation																																						.	.	.	.
Alig confidence																																						.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		I	Q	T	P	D	W	V	K	H	A	V	F	Y	Q	I	F	P	D	R	F	A	R	S	K	Q	P	R	K	R	L	L	Q	E	A	R	W	E	D	W	D	S	M	P	T	L	Q	G	Y	K	G	G	D	L	W	G	I	M	E	D	L	D	Y	I	Q	N	L	G	I	N	A	I	Y	F	T	P	I	F	Q	S	A
Template Known Secondary structure						T	T	G	G	G								G	G	G	T				S	S					S		T	T			T	T	T	G	G	G						T			S									T								T							S						S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		3	.	.	.	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.
		256	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		H	G	W	V	G	G	G	T	K	G	D	F	P	H	Y	A	Y	H	G	Y	Y	T	Q	D	W	T	N	L	D	A	N	M	G	N	E	A	D	L	R	T	L	V	D	S	A	H	Q	R	G	I	R	I	L	F	D	V	V	M	N	H	T	G	Y	A	T	L	A	D	M	Q	E	Y	Q	F	G	A	L	Y	L	S
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																													.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																													.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	N	H	R	Y	H	T	H	D	Y	Y	Q	V	D	P	M	L	G	G	N	E	A	F	K	E	L	L	D	A	A	H	Q	R	N	I	K	V	V	L	D	G	V	F	N	H	S	S	R	G	F	F	F	F	H	D	V	L	E	N	G	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	T		T	T	S									G	G	G	T															T	T										S	B			T	T	S										G	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																													.	.	.	.	.
Template SS confidence
																	83	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.
		336	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		G	D	E	V	K	K	S	L	G	E	R	W	S	D	W	K	P	A	A	G	Q	T	W	H	S	F	N	D	Y	I	N	F	S	D	K	T	G	W	D	K	W	W	G	K	N	W	I	R	T	D	I	G	D	Y	D	N	P	G	F	D	D	L	T	M	S	L	A	F	L	P	D	I	K	T	E	S	T	T	A	S
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																											.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																											.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	P	H	S	P	W	V	N	W	F	K	I	E	G	W	P	L	S	P	Y	N	G	E	F	P	A	N	Y	V	G	W	A	G	N	R	A	L	P	E	F	N	H	D	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	G		T	T	G	G	G	B		B		S	S	S			S	S			S	S			S	B		B	G	G	G		T	T	S	B	B	B		T	T	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																											.	.	.	.	.
Template SS confidence
																																			143	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.
		416	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.		.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																					.
Query SS confidence																																																					.
Query Sequence		G	L	P	V	F	Y	K	N	K	M	D	T	H	A	K	A	I	D	G	Y	T	P	R	D	Y	L	T	H	W	L	S	Q	W	V	R	D	Y	G	I	D	G	F	R	V	D	T	A	K	H	V	E	.	L	P	A	W	Q	Q	L	K	T	E	A	S	A	A	L	R	E	W	K	K	A	N	P	D	K	A	L	D
Query Conservation																																																					.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																	.																	.															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																	.																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	N	P	E	V	R	E	Y	I	M	E	I	A	E	Y	W	L	.	K	F	G	I	D	G	W	R	L	D	V	P	F	E	I	K	T	P	G	F	W	Q	E	F	R	D	R	T	K	A	I	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S																.			T								S	T	T	S				T	T													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																	.																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
																				185	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200		.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.
		495	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.																								.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.
Predicted Secondary structure																																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		D	K	P	F	W	M	T	G	E	A	W	G	H	G	V	M	Q	S	D	Y	Y	R	H	G	F	D	A	M	I	N	F	D	Y	Q	E	Q	A	A	K	A	V	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	D	C	L	A	Q	M	D	T	T	W	Q	Q	M	A	E	K
Query Conservation																																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																					.	.																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																					.	.
Template Sequence		N	P	E	A	Y	I	V	G	E	V	W	G	D	S	R	Q	W	L	D	.	.	G	T	Q	F	D	G	V	M	N	Y	L	F	A	G	P	T	I	A	F	A	A	G	D	R	V	V	L	E	Q	V	Q	S	R	D	Y	Q	P	Y	P	P	L	F	A	A	E	Y	A	T	K	I	Q	E	V	L	Q	L	Y	P	W
Template Known Secondary structure			T	T									S			G	G	G		S	.	.	S	S	S		S																T	G	G	G			S	S	S			T	T	T					S																T	S	S
Template Predicted Secondary structure																					.	.
Template SS confidence
		232	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250			.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		552	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.								.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																						.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																						.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		L	Q	G	F	N	V	L	S	Y	L	S	S	H	D	T	R	L	F	R	E	.	.	.	.	.	.	.	G	G	D	K	A	A	E	L	L	L	L	A	P	G	A	V	Q	I	F	Y	G	D	E	S	S	R	P	F	G	P	T	G	S	D	P	L	Q	G	T	R	S	D	M	N	W	Q	D	V	S	G	K	S	A
Query Conservation																						.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																						.	.	.	.	.	.	.																																			.	.	.	.	.									.	.	.
Template Conservation																																																															.	.	.	.	.									.	.	.
Template Sequence		E	I	Q	L	T	Q	L	N	L	L	A	S	H	D	T	A	R	L	M	T	I	A	G	G	D	I	A	S	V	E	L	S	T	L	L	L	L	T	F	P	G	A	P	S	I	Y	Y	G	D	E	V	G	L	P	G	G	I	D	P	D	S	.	.	.	.	.	R	R	G	F	P	E	A	N	.	.	.	W	N	Q
Template Known Secondary structure					T	T					S			T	T	S							T	T	T													T	T	S	S	S						T	T	G	G	G	T					S	S	S	S	S	.	.	.	.	.									.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																																															.	.	.	.	.									.	.	.
Template SS confidence
		310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370						.	.	.	.	.	.	.	.				.	380	.
		625	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.		.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.
Predicted Secondary structure																													.
Query SS confidence																													.
Query Sequence		A	S	V	A	H	W	Q	K	I	S	Q	F	R	A	R	H	P	A	I	G	A	G	K	Q	T	T	L	.	L	L	K	Q	G	Y	G	F	V	R	E	H	G	D	D	K	V	L	V	V	W	A
Query Conservation																													.
Alig confidence																													.
Template Conservation
Template Sequence		E	I	F	N	T	H	R	Q	L	I	T	I	R	Q	T	Y	P	A	L	R	T	G	D	Y	Q	V	L	Y	A	Q	G	Q	L	Y	L	F	A	R	T	L	G	T	E	E	L	I	I	A	I	N
Template Known Secondary structure																		T					S									T	T									T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		383	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.