Job Description P25718 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 11:42:17 GMT 2012 Rank 63 Aligned Residues 442 % Identity 21% Template c2by0A_ PDB info PDB header:hydrolase Chain: A: PDB Molecule:maltooligosyltrehalose trehalohydrolase; PDBTitle: is radiation damage dependent on the dose-rate used during2 macromolecular crystallography data collection Resolution 1.55 Å

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		89	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.				.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																																	.	.	.
Query SS confidence																																																																	.	.	.
Query Sequence		E	Y	T	L	Q	I	D	T	R	S	G	T	P	T	L	M	I	S	I	Q	N	A	A	E	P	V	A	S	L	V	R	E	C	P	K	W	D	G	L	P	L	T	V	D	V	S	A	T	F	P	E	G	A	A	V	R	D	Y	Y	S	Q	Q	I	.	.	.	A	I	V	K	N	G	Q	I	M	L	Q	P	A	A
Query Conservation																																																																	.	.	.
Alig confidence										.	.																																										.												.	.	.											.
Template Conservation										.	.																																										.																									.
Template Sequence		R	L	G	A	T	P	L	P	.	.	G	G	A	G	T	R	F	R	L	W	T	S	T	A	R	T	V	A	V	R	V	N	G	T	E	H	V	X	T	S	L	G	G	G	I	Y	E	L	E	L	P	.	V	G	P	G	A	R	Y	L	F	V	L	D	G	V	P	T	P	D	P	Y	A	R	F	L	.	P	D	G
Template Known Secondary structure			S						G	.	.	G	G	T									S	S		S	S						T	T										T	T							S	.			T	T								T	T						T	T		S			.	T	T
Template Predicted Secondary structure										.	.																																										.																									.
Template SS confidence
		24	.	.	.	.	.	30	.			.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.		.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.		.	.	.
		166	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.					.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.
Predicted Secondary structure																						.	.	.	.
Query SS confidence																						.	.	.	.
Query Sequence		T	S	N	G	L	L	L	L	E	R	A	E	T	D	T	S	A	P	F	D	.	.	.	.	W	H	N	A	T	V	Y	F	V	L	T	D	R	F	E	N	G	D	P	S	N	D	Q	S	Y	G	R	H	K	D	G	M	A	E	I	G	T	F	H	G	G	D	L	R	G	L	T	N	K	L	D	Y	L	Q	Q	L
Query Conservation																						.	.	.	.
Alig confidence																						.	.	.	.																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		V	H	G	E	A	E	V	V	D	F	G	T	F	D	W	T	D	A	D	W	H	G	I	K	L	A	D	C	V	F	Y	E	V	H	V	G	T	F	T	P	E	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	T	Y	R	A	A	A	E	K	L	P	Y	L	K	E	L
Template Known Secondary structure		T	T	S							T	T	S	S					T	T						G	G	G												S	S	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.		S						T	T
Template Predicted Secondary structure																																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.
		242	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		G	V	N	A	L	W	I	S	A	P	F	E	Q	I	H	G	W	V	G	G	G	T	K	G	D	F	P	H	Y	A	Y	H	G	Y	Y	T	Q	D	W	T	N	L	D	A	N	M	G	N	E	A	D	L	R	T	L	V	D	S	A	H	Q	R	G	I	R	I	L	F	D	V	V	M	N	H	T	G	Y	A	T	L
Query Conservation
Alig confidence															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		G	V	T	A	I	Q	V	X	P	L	A	A	F	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	D	G	Q	R	G	W	G	Y	D	G	A	A	F	Y	A	P	Y	A	P	Y	G	R	P	E	D	L	X	A	L	V	D	A	A	H	R	L	G	L	G	V	F	L	D	V	V	Y	N	H	F	G	P	S	G	N
Template Known Secondary structure		T													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	S	S				S	T	T									G	G	G																T	T										S				S	S	S
Template Predicted Secondary structure															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		157	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.														170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.
		322	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		A	D	M	Q	E	Y	Q	F	G	A	L	Y	L	S	G	D	E	V	K	K	S	L	G	E	R	W	S	D	W	K	P	A	A	G	Q	T	W	H	S	F	N	D	Y	I	N	F	S	D	K	T	G	W	D	K	W	W	G	K	N	W	I	R	T	D	I	G	D	Y	D	N	P	G	F	D	D	L	T	M	S	L
Query Conservation
Alig confidence																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		Y	L	S	S	Y	A	P	S	Y	F	T	D	R	F	S	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure								G	G	G								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		224	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		402	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.					.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																																		.	.	.	.
Query SS confidence																																																																		.	.	.	.
Query Sequence		A	F	L	P	D	I	K	T	E	S	T	T	A	S	G	L	P	V	F	Y	K	N	K	M	D	T	H	A	K	A	I	D	G	Y	T	P	R	D	Y	L	T	H	W	L	S	Q	W	V	R	D	Y	G	I	D	G	F	R	V	D	T	A	K	H	V	.	.	.	.	E	L	P	A	W	Q	Q	L	K	T	E	A
Query Conservation																																																																		.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																										.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	A	W	G	X	G	L	D	Y	A	E	P	H	X	R	R	Y	V	T	G	N	A	R	X	W	L	R	D	Y	H	F	D	G	L	R	L	D	A	T	P	Y	X	T	D	D	S	E	T	H	I	L	T	E	L	A	Q	E	I
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	S	S					T	T	S																					S					T	T	G	G	G					S	S	S
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
																									240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.
		478	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.													.	.	.	.	540	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		S	A	A	L	R	E	W	K	K	A	N	P	D	K	A	L	D	D	K	P	F	W	M	T	G	E	A	W	G	H	G	V	M	Q	S	D	Y	Y	R	H	G	F	D	A	M	I	N	F	D	Y	Q	E	Q	A	A	K	A	V	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	D	C	L	A	Q	M	D	T	T	W
Query Conservation																																																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																		.	.																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																		.	.
Template Sequence		H	E	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	L	G	G	T	H	L	L	L	A	E	D	H	R	N	L	P	D	.	.	L	V	T	V	N	H	L	D	G	I	W	T	D	D	F	H	H	E	T	R	V	T	L	T	G	E	Q	E	G	Y	Y	A	G	Y	R	G	G	A	E	A	L	A	Y	T	I
Template Known Secondary structure			T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T		S										S			T		.	.				T	S			S					T															S	G	G	G	G	G				S
Template Predicted Secondary structure				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																		.	.
Template SS confidence
		297	.															.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.			.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360
		546																					.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.															570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.
Predicted Secondary structure			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		Q	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Q	M	A	E	K	L	Q	G	F	N	V	L	S	Y	L	S	S	H	D	T	R	L	F	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	R	E	G	G	D	K	A	A	E	L	L	L	L	A	P	G	A	V	Q	I	F	Y
Query Conservation			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		R	R	G	W	R	Y	E	G	Q	F	W	A	V	K	G	E	E	H	E	R	G	H	P	S	D	A	L	E	A	P	N	F	V	Y	C	I	Q	N	H	D	Q	I	G	N	R	P	L	G	E	R	L	H	Q	S	D	G	V	T	L	H	E	Y	R	G	A	A	A	L	L	L	T	L	P	X	T	P	L	L	F	Q
Template Known Secondary structure				S	S	S									T	T										T	T			G	G	G					S								T	S	T	T				G	G	G	S	T	T																S	S	S						T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		361	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440
		592	.	.	.	.	.	.																										.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620		.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																							.
Query SS confidence									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																							.
Query Sequence		G	D	E	S	S	R	P	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	F	G	P	T	G	S	D	P	L	Q	G	T	R	S	D	M	N	W	Q	D	V	S	.	G	K	S	A	A	S	V	A	H	W	Q	K	I	S	Q	F	R	A	R	H	P	A	I	G	A
Query Conservation									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																							.
Alig confidence									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																							.
Template Conservation
Template Sequence		G	Q	E	W	A	A	S	T	P	F	Q	F	F	S	D	H	A	G	E	L	G	Q	A	V	S	E	G	R	K	K	E	F	D	V	P	D	P	Q	A	E	Q	T	F	L	N	S	K	L	N	W	A	E	R	E	G	G	E	H	A	R	T	L	R	L	Y	R	D	L	L	R	L	R	R	E	D	P	V	L	H	N
Template Known Secondary structure		T	G	G	G	T		S	S																													T	T	S							T	S			G	G	G	G	G	S																					T	T	T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		441	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520
		646	.	.	.	650	.				.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.
Predicted Secondary structure								.	.	.
Query SS confidence								.	.	.
Query Sequence		G	K	Q	T	T	L	.	.	.	L	L	K	Q	G	Y	G	F	V	R	E	H	G	D	D	K	V	L	V	V	W	A
Query Conservation								.	.	.
Alig confidence								.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		R	Q	R	E	N	L	T	T	G	H	D	G	D	V	L	W	V	R	T	V	T	G	A	G	E	R	V	L	L	W	N
Template Known Secondary structure				G	G	G							T	T									T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560