Job Description P0AED9 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 11:23:06 GMT 2012 Rank 6 Aligned Residues 348 % Identity 22% Template c3pt9A_ PDB info PDB header:transferase Chain: A: PDB Molecule:dna (cytosine-5)-methyltransferase 1; PDBTitle: crystal structure of mouse dnmt1(731-1602) in the free state Resolution 2.50 Å

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		83	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.		.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.
Predicted Secondary structure																												.
Query SS confidence																												.
Query Sequence		P	H	Y	A	F	R	F	I	D	L	F	A	G	I	G	G	I	R	R	G	F	E	S	I	G	G	.	Q	C	V	F	T	S	E	W	N	K	H	A	V	R	T	Y	K	A	N	H	Y	C	D	P	A	T	H	H	F	N	E	D	I	R	D	I	T	L	S	H	K	E	G	V	S	D	E	A	A	A	E	H	I
Query Conservation																												.
Alig confidence																												.																					.	.	.
Template Conservation																																																	.	.	.
Template Sequence		K	L	P	K	L	R	T	L	D	V	F	S	G	C	G	G	L	S	E	G	F	H	Q	A	G	I	S	E	T	L	W	A	I	E	M	W	D	P	A	A	Q	A	F	R	L	N	N	.	.	.	P	G	T	T	V	F	T	E	D	C	N	V	L	L	K	L	V	M	A	G	E	V	T	N	S	L	G	Q	R	L
Template Known Secondary structure												T		T	T	S										T	S									S	S												.	.	.	T	T	S					S											T	T		S	B		T	T	S		B
Template Predicted Secondary structure																																																	.	.	.
Template SS confidence
		1138	.	1140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1180	.	.	.	.				.	.	.	.	.	1190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1210	.	.	.	.
		162	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		R	Q	H	I	P	E	H	D	V	L	L	A	G	F	P	C	Q	P	F	S	L	A	G	V	S	K	K	N	S	L	G	R	A	H	G	F	A	C	D	T	Q	G	T	L	F	F	D	V	V	R	I	I	D	A	R	R	P	A	M	F	V	L	E	N	V	K	N	L	K	S	H	D	Q	G	K	T	F	R	I	I
Query Conservation
Alig confidence		.																													.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.																													.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	P	Q	K	G	D	V	E	M	L	C	G	G	P	P	C	Q	G	F	S	G	M	N	R	F	N	S	R	T	.	.	.	.	.	.	.	Y	S	K	F	K	N	S	L	V	V	S	F	L	S	Y	C	D	Y	Y	R	P	R	F	F	L	L	E	N	V	R	N	F	V	S	Y	R	R	S	M	V	L	K	L	T
Template Known Secondary structure		.			T	T	T		S										S			S		S							.	.	.	.	.	.	.						T	S															S								G	G	G	G	T	T	T	T	T
Template Predicted Secondary structure		.																													.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
			1215	.	.	.	.	1220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1240	.	.								.	.	.	.	.	.	.	1250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1280	.	.	.	.	.	.
		242	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300
Predicted Secondary structure																																																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		M	Q	T	L	D	E	L	G	Y	D	V	A	D	A	E	D	N	G	P	D	D	P	K	I	I	D	G	K	H	F	L	P	Q	H	R	E	R	I	V	L	V	G	F	R	R	D	L	N	L	K	A	D	F	T	L	R	D	I	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation																																																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																				.	.	.	.	.	.	.	.																								.										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																				.	.	.	.	.	.	.	.																								.
Template Sequence		L	R	C	L	V	R	M	G	Y	Q	C	T	F	G	V	L	Q	A	.	.	.	.	.	.	.	.	G	Q	Y	G	V	A	Q	T	R	R	R	A	I	I	L	A	A	A	P	G	E	K	L	.	P	L	F	P	E	P	L	H	V	F	A	P	R	A	C	Q	L	S	V	V	V	D	D	K	K	F	V	S	N	I
Template Known Secondary structure								T	T										G	.	.	.	.	.	.	.	.	G	G	G	T		S	B												T	T	S			.								B				G	G	G								T	T						S
Template Predicted Secondary structure																				.	.	.	.	.	.	.	.																								.
Template SS confidence
		1287	.	.	1290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1300	.	.	.	.									.	.	.	.	.	1310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1320	.	.	.	.	.	.	.		.	.	1330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1350	.	.	.	.	.	.	.
					301	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	E	C	F	P	A	Q	R	V	T	L	A	Q	L	L	D	P	M	V	E	A	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	K	Y	I	L	T	P	V	L	W	K	Y	L	Y	R	Y	A	K	K	H	Q	A	R	G	N
Query Conservation		.	.	.																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		T	R	L	S	S	G	P	F	R	T	I	T	V	R	D	T	M	S	D	L	P	E	I	Q	N	G	A	S	N	S	E	I	P	Y	N	G	E	P	L	S	W	F	Q	R	Q	L	R	G	S	H	Y	Q	P	I	L	R	D	H	I	C	K	D	M	S	P	L	V	A	A	R	M	R	H	I	P	L	F	P	G	S
Template Known Secondary structure				S	S			S	B										T	T	S					T	T				S						S				S									S	S																							T	S		S	S	T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		1358	.	1360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1430	.	.	.	.	.	.	.
		345	.																																																			.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.
Predicted Secondary structure				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		G	F	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	Y	G	M	V	Y	P	N	N	P	Q	S	V	T	R	T	L	S	A	R	Y	Y	K	D	G	A	E	I
Query Conservation				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		D	W	R	D	L	P	N	I	Q	V	R	L	G	D	G	V	I	A	H	K	L	Q	Y	T	F	H	D	V	K	N	G	Y	S	S	T	G	A	L	R	G	V	C	S	C	A	E	G	K	A	C	D	P	E	S	R	Q	F	S	T	L	I	P	W	C	L	P	H	T	G	N	R	H	N	H	W	A	G	L	Y	G
Template Known Secondary structure			G	G	G									T	T	S				B						B			T	T	T				T	T	S				B	S	S	G	G	G	G	T	S				T	T					S	B	S	S		T						G	G	G	G	G	G	G	T	T	T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		1438	.	1440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1510	.	.	.	.	.	.	.
		375	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.						.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																			.	.	.	.	.
Query SS confidence																			.	.	.	.	.
Query Sequence		L	I	D	R	G	W	D	M	A	T	G	E	K	D	F	D	D	.	.	.	.	.	P	L	N	Q	Q	H	R	P	R	R	L	T	P	R	E	C	A	R	L	M	G	F	E	A	P	G	E	A	K	F	R	I	P	V	S	D	T	Q	A	Y	R	Q	F	G	N	S	V	V	V	P	V	F	A	A	V	A	K	L
Query Conservation																			.	.	.	.	.
Alig confidence																			.	.	.	.	.																								.	.	.	.
Template Conservation																																															.	.	.	.
Template Sequence		R	L	E	W	D	G	F	F	S	T	T	V	T	N	P	E	P	M	G	K	Q	G	R	V	L	H	P	E	Q	H	R	V	V	S	V	R	E	C	A	R	S	Q	G	F	P	.	.	.	.	D	S	Y	R	F	F	G	N	I	L	D	R	H	R	Q	V	G	N	A	V	P	P	P	L	A	K	A	I	G	L	E
Template Known Secondary structure		B			T	T	S		B					S	S			T	T	S	S	S				B		S	S	S	S	S	B										T	T			.	.	.	.	T	T					S	S											S
Template Predicted Secondary structure																																															.	.	.	.
Template SS confidence
		1518	.	1520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1560	.	.					.	.	.	.	.	.	.	1570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1590	.	.	.
		450	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		L	E	P	K	I
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		I	K	L	C	L
Template Known Secondary structure					T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		1594	.	.	.	.