Job Description P0AED9 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 11:23:06 GMT 2012 Rank 4 Aligned Residues 356 % Identity 22% Template c3av6A_ PDB info PDB header:transferase Chain: A: PDB Molecule:dna (cytosine-5)-methyltransferase 1; PDBTitle: crystal structure of mouse dna methyltransferase 1 with adomet Resolution 3.09 Å

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		80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.		.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																															.
Query SS confidence																															.
Query Sequence		A	H	H	P	H	Y	A	F	R	F	I	D	L	F	A	G	I	G	G	I	R	R	G	F	E	S	I	G	G	.	Q	C	V	F	T	S	E	W	N	K	H	A	V	R	T	Y	K	A	N	H	Y	C	D	P	A	T	H	H	F	N	E	D	I	R	D	I	T	L	S	H	K	E	G	V	S	D	E	A	A	A
Query Conservation																															.
Alig confidence																															.																					.	.	.														.
Template Conservation																																																				.	.	.														.
Template Sequence		A	R	S	K	L	P	K	L	R	T	L	D	V	F	S	G	C	G	G	L	S	E	G	F	H	Q	A	G	I	S	E	T	L	W	A	I	E	M	W	D	P	A	A	Q	A	F	R	L	N	N	.	.	.	P	G	T	T	V	F	T	E	D	C	N	V	L	.	L	K	L	V	M	A	G	E	V	T	N	S	L
Template Known Secondary structure		S													T		T	T	S									T	T	S									S	S												.	.	.	T	T						S						.							T		S	B		T	T
Template Predicted Secondary structure																																																				.	.	.														.
Template SS confidence
		1106	.	.	.	1110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1150	.	.	.	.	.				.	.	.	.	1160	.	.	.	.	.	.	.	.		.	1170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1180	.
		159	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		E	H	I	R	Q	H	I	P	E	H	D	V	L	L	A	G	F	P	C	Q	P	F	S	L	A	G	V	S	K	K	N	S	L	G	R	A	H	G	F	A	C	D	T	Q	G	T	L	F	F	D	V	V	R	I	I	D	A	R	R	P	A	M	F	V	L	E	N	V	K	N	L	K	S	H	D	Q	G	K	T	F
Query Conservation
Alig confidence																																		.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																		.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		G	Q	R	L	P	Q	K	G	D	V	E	M	L	C	G	G	P	P	C	Q	G	F	S	G	M	N	R	F	N	S	R	T	.	.	.	.	.	.	.	Y	S	K	F	K	N	S	L	V	V	S	F	L	S	Y	C	D	Y	Y	R	P	R	F	F	L	L	E	N	V	R	N	F	V	S	Y	R	R	S	M	V	L
Template Known Secondary structure				B				T	T	T		S									S	S	S				S							.	.	.	.	.	.	.						T	S															S								G	G	G	G	T	T	T	T	T
Template Predicted Secondary structure																																		.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		1211	.	.	.	.	.	.	.	.	1220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1240	.	.								.	.	.	.	.	.	.	1250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1280	.	.	.
		239	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300
Predicted Secondary structure																																																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		R	I	I	M	Q	T	L	D	E	L	G	Y	D	V	A	D	A	E	D	N	G	P	D	D	P	K	I	I	D	G	K	H	F	L	P	Q	H	R	E	R	I	V	L	V	G	F	R	R	D	L	N	L	K	A	D	F	T	L	R	D	I	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation																																																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																							.	.	.	.	.	.	.	.																									.									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																							.	.	.	.	.	.	.	.																									.
Template Sequence		K	L	T	L	R	C	L	V	R	M	G	Y	Q	C	T	F	G	V	L	Q	A	.	.	.	.	.	.	.	.	G	Q	Y	G	V	A	Q	T	R	R	R	A	I	I	L	A	A	A	P	G	E	K	L	P	.	L	F	P	E	P	L	H	V	F	A	P	R	A	C	Q	L	S	V	V	V	D	D	K	K	F	V
Template Known Secondary structure											T	T										G	.	.	.	.	.	.	.	.	G	G	G	T		S	B												T	T	S				.							B				G	G	G								T	T
Template Predicted Secondary structure																							.	.	.	.	.	.	.	.																									.
Template SS confidence
		1284	.	.	.	.	.	1290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1300	.	.	.	.									.	.	.	.	.	1310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1320	.	.	.	.	.	.	.	.		.	1330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1350	.	.	.	.
								301	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	E	C	F	P	A	Q	R	V	T	L	A	Q	L	L	D	P	M	V	E	A	K	Y	I	L	T	P	V	L	W	K	Y	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation		.	.	.	.	.	.																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		S	N	I	T	R	L	S	S	G	P	F	R	T	I	T	V	R	D	T	M	S	D	L	P	E	I	Q	N	G	A	S	N	S	E	I	P	Y	N	G	E	P	L	S	W	F	Q	R	Q	L	R	G	S	H	Y	Q	P	I	L	R	D	H	I	C	K	D	M	S	P	L	V	A	A	R	M	R	H	I	P	L	F
Template Known Secondary structure			S				S	S			S	B										T	T	S					T	T				S						S				S									S	S																								S		S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		1355	.	.	.	.	1360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1430	.	.	.	.
																																										332	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	L	Y	R	Y	A	K	K	H	Q	A	R	G	N	G	F	G	Y	G	M	V	Y	P	N	N	P	Q	S	V	T	R	T	L	S	A	R	Y	Y	K	D	G
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		P	G	S	D	W	R	D	L	P	N	I	Q	V	R	L	G	D	G	V	I	A	H	K	L	Q	Y	T	F	H	D	V	K	N	G	Y	S	S	T	G	A	L	R	G	V	C	S	C	A	E	G	K	A	C	D	P	E	S	R	Q	F	S	T	L	I	P	W	C	L	P	H	T	G	N	R	H	N	H	W	A	G
Template Known Secondary structure		T	T			G	G	G									S	S	S				B						B			T	T	T				T	T	S				B	S	S	G	G	G	T	T	S				T	T	S				S	B	S	S		T							T	T	T	G	G	G	T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		1435	.	.	.	.	1440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1510	.	.	.	.
		372	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.						.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																							.	.	.	.	.
Query SS confidence																							.	.	.	.	.
Query Sequence		A	E	I	L	I	D	R	G	W	D	M	A	T	G	E	K	D	F	D	D	P	.	.	.	.	.	L	N	Q	Q	H	R	P	R	R	L	T	P	R	E	C	A	R	L	M	G	F	E	A	P	G	E	A	K	F	R	I	P	V	S	D	T	Q	A	Y	R	Q	F	G	N	S	V	V	V	P	V	F	A	A	V
Query Conservation																							.	.	.	.	.
Alig confidence																							.	.	.	.	.																							.	.	.	.
Template Conservation																																																		.	.	.	.
Template Sequence		L	Y	G	R	L	E	W	D	G	F	F	S	T	T	V	T	N	P	E	P	M	G	K	Q	G	R	V	L	H	P	E	Q	H	R	V	V	S	V	R	E	C	A	R	S	Q	G	F	P	.	.	.	.	D	S	Y	R	F	F	G	N	I	L	D	R	H	R	Q	V	G	N	A	V	P	P	P	L	A	K	A	I
Template Known Secondary structure		T	T		B			T	T	S		B	S	S			S	S			T	T	S	S	S				B		S	S	S	S	S	B										T	T			.	.	.	.	T	T					S	S											S
Template Predicted Secondary structure																																																		.	.	.	.
Template SS confidence
		1515	.	.	.	.	1520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1560	.	.					.	.	.	.	.	.	.	1570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1590
		447	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		A	K	L	L	E	P	K	I	K	Q	A	V	A
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		G	L	E	I	K	L	C	L	L	S	S	A	R
Template Known Secondary structure
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		1591	.	.	.	.	.	.	.	.	1600	.	.	.