Job Description P00722 Confidence 97.59% Date Thu Jan 5 10:56:50 GMT 2012 Rank 118 Aligned Residues 240 % Identity 21% Template d1vffa1 SCOP info TIM beta/alpha-barrel (Trans)glycosidases Family 1 of glycosyl hydrolase Resolution 2.50

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		371	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390											.	.	.	.	.	.	.							.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.		.	430	.	.	.
Predicted Secondary structure																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.								.	.	.	.	.	.																																.
Query SS confidence																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.								.	.	.	.	.	.																																.
Query Sequence		Q	T	M	V	Q	D	I	L	L	M	K	Q	N	N	F	N	A	V	R	C	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	H	Y	P	N	H	P	.	.	.	.	.	.	L	W	Y	T	L	C	D	R	Y	G	L	Y	V	V	D	E	A	N	I	E	T	H	G	M	V	P	M	N	R	L	T	.	D	D	P	R	W
Query Conservation																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.								.	.	.	.	.	.																																.
Alig confidence																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.								.	.	.	.	.	.																																.
Template Conservation
Template Sequence		E	L	Y	R	D	D	I	Q	L	M	T	S	L	G	Y	N	A	Y	R	F	S	I	E	W	S	R	L	F	P	E	E	N	K	F	N	E	D	A	F	M	K	Y	R	E	I	I	D	L	L	L	T	R	G	I	T	P	L	V	T	L	H	H	F	T	S	P	L	W	F	M	K	K	G	G	F	L	R	E	E	N
Template Known Secondary structure															T															S	B	T	T	B																			T	T									S	S			B						T	T	G	G	G	S	G	G	G
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		434	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.																										.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		L	P	A	M	S	E	R	V	T	R	M	V	Q	R	D	R	N	H	P	S	V	I	I	W	S	L	G	N	E	S	G	H	G	A	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	N	H	D	A	L	Y	R	W	I	K	S	V	D	P	S	R	P	V	Q	Y	E
Query Conservation																																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																	.			.	.															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																	.			.	.
Template Sequence		L	K	H	W	E	K	Y	I	E	K	V	A	E	L	L	.	E	K	.	.	V	K	L	V	A	T	F	N	E	P	M	V	Y	V	M	M	G	Y	L	T	A	Y	W	P	P	F	I	R	S	P	F	K	A	F	K	V	A	A	N	L	L	K	A	H	A	I	A	Y	E	L	L	H	G	K	F	K	V	G	I	V
Template Known Secondary structure																T	.	T	T	.	.																			T	S		S	S	T	T																											T	T	T	S
Template Predicted Secondary structure																	.			.	.
Template SS confidence
		130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.		.	.			.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.
		489	490	.	.	.	.	.	.																																													.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.
Predicted Secondary structure										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		G	G	G	A	D	T	T	A	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	D	I	I	C	P	M	Y	A	R	V	D	E	D	Q	P	F	P	A	V	P	K	W	S	I	K	K	W
Query Conservation										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		K	N	I	P	I	I	L	P	A	S	D	K	E	R	D	R	K	A	A	E	K	A	D	N	L	F	N	W	H	F	L	D	A	I	W	S	G	K	Y	R	G	V	F	K	T	Y	R	I	P	Q	S	D	A	D	F	I	G	V	N	Y	Y	T	A	S	E	V	R	H	T	W	N	P	L	K	F	F	F	E	V	K
Template Known Secondary structure										S	S	S	S															T															S	S											S																S		G	G	G	T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		207	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.
		525	.	.	.	.	530	.	.																									.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580
Predicted Secondary structure										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		L	S	L	P	G	E	T	R	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	P	L	I	L	C	E	Y	A	H	A	M	G	N	S	L	G	G	F	A	K	Y	W	Q	A	F	R	Q	Y	P	R	L	Q	G	G	F	V	W	D	W	V	D	Q	S	L	I	K	Y	D
Query Conservation										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.							.	.	.	.	.	.																					.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																								.	.	.	.	.	.																					.	.	.	.	.	.
Template Sequence		L	A	D	I	S	E	R	K	T	Q	M	G	W	S	V	Y	P	K	G	I	Y	M	A	L	K	K	A	S	R	Y	G	R	P	L	Y	I	T	E	.	.	.	.	.	.	N	G	I	A	T	L	D	D	E	W	R	V	E	F	I	I	Q	H	L	Q	.	.	.	.	.	.	Y	V	H	K	A	I	E	D	G	L
Template Known Secondary structure						S	S	S			T	T						T											G	G	G		S							.	.	.	.	.	.						S															.	.	.	.	.	.								T	T
Template Predicted Secondary structure																																								.	.	.	.	.	.																					.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		287	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.							.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.							.	.	.	.	.	350	.	.	.	.
		581	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.						.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																														.	.	.	.	.
Query SS confidence																														.	.	.	.	.
Query Sequence		E	N	G	N	P	W	S	A	Y	G	G	D	F	G	D	T	P	N	D	R	Q	F	C	M	N	G	L	V	.	.	.	.	.	F	A	D	R	T	P	H	P	A	L	T	E	A	K	H	Q	Q	Q
Query Conservation																														.	.	.	.	.
Alig confidence																							.							.	.	.	.	.
Template Conservation																							.
Template Sequence		D	V	R	G	Y	F	Y	W	S	F	M	D	N	Y	E	W	K	E	G	F	G	.	P	R	F	G	L	V	E	V	D	Y	Q	T	F	E	R	R	P	R	K	S	A	Y	V	Y	G	E	I	A	R
Template Known Secondary structure											S	B					G	G	G	T	T		.					S					T	T	T
Template Predicted Secondary structure																							.
Template SS confidence
		355	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.		.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.

No model constructed - rank, confidence too low

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Kelley LA and Sternberg MJE. Nature Protocols 4, 363 - 371 (2009) [pdf] [Import into BibTeX]
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