Job Description P25718 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 11:42:17 GMT 2012 Rank 47 Aligned Residues 445 % Identity 17% Template c1m7xC_ PDB info PDB header:transferase Chain: C: PDB Molecule:1,4-alpha-glucan branching enzyme; PDBTitle: the x-ray crystallographic structure of branching enzyme Resolution 2.30 Å

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		89	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.							.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.
Predicted Secondary structure																																													.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																													.	.	.	.	.	.
Query Sequence		E	Y	T	L	Q	I	D	T	R	S	G	T	P	T	L	M	I	S	I	Q	N	A	A	E	P	V	A	S	L	V	R	E	C	P	K	W	D	G	L	P	L	T	V	.	.	.	.	.	.	D	V	S	A	T	F	P	E	G	A	A	V	R	D	Y	Y	S	Q	Q	I	A	I	V	K	N	G	Q	I	M	L	Q
Query Conservation																																													.	.	.	.	.	.
Alig confidence																																													.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		T	L	G	A	H	A	D	T	M	D	G	V	T	G	T	R	F	S	V	W	A	P	N	A	R	R	V	S	V	V	G	Q	F	N	Y	W	D	G	R	R	H	P	M	R	L	R	K	E	S	G	I	W	E	L	F	I	P	G	A	H	N	G	Q	L	Y	K	Y	E	M	I	D	A	N	G	N	L	R	L	K	S
Template Known Secondary structure		T	S	S							T	T											T	T		S							T	T	T	T	S		T	T	T	S	B					T	T	T	T								T			T	T										T	T	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		124	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.
		163	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180										.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.
Predicted Secondary structure																				.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																				.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		P	A	A	T	S	N	G	L	L	L	L	E	R	A	E	T	D	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	A	P	F	D	W	H	N	A	T	V	Y	F	V	L	T	D	R	F	E	N	G	D	P	S	N	D	Q	S	Y	G	R	H	K	D	G	M	A	E	I	G	T	F	H	G	G	D	L	R	G	L	T	N
Query Conservation																				.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																				.	.	.	.	.	.	.	.	.																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		D	P	Y	A	F	E	A	Q	T	A	S	L	I	C	G	L	P	E	K	V	V	Q	T	E	E	R	K	K	A	N	Q	F	D	A	P	I	S	I	Y	E	V	H	L	G	S	W	R	R	H	T	D	N	N	F	W	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	L	S	Y	R	E	L	A	D
Template Known Secondary structure			T	T		S	S																							T	T	S	T	T	S									G	G	G	S				T	T	T				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		204	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.																		.	260	.	.	.	.	.	.
		234	.		.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.
Predicted Secondary structure				.
Query SS confidence				.
Query Sequence		K	L	.	D	Y	L	Q	Q	L	G	V	N	A	L	W	I	S	A	P	F	E	Q	I	H	G	W	V	G	G	G	T	K	G	D	F	P	H	Y	A	Y	H	G	Y	Y	T	Q	D	W	T	N	L	D	A	N	M	G	N	E	A	D	L	R	T	L	V	D	S	A	H	Q	R	G	I	R	I	L	F	D	V	V
Query Conservation				.
Alig confidence				.																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		Q	L	V	P	Y	A	K	W	M	G	F	T	H	L	E	L	L	P	I	N	E	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	H	P	F	D	G	S	W	G	Y	Q	P	T	G	L	Y	A	P	T	R	R	F	G	T	R	D	D	F	R	Y	F	I	D	A	A	H	A	A	G	L	N	V	I	L	D	W	V
Template Known Secondary structure										T	T												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.		S		S	T	T	T	T	S	S		S							T	T	S																T	T
Template Predicted Secondary structure																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		271	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.														.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.
		313	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		M	N	H	T	G	Y	A	T	L	A	D	M	Q	E	Y	Q	F	G	A	L	Y	L	S	G	D	E	V	K	K	S	L	G	E	R	W	S	D	W	K	P	A	A	G	Q	T	W	H	S	F	N	D	Y	I	N	F	S	D	K	T	G	W	D	K	W	W	G	K	N	W	I	R	T	D	I	G	D	Y	D	N	P
Query Conservation
Alig confidence																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		P	G	H	F	P	T	D	D	F	A	L	A	E	F	D	G	T	N	L	Y	E	H	S	L	I	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		S	S	S				S	T	T	S	S	T	T	G	G	G	T	T	S	S	S					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		338	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.
		393	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																																											.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																																											.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		G	F	D	D	L	T	M	S	L	A	F	L	P	D	I	K	T	E	S	T	T	A	S	G	L	P	V	F	Y	K	N	K	M	D	T	H	A	K	A	I	D	G	Y	T	P	R	D	Y	L	T	H	W	L	S	Q	W	V	R	D	Y	G	I	D	G	F	R	V	D	T	A	K	H	V	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation																																																																											.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																					.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Y	N	Y	G	R	R	E	V	S	N	F	L	V	G	N	A	L	Y	W	I	E	R	F	G	I	D	A	L	R	V	D	A	V	A	S	M	I	Y	R	E	N	L	E
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.					S																	T	T
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
																																							375	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.
		466	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.				.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.
Predicted Secondary structure																																																				.	.	.
Query SS confidence																																																				.	.	.
Query Sequence		E	L	P	A	W	Q	Q	L	K	T	E	A	S	A	A	L	R	E	W	K	K	A	N	P	D	K	A	L	D	D	K	P	F	W	M	T	G	E	A	W	G	H	G	V	M	Q	S	D	Y	Y	.	.	.	R	H	G	F	D	A	M	I	N	F	D	Y	Q	E	Q	A	A	K	A	V	D	C	L	A	Q	M	D
Query Conservation																																																				.	.	.
Alig confidence																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																						.	.	.
Template Conservation																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		A	I	E	F	L	R	N	T	N	R	I	L	G	E	Q	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	V	S	G	A	V	T	M	A	E	E	S	T	D	F	P	G	V	S	R	P	Q	D	M	G	G	L	G	F	W	Y	K	W	N	L	G	W	M	H	D	T	L	D	Y	M	K	L	D	P	V	Y	R
Template Known Secondary structure																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	T	T								S	S			T	T	T	T	B		T	T	T	T	S	B			S																	S		T	T	T	T
Template Predicted Secondary structure																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		435	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.															450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500
		543	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.				.	.	560	.	.	.	.	.																	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.
Predicted Secondary structure																	.	.	.									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																	.	.	.									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		T	T	W	Q	Q	M	A	E	K	L	Q	G	F	N	V	.	.	.	L	S	Y	L	S	S	H	D	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	R	L	F	R	E	G	G	D	K	A	A	E	L	L	L	L	A	P	G	A	V	Q	I	F	Y	G	D	E	S	S	R	P	F	G	P	T	G
Query Conservation																	.	.	.									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																	.	.	.									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		Q	Y	H	H	D	K	L	T	F	G	I	L	Y	N	Y	T	E	N	F	V	L	P	L	S	H	D	E	V	V	H	G	K	K	S	I	L	D	R	M	P	G	D	A	W	Q	K	F	A	N	L	R	A	Y	Y	G	W	M	W	A	F	P	G	K	K	L	L	F	M	G	N	E	F	A	Q	G	R	E	W	N	H
Template Known Secondary structure		T	T	T	T	T	T	T	T	T	T	T	T	S	G	G	G	S								G	G	G	S	S	T	T				T	T	T	T			S	S																T	T	S	S	S						T	T	G	G	G	T		S	S				T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		501	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580
		604	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.										.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.		.	.	.	.	670	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.															.
Query SS confidence																																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.															.
Query Sequence		S	D	P	L	Q	G	T	R	S	D	M	N	W	Q	D	V	S	G	K	S	A	A	S	V	A	H	W	Q	K	I	S	Q	F	R	A	R	H	P	A	I	G	A	G	K	Q	T	T	L	.	.	.	.	.	.	.	.	.	L	L	K	Q	G	Y	G	F	V	R	E	H	G	D	.	D	K	V	L	V	V	W	A
Query Conservation																																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.															.
Alig confidence				.	.	.	.																																											.	.	.	.	.	.	.	.	.															.
Template Conservation				.	.	.	.
Template Sequence		D	A	.	.	.	.	S	L	D	W	H	L	L	E	G	G	D	N	W	H	H	G	V	Q	R	L	V	R	D	L	N	L	T	Y	R	H	H	K	A	M	H	E	L	D	F	D	P	Y	G	F	E	W	L	V	V	D	D	K	E	R	S	V	L	I	F	V	R	R	D	K	E	G	N	E	I	I	V	A	S	N
Template Known Secondary structure		T	S	.	.	.	.				T	T	T	T		S	S																			T	T		S	T	T	T	S	S	S	S	S	G	G	G						S			T	T	T	T									T	T	S
Template Predicted Secondary structure				.	.	.	.
Template SS confidence
		581	.					.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.