Job Description P25718 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 11:42:17 GMT 2012 Rank 6 Aligned Residues 475 % Identity 24% Template c1gviA_ PDB info PDB header:hydrolase Chain: A: PDB Molecule:maltogenic amylase; PDBTitle: thermus maltogenic amylase in complex with beta-cd Resolution 3.3 Å

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		97	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.							.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.										.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.
Predicted Secondary structure																								.	.	.	.	.	.															.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																								.	.	.	.	.	.															.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		R	S	G	T	P	T	L	M	I	S	I	Q	N	A	A	E	P	V	A	S	L	V	.	.	.	.	.	.	R	E	C	P	K	W	D	G	L	P	L	T	V	D	.	.	.	.	.	.	.	.	.	V	S	A	T	F	P	E	G	A	A	V	R	D	Y	Y	S	Q	Q	I	A	I	V	K	N	G	Q	I	M	L
Query Conservation																								.	.	.	.	.	.															.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																								.	.	.	.	.	.															.	.	.	.	.	.	.	.	.																						.
Template Conservation																																																																										.
Template Sequence		D	S	E	T	L	H	L	R	L	Q	T	K	K	N	D	V	D	H	V	E	L	L	F	G	D	P	Y	E	W	H	D	G	A	W	Q	F	Q	T	M	P	M	R	K	T	G	S	D	G	L	F	D	Y	W	L	A	E	V	K	P	P	Y	R	R	L	R	Y	G	F	V	L	R	A	.	G	G	E	K	L	V	Y
Template Known Secondary structure		S	S	S										T	T	T		S									T	T				T	T																S	S											T	T	S											.	T	T
Template Predicted Secondary structure																																																																										.
Template SS confidence
		19	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90		.	.	.	.	.	.	.
		162	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.											180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.		.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230
Predicted Secondary structure																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																		.
Query SS confidence																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																		.
Query Sequence		Q	P	A	A	T	S	N	G	L	L	L	L	E	R	A	E	T	D	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	S	A	P	F	D	W	H	N	A	T	V	Y	F	V	L	T	D	R	F	E	N	G	D	P	S	N	D	Q	S	Y	G	R	.	H	K	D	G	M	A	E	I	G	T	F	H	G	G	D	L	R	G
Query Conservation																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																		.
Alig confidence																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																		.
Template Conservation
Template Sequence		T	E	K	G	F	Y	H	E	A	P	S	D	D	T	A	Y	Y	F	C	F	P	F	L	H	R	V	D	L	F	Q	A	P	D	W	V	K	D	T	V	W	Y	Q	I	F	P	E	R	F	A	N	G	N	P	A	I	S	P	K	G	A	R	P	W	G	S	E	D	P	T	P	T	S	F	F	G	G	D	L	Q	G
Template Known Secondary structure			T	T				S	S				S		S	T	T	S								S	S	S						G	G	G	G	T								G	G	G	T				S					S	S			S				S	S				S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		98	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.
		231	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		L	T	N	K	L	D	Y	L	Q	Q	L	G	V	N	A	L	W	I	S	A	P	F	E	Q	I	H	G	W	V	G	G	G	T	K	G	D	F	P	H	Y	A	Y	H	G	Y	Y	T	Q	D	W	T	N	L	D	A	N	M	G	N	E	A	D	L	R	T	L	V	D	S	A	H	Q	R	G	I	R	I	L	F	D
Query Conservation
Alig confidence																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		I	I	D	H	L	D	Y	L	A	D	L	G	I	T	G	I	Y	L	T	P	I	F	R	A	P	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	N	H	K	Y	D	T	A	D	Y	F	E	I	D	P	H	F	G	D	K	E	T	L	K	T	L	V	K	R	C	H	E	K	G	I	R	V	M	L	D
Template Known Secondary structure					T								T										B	S		S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	S	S	T	T	S		S		T	T	S	B		T	T	T																	T
Template Predicted Secondary structure																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		178	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.																.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.
		311	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		V	V	M	N	H	T	G	Y	A	T	L	A	D	M	Q	E	Y	Q	F	G	A	L	Y	L	S	G	D	E	V	K	K	S	L	G	E	R	W	S	D	W	K	P	A	A	G	Q	T	W	H	S	F	N	D	Y	I	N	F	S	D	K	T	G	W	D	K	W	W	G	K	N	W	I	R	T	D	I	G	D	Y	D
Query Conservation
Alig confidence															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																					.	.	.	.	.	.	.																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																					.	.	.	.	.	.	.																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		A	V	F	N	H	C	G	Y	E	F	A	P	F	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Q	D	V	L	K	N	G	A	A	S	R	Y	K	D	W	F	H	I	R	E	.	.	.	.	.	.	.	F	P	L	Q	T	E	P	R	P	N	Y	D	T	F	A	F	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure					S	B			T	T					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.							G	G	G		T	T	G	G	G	B		B	S	S	.	.	.	.	.	.	.	S	S				S	S	S		S	B		B	S	S	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																					.	.	.	.	.	.	.																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		243	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.													.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.								.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.
		391	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		N	P	G	F	D	D	L	T	M	S	L	A	F	L	P	D	I	K	T	E	S	T	T	A	S	G	L	P	V	F	Y	K	N	K	M	D	T	H	A	K	A	I	D	G	Y	T	P	R	D	Y	L	T	H	W	L	S	Q	W	V	R	D	Y	G	I	D	G	F	R	V	D	T	A	K	H	V	E	L	P	A	W
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	V	P	H	M	P	K	L	N	T	A	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	H	P	E	V	K	R	Y	L	L	D	V	A	T	Y	W	I	R	E	F	D	I	D	G	W	R	L	D	V	A	N	E	I	D	H	Q	F	W
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.		T	T	S	B	B	B		T	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S																		S								T	T	G	G	G	S
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
												292	.	.	.	.	.	.	.	300	.																								.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.
		471	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.								.	.	.	.	540	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																																			.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																																			.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		Q	Q	L	K	T	E	A	S	A	A	L	R	E	W	K	K	A	N	P	D	K	A	L	D	D	K	P	F	W	M	T	G	E	A	W	G	H	G	V	M	Q	S	D	Y	Y	R	H	G	F	D	A	M	I	N	F	D	Y	Q	E	Q	A	A	K	A	V	.	.	.	.	.	.	.	D	C	L	A	Q	M	D	T
Query Conservation																																																																			.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																	.	.																								.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																	.	.
Template Sequence		R	E	F	R	Q	A	V	K	A	L	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	K	P	D	V	Y	I	L	G	L	I	W	H	D	A	M	P	.	.	W	L	R	G	D	Q	F	D	A	V	M	N	Y	P	L	A	D	A	A	L	R	F	F	A	K	E	D	M	S	A	S	E	F	A	D	R	L	M
Template Known Secondary structure												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.		T	T								S	S			T	T	.	.	T	T	T	T	T	S		S			B													T	S			S
Template Predicted Secondary structure												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																	.	.
Template SS confidence
		339	340	.	.	.	.	.	.	.	.															.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.			.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.
		544	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.								.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																														.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																														.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		T	W	Q	Q	M	A	E	K	L	Q	G	F	N	V	L	S	Y	L	S	S	H	D	T	R	L	F	R	E	.	.	.	.	.	.	.	G	G	D	K	A	A	E	L	L	L	L	A	P	G	A	V	Q	I	F	Y	G	D	E	S	S	R	P	F	G	P	T	G	S	D	P	L	Q	G	T	R	S	D	M	N	W
Query Conservation																														.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																														.	.	.	.	.	.	.																																			.	.	.	.	.
Template Conservation																																																																							.	.	.	.	.
Template Sequence		H	V	L	H	S	Y	P	K	Q	V	N	E	A	A	F	N	L	L	G	S	H	D	T	P	R	L	L	T	V	C	G	G	D	V	R	K	V	K	L	L	F	L	F	Q	L	T	F	T	G	S	P	C	I	Y	Y	G	D	E	I	G	M	T	G	G	N	D	P	E	C	.	.	.	.	.	R	K	C	M	V	W
Template Known Secondary structure					T	T	S							T		B		B	S			S	S	S								T	T														T	S	S	S						T	T	G	G	G	T					S	T	T	G	G	.	.	.	.	.	G
Template Predicted Secondary structure																																																																							.	.	.	.	.
Template SS confidence
		403	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.						.	.	.	.	.	.
		617	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.				.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.
Predicted Secondary structure																																									.	.	.
Query SS confidence																																									.	.	.
Query Sequence		Q	D	V	S	G	K	S	A	A	S	V	A	H	W	Q	K	I	S	Q	F	R	A	R	H	P	A	I	G	A	G	K	Q	T	T	L	L	L	K	Q	.	.	.	G	Y	G	F	V	R	E	H	G	D	D	K	V	L	V	V	W	A
Query Conservation																																									.	.	.
Alig confidence				.																																					.	.	.
Template Conservation				.
Template Sequence		D	P	.	E	K	Q	N	K	E	L	Y	E	H	V	K	Q	L	I	A	L	R	K	Q	Y	R	A	L	R	R	G	D	V	A	F	L	T	A	D	D	E	V	N	H	L	V	Y	A	K	T	D	G	N	E	T	V	M	I	I	I	N
Template Known Secondary structure			T	.	T	T	S																	T							S	B			B				S	S		T	T									T	T
Template Predicted Secondary structure				.
Template SS confidence
		478	.		480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.