Job Description P25718 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 11:42:17 GMT 2012 Rank 5 Aligned Residues 414 % Identity 26% Template c1qhoA_ PDB info PDB header:hydrolase Chain: A: PDB Molecule:alpha-amylase; PDBTitle: five-domain alpha-amylase from bacillus stearothermophilus,2 maltose/acarbose complex Resolution 1.70 Å

Show / Hide SS confidence

Show / Hide Conservation and Alignment quality

		182	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.				.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																	.	.	.
Query SS confidence																																	.	.	.
Query Sequence		A	P	F	D	W	H	N	A	T	V	Y	F	V	L	T	D	R	F	E	N	G	D	P	S	N	D	Q	S	Y	G	R	.	.	.	H	K	D	G	M	A	E	I	G	T	F	H	G	G	D	L	R	G	L	T	N	K	L	D	Y	L	Q	Q	L	G	V	N	A	L	W	I	S	A	P	F	E	Q	I	H	G	W
Query Conservation																																	.	.	.
Alig confidence																																	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		S	S	A	S	V	K	G	D	V	I	Y	Q	I	I	I	D	R	F	Y	D	G	D	T	T	N	N	N	P	A	K	S	Y	G	L	Y	D	P	T	K	S	K	W	K	M	Y	W	G	G	D	L	E	G	V	R	Q	K	L	P	Y	L	K	Q	L	G	V	T	T	I	W	L	S	P	V	L	D	N	L	D	T	L
Template Known Secondary structure		T	T	S			T	T								G	G	G	T			S		G	G	G	S	S		G	G	G	T	T		B		T	T	S		S	T	T	S	B											T								T														S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		2	.	.	.	.	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.
		259	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		V	G	G	G	T	K	G	D	F	P	H	Y	A	Y	H	G	Y	Y	T	Q	D	W	T	N	L	D	A	N	M	G	N	E	A	D	L	R	T	L	V	D	S	A	H	Q	R	G	I	R	I	L	F	D	V	V	M	N	H	T	G	Y	A	T	L	A	D	M	Q	E	Y	Q	F	G	A	L	Y	L	S	G	D	E
Query Conservation
Alig confidence					.	.	.	.	.	.
Template Conservation					.	.	.	.	.	.
Template Sequence		A	G	T	.	.	.	.	.	.	D	N	T	G	Y	H	G	Y	W	T	R	D	F	K	Q	I	E	E	H	F	G	N	W	T	T	F	D	T	L	V	N	D	A	H	Q	N	G	I	K	V	I	V	D	F	V	P	N	H	S	T	P	F	K	A	N	D	S	T	F	A	E	G	G	A	L	Y	N	N	G	T	Y
Template Known Secondary structure		S	S	T	.	.	.	.	.	.	T				T	T	S		S									T	T	T																T	T									T	T						B	T	T	B	T	T	S	T	T	T	T					T	T
Template Predicted Secondary structure					.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		82	.	.							.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.
		339	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		V	K	K	S	L	G	E	R	W	S	D	W	K	P	A	A	G	Q	T	W	H	S	F	N	D	Y	I	N	F	S	D	K	T	G	W	D	K	W	W	G	K	N	W	I	R	T	D	I	G	D	Y	D	N	P	G	F	D	D	L	T	M	S	L	A	F	L	P	D	I	K	T	E	S	T	T	A	S	G	L	P
Query Conservation
Alig confidence																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.														.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.														.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		M	G	N	Y	F	D	D	A	T	K	G	Y	F	H	H	N	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	D	I	S	N	W	D	D	R	Y	E	A	Q	W	K	N	F	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	D	P	A	G	F	S	L	A	D	L	S	Q	E	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure					S	S	S		T	T	T			B			S		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	B		S		T	T								S	B			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.		T	T	T						B		T	T	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.														.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		156	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.														.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.													190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.
		419	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		V	F	Y	K	N	K	M	D	T	H	A	K	A	I	D	G	Y	T	P	R	D	Y	L	T	H	W	L	S	Q	W	V	R	D	Y	G	I	D	G	F	R	V	D	T	A	K	H	V	E	L	P	A	W	Q	Q	L	K	T	E	A	S	A	A	L	R	E	W	K	K	A	N	P	D	K	A	L	D	D	K	P	F
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																		.																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																		.																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	N	G	T	I	A	Q	Y	L	T	D	A	A	V	Q	L	V	A	.	H	G	A	D	G	L	R	I	D	A	V	K	H	F	N	S	G	F	S	K	S	L	A	D	K	L	Y	Q	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	K	K	D	I
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S																	.	T	T							T	T	G	G	G	S															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																		.																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
																	203	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.		220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.																.	.	250	.
		499	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.							.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.					.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.		.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																				.	.	.	.	.	.																				.	.	.	.																	.
Query SS confidence																				.	.	.	.	.	.																				.	.	.	.																	.
Query Sequence		W	M	T	G	E	A	W	G	H	G	V	M	Q	S	D	Y	Y	R	.	.	.	.	.	.	H	G	F	D	A	M	I	N	F	D	Y	Q	E	Q	A	A	K	A	V	.	.	.	.	D	C	L	A	Q	M	D	T	T	W	Q	Q	M	A	E	K	.	L	Q	G	F	N	V	L	S	Y	L	S	S	H	D	T	R
Query Conservation																				.	.	.	.	.	.																				.	.	.	.																	.
Alig confidence																				.	.	.	.	.	.																				.	.	.	.																	.
Template Conservation
Template Sequence		F	L	V	G	E	W	Y	G	D	D	P	G	T	A	N	H	L	E	K	V	R	Y	A	N	N	S	G	V	N	V	L	D	F	D	L	N	T	V	I	R	N	V	F	G	T	F	T	Q	T	M	Y	D	L	N	N	M	V	N	Q	T	G	N	E	Y	K	Y	K	E	N	L	I	T	F	I	D	N	H	D	M	S
Template Known Secondary structure												T	T	S	T	T											S	S				B													T	S		S	S																	T	T	G	G	G					S			T	T	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		252	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.
		568	.	570							.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.
Predicted Secondary structure					.	.	.	.	.	.
Query SS confidence					.	.	.	.	.	.
Query Sequence		L	F	R	.	.	.	.	.	.	E	G	G	D	K	A	A	E	L	L	L	L	A	P	G	A	V	Q	I	F	Y	G	D	E	S	S	R	P	F	G	P	T	G	S	D	P	L	Q	G	T	R	S	D	M	N	W	Q	D	V	S	G	K	S	A	A	S	V	A	H	W	Q	K	I	S	Q	F	R	A	R	H	P
Query Conservation					.	.	.	.	.	.
Alig confidence					.	.	.	.	.	.																																				.	.	.	.	.									.	.	.
Template Conservation																																														.	.	.	.	.									.	.	.
Template Sequence		R	F	L	S	V	N	S	N	K	A	N	L	H	Q	A	L	A	F	I	L	T	S	R	G	T	P	S	I	Y	Y	G	T	E	Q	Y	M	A	G	G	N	D	P	Y	N	.	.	.	.	.	R	G	M	M	P	A	F	D	.	.	.	T	T	T	T	A	F	K	E	V	S	T	L	A	G	L	R	R	N	N	A
Template Known Secondary structure																							S	S	S						T	T	G	G	G	T					S	T	T	T	T	.	.	.	.	.									.	.	.	T	T	S
Template Predicted Secondary structure																																														.	.	.	.	.									.	.	.
Template SS confidence
		332	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.						.	.	.	.	380	.	.	.				.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.
		642	.	.	.	.	.	.	.	650	.		.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.
Predicted Secondary structure												.
Query SS confidence												.
Query Sequence		A	I	G	A	G	K	Q	T	T	L	.	L	L	K	Q	G	Y	G	F	V	R	E	H	G	D	D	K	V	L	V	V	W	A
Query Conservation												.
Alig confidence												.
Template Conservation
Template Sequence		A	I	Q	Y	G	T	T	T	Q	R	W	I	N	N	D	V	Y	I	Y	E	R	K	F	F	N	D	V	V	L	V	A	I	N
Template Known Secondary structure															S	S									T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		404	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.