Job Description P16431 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 11:35:07 GMT 2012 Rank 9 Aligned Residues 351 % Identity 22% Template c3myrB_ PDB info PDB header:oxidoreductase Chain: B: PDB Molecule:nickel-dependent hydrogenase large subunit; PDBTitle: crystal structure of [nife] hydrogenase from allochromatium vinosum in2 its ni-a state Resolution 2.10 Å

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		182	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		V	P	I	G	P	L	H	V	T	S	D	E	P	G	H	F	R	L	F	V	D	G	E	N	I	I	D	A	D	Y	R	L	F	Y	V	H	R	G	M	E	K	L	A	E	T	R	M	G	Y	N	E	V	T	F	L	S	D	R	V	C	G	I	C	G	F	A	H	S	T	A	Y	T	T	S	V	E	N	A	M	G
Query Conservation
Alig confidence										.																							.																	.
Template Conservation										.																							.																	.
Template Sequence		I	V	V	D	P	I	T	R	.	I	E	G	H	L	R	I	E	A	Q	M	D	G	A	T	I	A	Q	A	Y	S	S	.	G	T	M	V	R	G	I	E	T	I	L	K	G	R	D	P	.	R	D	A	W	A	F	V	Q	R	I	C	G	V	C	T	L	V	H	G	I	A	S	V	R	A	V	E	D	A	L	R
Template Known Secondary structure						S			S	.	S	B	S										T	T									.											T	T	T	S		G	.	G	G							T	T		S	T	T	T	T															T
Template Predicted Secondary structure										.																							.																	.
Template SS confidence
		1005	.	.	.	.	1010	.	.		.	.	.	.	.	.	.	1020	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1030	.	.	.	.		.	.	.	.	.	1040	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1050		.	.	.	.	.	.	.	.	.	1060	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1070	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1080	.
		262	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.
Predicted Secondary structure																																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		I	Q	V	P	E	R	A	Q	M	I	R	A	I	L	L	E	V	E	R	L	H	S	H	L	L	N	L	G	L	A	C	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation																																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		I	E	L	P	L	N	A	Q	L	I	R	N	L	M	I	G	A	Q	Y	I	H	D	H	V	M	H	F	Y	H	L	H	A	L	D	W	V	D	V	V	S	A	L	S	A	D	P	R	A	T	S	E	L	A	Q	S	I	S	A	W	P	K	S	S	P	G	Y	F	A	D	T	Q	K	R	I	K	T	F	V	E	S
Template Known Secondary structure																															T	T	G	G	G	T							T	T																	S																				T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		1082	.	.	.	.	.	.	.	1090	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1160	.
																							293	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.									.	340	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																															.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																															.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	H	F	T	G	F	D	S	G	F	M	Q	F	F	R	V	R	E	T	S	M	K	M	A	E	I	L	T	G	A	R	K	T	Y	G	L	N	L	I	G	G	I	R	R	D	L	L	.	.	.	.	.	.	.	.	K	D	D	M	I
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																															.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																				.											.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																										.
Template Sequence		G	Q	L	G	I	F	A	N	G	Y	W	G	H	P	A	Y	R	L	P	P	E	A	N	L	M	A	V	A	H	Y	L	E	A	L	A	W	Q	R	D	T	A	K	F	H	A	I	F	G	G	K	N	P	H	P	N	F	.	V	V	G	G	V	P	S	P	I	D	L	D	S	D	S	A	L	N	A	K	R	L	A
Template Known Secondary structure		T			G	G	G	T	T			T	T		T	T																										T								S	S	S	S	S				.	B	T	T	B		S			B		T	T		T	T	S	B
Template Predicted Secondary structure																																																										.
Template SS confidence
		1162	.	.	.	.	.	.	.	1170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1210	.	.	.	.	.	.	.		.	.	1220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1240
		344	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.																														.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																											.	.	.	.	.
Query SS confidence																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																											.	.	.	.	.
Query Sequence		Q	T	R	Q	L	A	Q	Q	M	R	R	E	V	Q	E	L	V	D	V	L	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	L	S	T	P	N	M	E	Q	R	T	V	G	I	G	R	L	D	P	E	I	A	R	D	F	S	N	.	.	.	.	.
Query Conservation																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																											.	.	.	.	.
Alig confidence																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																											.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		E	V	R	N	L	I	Q	S	M	R	T	F	V	D	Q	V	Y	V	P	D	T	L	A	I	A	G	F	Y	K	D	W	G	E	R	G	E	G	L	G	N	F	L	C	Y	G	D	L	P	T	G	A	S	L	D	P	A	T	F	L	F	P	R	G	A	I	L	D	R	D	L	S	T	I	H	E	V	D	L	E	A
Template Known Secondary structure																	T										T	T		G	G	G	G	S	S	S														S	S	S	S			G	G	G										T	T		T	T			B				S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		1241	.	.	.	.	.	.	.	.	1250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1320
																																																																					390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	V	G	P	M	V	R	A	S	G	H	A	R	D
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		T	G	E	I	Q	E	F	V	N	H	S	W	Y	E	Y	S	V	G	N	D	R	G	L	H	P	Y	E	G	Q	T	N	L	E	Y	D	R	R	G	G	V	A	P	P	Y	K	Q	L	D	V	S	D	G	Y	S	W	L	K	A	P	R	W	K	G	R	S	V	E	V	G	P	L	A	R	V	L	M	L	Y	A	T
Template Known Secondary structure		T	T	T						T	T	S	S	B			T	T		T	T	S		B		G	G	G					B		S	T	T	T	T				S	S		S	S			T	T	S				S	S						T	T	B			B		S											T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		1321	.	.	.	.	.	.	.	.	1330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1400
		403	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.		.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.											.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.
Predicted Secondary structure															.																																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence															.																																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		T	R	A	D	H	P	F	V	G	Y	G	L	L	.	P	M	E	V	H	S	E	Q	G	C	D	V	I	S	R	L	K	V	R	I	N	E	V	Y	T	A	L	N	M	I	D	Y	G	L	D	N	L	P	G	G	P	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	L	M	V	E	G	F	T	Y	I	P	H	R	F	A	L
Query Conservation															.																																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence															.																																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		G	H	D	Q	A	R	E	L	V	D	S	T	L	S	R	L	D	L	P	V	D	A	L	Y	S	T	L	G	R	T	A	A	R	A	L	E	S	K	I	L	V	D	A	M	Q	G	W	Y	D	G	L	I	A	N	V	K	S	G	D	T	K	T	F	N	E	T	L	W	E	P	S	S	W	P	S	R	A	Q	G	V
Template Known Secondary structure		T																T			G	G	G	G	S	S																																T	T					B			T	T		S	G	G	G	S		S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		1401	.	.	.	.	.	.	.	.	1410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1480
		472	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.										.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.								520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																						.	.	.	.	.	.	.	.	.													.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																						.	.	.	.	.	.	.	.	.													.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		G	F	A	E	A	P	R	G	D	D	I	H	W	S	M	T	G	D	N	Q	K	L	Y	R	W	R	C	R	A	A	T	Y	A	N	W	P	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	L	R	Y	M	L	R	G	N	T	V	S	.	.	.	.	.	.	.	D	A	P	L	I	I	G	S	L	D	P	C	Y	S	C	T
Query Conservation																																						.	.	.	.	.	.	.	.	.													.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																		.																				.	.	.	.	.	.	.	.	.													.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																		.
Template Sequence		G	I	M	E	A	P	R	G	A	L	G	H	W	I	V	I	.	E	D	G	R	I	A	N	Y	Q	A	V	V	P	S	T	W	N	A	G	P	R	D	G	R	G	Q	A	G	A	Y	E	A	A	L	Q	D	N	H	Q	L	V	D	V	K	Q	P	I	E	I	L	R	T	I	H	S	F	D	P	C	I	A	C	A
Template Known Secondary structure							T	T										.		T	T																				T	T												S	S		B		S		T	T	S											T			B
Template Predicted Secondary structure																		.
Template SS confidence
		1481	.	.	.	.	.	.	.	.	1490	.	.	.	.	.	.		.	.	.	1500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1550	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		536	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		D	R
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		V	H
Template Known Secondary structure
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		1560	.