Job Description P25718 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 11:42:17 GMT 2012 Rank 9 Aligned Residues 497 % Identity 23% Template c2d0gA_ PDB info PDB header:hydrolase Chain: A: PDB Molecule:alpha-amylase i; PDBTitle: crystal structure of thermoactinomyces vulgaris r-47 alpha-2 amylase 1 (tvai) mutant d356n/e396q complexed with p5, a3 pullulan model oligosaccharide Resolution 2.60 Å

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		71	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		S	L	Q	P	C	S	N	T	P	P	Q	W	R	L	F	R	D	G	E	Y	T	L	Q	I	D	T	R	S	G	T	P	T	L	M	I	S	I	Q	N	A	A	E	P	V	A	S	L	V	R	E	C	P	K	W	D	G	L	P	L	T	V	D	V	S	A	T	F	P	E	G	A	A	V	R	D	Y	Y	S	Q	Q
Query Conservation
Alig confidence																		.	.	.	.	.	.	.																																					.	.
Template Conservation																		.	.	.	.	.	.	.																																					.	.
Template Sequence		A	P	E	P	T	S	T	Q	S	V	T	L	K	L	R	T	.	.	.	.	.	.	.	F	K	G	D	I	T	S	A	N	I	K	Y	W	D	T	A	D	N	A	F	H	W	V	P	M	V	W	D	S	N	D	P	T	G	T	F	.	.	D	Y	W	K	G	T	I	P	A	S	P	S	I	K	Y	Y	R	F	Q
Template Known Secondary structure			S	S			T	T										.	.	.	.	.	.	.		T	T			S									T	T	T	T														T	T	S	S		.	.											S	S
Template Predicted Secondary structure																		.	.	.	.	.	.	.																																					.	.
Template SS confidence
		23	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.								.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.			.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.
		151	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.		180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.
Predicted Secondary structure																															.																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																															.																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		I	A	I	V	K	N	G	Q	I	M	L	Q	P	A	A	T	S	N	G	L	L	L	L	E	R	A	E	T	D	.	T	S	A	P	F	D	W	H	N	A	T	V	Y	F	V	L	T	D	R	F	E	N	G	D	P	S	N	D	Q	S	Y	G	R	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation																															.																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																															.																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		I	N	D	G	T	S	T	A	W	Y	N	G	N	G	P	S	S	T	E	P	N	A	D	D	F	Y	I	I	P	N	F	K	T	P	D	W	L	K	N	G	V	M	Y	Q	I	F	P	D	R	F	Y	N	G	D	S	S	N	D	V	Q	T	G	S	Y	T	Y	N	G	T	P	T	E	K	K	A	W	G	S	S	V
Template Known Secondary structure					T	T							T	T				S	S			S	S							T	T																	G	G	G	T			S		G	G	G				T	T	S		B	S	S	S		B						T	T	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		94	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.
			213	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240		.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290
Predicted Secondary structure		.																													.
Query SS confidence		.																													.
Query Sequence		.	H	K	D	G	M	A	E	I	G	T	F	H	G	G	D	L	R	G	L	T	N	K	L	D	Y	L	Q	Q	.	L	G	V	N	A	L	W	I	S	A	P	F	E	Q	I	H	G	W	V	G	G	G	T	K	G	D	F	P	H	Y	A	Y	H	G	Y	Y	T	Q	D	W	T	N	L	D	A	N	M	G	N	E
Query Conservation		.																													.
Alig confidence		.																													.																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		Y	A	D	P	G	Y	D	N	S	L	V	F	F	G	G	D	L	A	G	I	D	Q	K	L	G	Y	I	K	K	T	L	G	A	N	I	L	Y	L	N	P	I	F	K	A	P	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	N	H	K	Y	D	T	Q	D	Y	M	A	V	D	P	A	F	G	D	N
Template Known Secondary structure		S			T	T	S		G	G	G													T						T	T	T								S						S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	S	S			S		S							T	T	T
Template Predicted Secondary structure																																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		174	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.																.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.
		291	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.					.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																.	.	.	.
Query SS confidence																.	.	.	.
Query Sequence		A	D	L	R	T	L	V	D	S	A	H	Q	R	G	.	.	.	.	I	R	I	L	F	D	V	V	M	N	H	T	G	Y	A	T	L	A	D	M	Q	E	Y	Q	F	G	A	L	Y	L	S	G	D	E	V	K	K	S	L	G	E	R	W	S	D	W	K	P	A	A	G	Q	T	W	H	S	F	N	D	Y	I	N
Query Conservation																.	.	.	.
Alig confidence																.	.	.	.																																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		S	T	L	Q	T	L	I	N	D	I	H	S	T	A	N	G	P	K	G	Y	L	I	L	D	G	V	F	N	H	T	G	D	S	H	P	W	F	D	K	Y	N	N	F	S	S	Q	G	A	Y	E	S	Q	S	S	P	W	Y	N	Y	Y	T	F	Y	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure														S	S	S	S	S											S	B			T	T	S	T	T	T		T	T			S	S	S			T	T	T		T	T		T	T	G	G	G	B				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																																																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		239	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.
		367	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		F	S	D	K	T	G	W	D	K	W	W	G	K	N	W	I	R	T	D	I	G	D	Y	D	N	P	G	F	D	D	L	T	M	S	L	A	F	L	P	D	I	K	T	E	S	T	T	A	S	G	L	P	V	F	Y	K	N	K	M	D	T	H	A	K	A	I	D	G	Y	T	P	R	D	Y	L	T	H	W	L	S
Query Conservation
Alig confidence		.												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	T	W	P	D	S	Y	A	S	F	L	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	F	N	S	L	P	K	L	N	Y	G	N	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	S	A	V	R	G	V	I	Y	N	N	S	N
Template Known Secondary structure		.		T	T	T						T	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.						B	B				S	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T								T	T	S	T	T
Template Predicted Secondary structure		.												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
			302	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.																							.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.																						.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.
							447	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.												.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	Q	W	V	R	D	Y	G	I	D	G	F	R	V	D	T	A	K	H	V	E	L	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	P	A	W	Q	Q	L	K	T	E	A	S	A	A	L	R	E	W	K	K	A	N	P	D	K	A	L	D	D	K	P	F	W	M	T	G	E	A	W	G	H	G	V	M
Query Conservation		.	.	.	.	.																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		S	V	A	K	T	Y	L	N	P	P	Y	S	V	D	G	W	R	L	N	A	A	Q	Y	V	D	A	N	G	N	N	G	S	D	V	T	N	H	Q	I	W	S	E	F	R	N	A	V	K	G	V	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	N	S	N	A	A	I	I	G	Q	Y	W	G	N	A	N	P
Template Known Secondary structure		S							S	T	T	T								T	T	G	G	G			S	T	T				S	S																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.		T	T								S	S			G	G
Template Predicted Secondary structure																																																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		338	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.															.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.
		511	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.																.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.
Predicted Secondary structure																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																							.	.	.	.
Query SS confidence																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																							.	.	.	.
Query Sequence		Q	S	D	Y	Y	R	H	G	F	D	A	M	I	N	F	D	Y	Q	E	Q	A	A	K	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	A	V	D	C	L	A	Q	M	D	T	T	W	Q	Q	M	A	E	K	L	Q	G	F	N	V	L	S	Y	L	S	S	H	D	T	R	L	F	R	E	.	.	.	.
Query Conservation																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																							.	.	.	.
Alig confidence						.																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																							.	.	.	.
Template Conservation						.
Template Sequence		W	T	A	Q	.	G	N	Q	W	D	A	A	T	N	F	D	G	F	T	Q	P	V	S	E	W	I	T	G	K	D	Y	Q	N	N	S	A	S	I	S	T	T	Q	F	D	S	W	L	R	G	T	R	A	N	Y	P	T	N	V	Q	Q	S	M	M	N	F	L	S	N	H	D	I	T	R	F	A	T	R	S	G	G
Template Known Secondary structure		G	T	T	T	.	S	S	S		S			B		T	T	T	T										S	B		T	T	S		B																	T	T	S						T	T					S			T	T	S							T	T	T
Template Predicted Secondary structure						.
Template SS confidence
		404	.	.	.		.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.
					572	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.
Query SS confidence		.	.	.
Query Sequence		.	.	.	G	G	D	K	A	A	E	L	L	L	L	A	P	G	A	V	Q	I	F	Y	G	D	E	S	S	R	P	F	G	P	T	G	S	D	P	L	Q	G	T	R	S	D	M	N	W	Q	D	V	S	G	K	S	A	A	S	V	A	H	W	Q	K	I	S	Q	F	R	A	R	H	P	A	I	G	A	G	K	Q
Query Conservation		.	.	.
Alig confidence		.	.	.																																			.	.	.	.	.									.
Template Conservation																																							.	.	.	.	.									.
Template Sequence		D	L	W	K	T	Y	L	A	L	I	F	Q	M	T	Y	V	G	T	P	T	I	Y	Y	G	D	E	Y	G	M	Q	G	G	A	D	P	D	N	.	.	.	.	.	R	R	S	F	D	W	S	Q	.	A	T	P	S	N	S	A	V	A	L	T	Q	K	L	I	T	I	R	N	Q	Y	P	A	L	R	T	G	S	F
Template Known Secondary structure														T	T	S	S	S						T	T	T	T	T	T					S	T	T	T	T	.	.	.	.	.	S					T	T	T	.	S	S	T	T	S																						S
Template Predicted Secondary structure																																							.	.	.	.	.									.
Template SS confidence
		483	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.						520	.	.	.	.	.	.	.		.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.
		649	650	.	.	.	.	.				.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.
Predicted Secondary structure									.	.	.
Query SS confidence									.	.	.
Query Sequence		T	T	L	L	L	K	Q	.	.	.	G	Y	G	F	V	R	E	H	G	D	D	K	V	L	V	V	W	A
Query Conservation									.	.	.
Alig confidence									.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		M	T	L	I	T	D	D	T	N	K	I	Y	S	Y	G	R	F	D	N	V	N	R	I	A	V	V	L	N
Template Known Secondary structure								T	T	T	T									S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		557	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.