Job Description P25718 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 11:42:17 GMT 2012 Rank 74 Aligned Residues 325 % Identity 22% Template c2dh3A_ PDB info PDB header:transport protein, signaling protein Chain: A: PDB Molecule:4f2 cell-surface antigen heavy chain; PDBTitle: crystal structure of human ed-4f2hc Resolution 2.80 Å

Show / Hide SS confidence

Show / Hide Conservation and Alignment quality

		182	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		A	P	F	D	W	H	N	A	T	V	Y	F	V	L	T	D	R	F	E	N	G	D	P	S	N	D	Q	S	Y	G	R	H	K	D	G	M	A	E	I	G	T	F	H	G	G	D	L	R	G	L	T	N	K	L	D	Y	L	Q	Q	L	G	V	N	A	L	W	I	S	A	P	F	E	Q	I	H	G	W	V	G	G
Query Conservation
Alig confidence																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																														.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																														.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		A	Q	K	W	W	H	T	G	A	L	Y	R	I	G	D	L	Q	A	F	Q	G	H	G	A	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	N	L	A	G	L	K	G	R	L	D	Y	L	S	S	L	K	V	K	G	L	V	L	G	P	I	H	K	N	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure					G	G	G	S	S														S	S		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.		S					G	G	G						T	T	T													.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																														.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		114	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.																					.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.
		262	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		G	T	K	G	D	F	P	H	Y	A	Y	H	G	Y	Y	T	Q	D	W	T	N	L	D	A	N	M	G	N	E	A	D	L	R	T	L	V	D	S	A	H	Q	R	G	I	R	I	L	F	D	V	V	M	N	H	T	G	Y	A	T	L	A	D	M	Q	E	Y	Q	F	G	A	L	Y	L	S	G	D	E	V	K	K
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	Q	K	D	D	V	A	Q	T	D	L	L	Q	I	D	P	N	F	G	S	K	E	D	F	D	S	L	L	Q	S	A	K	K	K	S	I	R	V	I	L	D	L	T	P	N	Y	R	G	E	N	S	W	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.		T	T		S	T	T								T	T	T																T	T									T	T	T	T	S	S	S	T	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
											167	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.
		342	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		S	L	G	E	R	W	S	D	W	K	P	A	A	G	Q	T	W	H	S	F	N	D	Y	I	N	F	S	D	K	T	G	W	D	K	W	W	G	K	N	W	I	R	T	D	I	G	D	Y	D	N	P	G	F	D	D	L	T	M	S	L	A	F	L	P	D	I	K	T	E	S	T	T	A	S	G	L	P	V	F	Y
Query Conservation
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		422	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.			.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																														.	.
Query SS confidence																																														.	.
Query Sequence		K	N	K	M	D	T	H	A	K	A	I	D	G	Y	T	P	R	D	Y	L	T	H	W	L	S	Q	W	V	R	D	Y	G	I	D	G	F	R	V	D	T	A	K	H	V	.	.	E	L	P	A	W	Q	Q	L	K	T	E	A	S	A	A	L	R	E	W	K	K	A	N	P	D	K	A	L	D	D	K	P	F	W
Query Conservation																																														.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.																					.																.	.																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.																					.																																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	F	S	T	Q	V	D	T	V	A	T	K	V	K	D	A	L	E	F	W	L	.	Q	A	G	V	D	G	F	Q	V	R	D	I	E	N	L	K	D	A	S	S	F	L	A	E	W	Q	N	I	T	K	G	F	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	E	D	R	L
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	S	S	S			T															.		T	T									G	G	G	S	T	T																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.		S	S
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.																					.																																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
										218	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.		.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.															270	.	.	.	.
		500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.		.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.							.
Predicted Secondary structure															.																																																												.	.	.	.	.	.
Query SS confidence															.																																																												.	.	.	.	.	.
Query Sequence		M	T	G	E	A	W	G	H	G	V	M	Q	S	.	D	Y	Y	R	H	G	F	D	A	M	I	N	F	D	Y	Q	E	Q	A	A	K	A	V	D	C	L	A	Q	M	D	T	T	W	Q	Q	M	A	E	K	L	Q	G	F	N	V	L	S	Y	L	S	S	H	D	T	R	L	F	R	E	.	.	.	.	.	.	G
Query Conservation															.																																																												.	.	.	.	.	.
Alig confidence															.																																								.	.	.	.	.	.															.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																							.	.	.	.	.	.
Template Sequence		L	I	A	G	T	N	S	S	D	L	Q	Q	I	L	S	L	L	E	S	N	K	D	L	L	L	T	S	S	Y	L	S	D	S	G	S	T	G	E	H	T	K	S	L	V	T	Q	Y	L	N	A	T	G	N	.	.	.	.	.	.	R	W	C	S	W	S	L	S	Q	A	R	L	L	T	S	F	L	P	A	Q	L
Template Known Secondary structure							S												T	S		T	T						S	T	T				S	S		T	T													T	T	S	.	.	.	.	.	.							S		S	S	S		G	G	G	T	S		G	G	G
Template Predicted Secondary structure																																																							.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		275	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.							.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.
		573	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		G	D	K	A	A	E	L	L	L	L	A	P	G	A	V	Q	I	F	Y	G	D	E	S	S	R	P	F	G	P	T	G	S	D	P	L	Q	G	T	R	S	D	M	N	W	Q	D	V	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	K	S	A	A	S	V	A	H	W	Q	K	I	S
Query Conservation																																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																																						.	.											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																						.	.
Template Sequence		L	R	L	Y	Q	L	M	L	F	T	L	P	G	T	P	V	F	S	Y	G	D	E	I	G	L	D	A	A	A	L	P	G	Q	P	M	E	.	.	A	P	V	M	L	W	D	E	S	S	F	P	D	I	P	G	A	V	S	A	N	M	T	V	K	G	Q	S	E	D	P	G	S	L	L	S	L	F	R	R	L	S
Template Known Secondary structure												S	S	S						T	T	T	T	T	T			S	T	T	S	S	S			S	S	.	.	S					S	S	G	G	G			S	S	G	G	G			G	G	G	S								T	T	S
Template Predicted Secondary structure																																						.	.
Template SS confidence
		349	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.			.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.
		635	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.		.	.	.	.	660	.	.	.		.	.	.	.	.	.	670	.	.	.
Predicted Secondary structure																							.									.
Query SS confidence																							.									.
Query Sequence		Q	F	R	A	R	H	P	A	I	G	A	G	K	Q	T	T	L	L	L	K	Q	.	G	Y	G	F	V	R	E	H	.	G	D	D	K	V	L	V	V	W	A
Query Conservation																							.									.
Alig confidence																							.									.
Template Conservation
Template Sequence		D	Q	R	S	K	E	R	S	L	L	H	G	D	F	H	A	F	S	A	G	P	G	L	F	S	Y	I	R	H	W	D	Q	N	E	R	F	L	V	V	L	N
Template Known Secondary structure								S	T	T	T	S										T	T									T	T	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		427	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.