Job Description P25718 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 11:42:17 GMT 2012 Rank 39 Aligned Residues 491 % Identity 18% Template c2vncB_ PDB info PDB header:hydrolase Chain: B: PDB Molecule:glycogen operon protein glgx; PDBTitle: crystal structure of glycogen debranching enzyme trex from2 sulfolobus solfataricus Resolution 3.0 Å

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		77	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.				.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.						.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																												.	.	.														.	.	.	.	.
Query SS confidence																																												.	.	.														.	.	.	.	.
Query Sequence		N	T	P	P	Q	W	R	L	F	R	D	G	E	Y	T	L	Q	I	D	T	R	S	G	T	P	T	L	M	I	S	I	Q	N	A	A	E	P	V	A	S	L	V	.	.	.	R	E	C	P	K	W	D	G	L	P	L	T	V	.	.	.	.	.	D	V	S	A	T	F	P	E	G	A	A	V	R	D	Y	Y	S
Query Conservation																																												.	.	.														.	.	.	.	.
Alig confidence																									.	.																		.	.	.														.	.	.	.	.
Template Conservation																									.	.
Template Sequence		T	R	D	R	P	L	R	P	G	D	P	Y	P	L	G	S	N	W	I	E	D	D	D	.	.	G	V	N	F	S	L	F	S	E	N	A	E	K	V	E	L	L	L	Y	S	L	T	N	Q	K	Y	P	K	E	I	I	E	V	K	N	K	T	G	D	I	W	H	V	F	V	P	G	L	R	P	G	Q	L	Y	A
Template Known Secondary structure					S			B				S		S	S						T	T	T	T	.	.									T	T		S									S	S			S	S		S										T	T								T			T	T
Template Predicted Secondary structure																									.	.
Template SS confidence
		7	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.			30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.
		149	150	.	.																	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.																																		.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		Q	Q	I	A	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	I	V	K	N	G	Q	I	M	L	Q	P	A	A	T	S	N	G	L	L	L	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	L	E	R	A	E	T	D
Query Conservation						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		Y	R	V	Y	G	P	Y	K	P	E	L	G	L	R	F	N	P	N	K	V	L	I	D	P	Y	A	K	A	I	N	G	S	V	I	W	N	D	A	V	F	G	Y	K	I	G	D	Q	N	Q	D	L	T	Y	D	E	R	D	S	G	E	Y	V	P	K	S	V	V	I	N	P	Y	F	E	W	D	D	E	D	F	I
Template Known Secondary structure										G	G	G	T					T	T	S		B			T	T		S		B		S						T	T	S	B	S	S		S	S	S	T	T	T	T	T	S							T	T	T	S														T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		85	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.
		180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.			.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																							.	.
Query SS confidence																																																							.	.
Query Sequence		T	S	A	P	F	D	W	H	N	A	T	V	Y	F	V	L	T	D	R	F	E	N	G	D	P	S	N	D	Q	S	Y	G	R	H	K	D	G	M	A	E	I	G	T	F	H	G	G	D	L	R	G	L	T	.	.	N	K	L	D	Y	L	Q	Q	L	G	V	N	A	L	W	I	S	A	P	F	E	Q	I	H	G
Query Conservation																																																							.	.
Alig confidence																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.											.	.
Template Conservation																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		K	G	K	K	V	P	L	K	D	T	V	I	Y	E	V	H	V	K	G	F	T	K	L	R	L	D	L	P	E	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	N	I	R	G	T	Y	E	G	L	A	S	E	Q	M	I	S	Y	L	K	D	L	G	I	T	T	V	E	L	M	P	V	F	H	F	I	D	Q
Template Known Secondary structure		S	S					T	T	T													S	S			S	S		T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	T	T	T	S					T	S	S										T										B		B
Template Predicted Secondary structure																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		165	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.															.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230
		258	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.								290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330
Predicted Secondary structure																																		.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																		.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		W	V	G	G	G	T	K	G	D	F	P	H	Y	A	Y	H	G	Y	Y	T	Q	D	W	T	N	L	D	A	N	M	G	N	.	.	.	.	.	.	.	E	A	D	L	R	T	L	V	D	S	A	H	Q	R	G	I	R	I	L	F	D	V	V	M	N	H	T	G	Y	A	T	L	A	D	M	Q	E	Y	Q	F	G
Query Conservation																																		.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence											.	.	.	.																				.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation											.	.	.	.
Template Sequence		R	F	L	T	D	K	G	L	T	.	.	.	.	N	Y	W	G	Y	D	P	I	N	F	F	S	P	E	C	R	Y	S	S	T	G	C	L	G	G	Q	V	L	S	F	K	K	M	V	N	E	L	H	N	A	G	I	E	V	I	I	D	V	V	Y	N	H	T	A	E	G	N	H	L	G	P	T	L	S	F	R	G
Template Known Secondary structure						T	T	S			.	.	.	.			S				B	S		S	S	S	B		G	G	G		T	T		S	S	S																	T										S			T	T		S	S	S		B		S	S
Template Predicted Secondary structure											.	.	.	.
Template SS confidence
		231	.	.	.	.	.	.	.	.					240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.
		331	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		A	L	Y	L	S	G	D	E	V	K	K	S	L	G	E	R	W	S	D	W	K	P	A	A	G	Q	T	W	H	S	F	N	D	Y	I	N	F	S	D	K	T	G	W	D	K	W	W	G	K	N	W	I	R	T	D	I	G	D	Y	D	N	P	G	F	D	D	L	T	M	S	L	A	F	L	P	D	I	K	T	E
Query Conservation
Alig confidence																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		I	D	N	T	A	Y	Y	M	L	Q	P	D	N	K	R	Y	Y	L	D	F	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	G	T	G	N	T	L	N	L	S
Template Known Secondary structure				S	T	T	T	B				T	T								S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	S	S	S			B		T	T
Template Predicted Secondary structure																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		307	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.																																																			.	.	.	330	.	.	.	.	.	.
		411	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.						.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																												.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																												.	.	.	.	.
Query Sequence		S	T	T	A	S	G	L	P	V	F	Y	K	N	K	M	D	T	H	A	K	A	I	D	G	Y	T	P	R	D	Y	L	T	H	W	L	S	Q	W	V	R	D	Y	G	I	D	G	F	R	V	D	T	A	K	H	V	E	L	P	.	.	.	.	.	A	W	Q	Q	L	K	T	E	A	S	A	A	L	R	E	W	K
Query Conservation																																																												.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																				.	.	.	.	.														.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																						.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	H	P	R	V	I	Q	M	V	L	D	S	L	R	Y	W	V	T	E	M	H	V	D	G	F	R	F	D	L	A	A	A	L	A	R	E	L	Y	S	V	N	M	L	N	T	F	F	I	A	L	Q	Q	D	P	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S																	T	T								T	T										T	T	T												S	T	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																						.	.	.	.
Template SS confidence
																									337	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		486	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520		.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.							.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																					.																																			.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																					.																																			.	.	.	.	.	.
Query Sequence		K	A	N	P	D	K	A	L	D	D	K	P	F	W	M	T	G	E	A	W	G	H	G	V	M	Q	S	D	Y	Y	R	H	G	F	D	.	A	M	I	N	F	D	Y	Q	E	Q	A	A	K	A	V	D	C	L	A	Q	M	D	T	T	W	Q	Q	M	A	E	K	L	Q	G	.	.	.	.	.	.	F	N	V	L
Query Conservation																																					.																																			.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.																												.																																			.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	I	L	S	Q	V	K	L	I	A	E	P	W	D	V	G	Q	G	G	Y	Q	V	G	N	F	P	Y	Q	W	A	E	W	N	G	K	Y	R	D	S	I	R	R	F	W	R	G	E	A	L	P	Y	S	E	I	A	N	R	L	L	G	S	P	D	I	N	N	K	T	P	F	A	S	I
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	T	T	T	T	S										S	S	S	S				S				T	T						T	T									T	T		S				T	T								T		T	T					S	G	G	G
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
										390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.
		559	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																						570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.
Predicted Secondary structure													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		S	Y	L	S	S	H	D	T	R	L	F	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	R	E	G	G	D	K	A	A	E	L	L	L	L	A	P	G	A	V	Q	I	F	Y	G	D	E	S	S	R	P	F	G	P
Query Conservation													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		N	Y	V	T	S	H	D	G	F	T	L	E	D	L	V	S	Y	N	H	N	E	A	N	G	F	N	N	Q	D	G	M	N	E	N	Y	S	W	N	C	G	D	Q	N	V	V	I	C	R	E	K	Q	K	R	N	F	M	I	T	L	L	V	S	Q	G	T	P	M	I	L	G	G	D	E	L	S	R	T	Q	R	G
Template Known Secondary structure				S			T	T	S		S	S	S	S	S	S	S					S	S	S	T	T	T	T			S		S											T	T	S	T	T					S	S							T	T	S	S	S						T	T	T	T	T	T				T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		465	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.
		602	.	.	.	.	.	.	.		610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.													.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure										.																																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence										.																																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		T	G	S	D	P	L	Q	G	.	T	R	S	D	M	N	W	Q	D	V	S	G	K	S	A	A	S	V	A	H	W	Q	K	I	S	Q	F	R	A	R	H	P	A	I	G	A	G	K	Q	T	T	L	L	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	L	K	Q	G	Y	G	F	V	R	E	H	G	D	D	K	V
Query Conservation										.																																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence										.										.																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																				.
Template Sequence		N	N	N	A	F	C	Q	D	N	E	I	T	W	F	D	W	N	L	.	D	E	R	K	S	K	F	L	E	F	V	K	K	M	I	Q	F	Y	R	A	H	P	A	F	R	R	E	R	D	V	T	F	Y	T	L	E	G	R	E	V	D	E	K	T	W	S	S	P	T	Q	L	V	I	F	V	L	E	G	D	S	F
Template Known Secondary structure			S			T	T			S	T	T	T	S				S		.		S	T	T	T	T	T												T	T		G	G	G	S	S									T	T	T					S	S	T	T	S			S
Template Predicted Secondary structure																				.
Template SS confidence
		553	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570		.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.
		669	670	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		L	V	V	W	A
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		L	I	I	L	N
Template Known Secondary structure
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		660	.	.	.	.