Job Description P00722 Confidence 99.30% Date Thu Jan 5 10:56:50 GMT 2012 Rank 65 Aligned Residues 229 % Identity 22% Template d1ceoa_ SCOP info TIM beta/alpha-barrel (Trans)glycosidases beta-glycanases Resolution 1.90

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		351	.	.	.	.	.	.					.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390						.	.	.	.	.	.														.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure									.	.	.	.																																		.	.	.	.	.							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence									.	.	.	.																																		.	.	.	.	.							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		L	I	R	G	V	N	R	.	.	.	.	H	E	H	H	P	L	H	G	Q	V	M	D	E	Q	T	M	V	Q	D	I	L	L	M	K	Q	N	N	F	N	A	V	R	C	.	.	.	.	.	S	H	Y	P	N	H	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	P	L	W	Y	T	L	C	D	R	Y	G	L
Query Conservation									.	.	.	.																																		.	.	.	.	.							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence									.	.	.	.																																		.	.	.	.	.							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		F	K	A	G	I	N	L	G	G	W	I	S	Q	Y	Q	V	F	S	K	E	H	F	D	T	F	I	T	E	K	D	I	E	T	I	A	E	A	G	F	D	H	V	R	L	P	F	D	Y	P	I	I	E	S	D	D	N	V	G	E	Y	K	E	D	G	L	S	Y	I	D	R	C	L	E	W	C	K	K	Y	N	L
Template Known Secondary structure			S						T	T	S	B	S	S		S	S										S												T										G	G	G	T	B		S	S	S	T	T		B																		T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		4	.	.	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.
		409	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.							.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.
Predicted Secondary structure																																																											.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																											.	.	.	.	.	.
Query Sequence		Y	V	V	D	E	A	N	I	E	T	H	G	M	V	P	M	N	R	L	T	D	D	P	R	W	L	P	A	M	S	E	R	V	T	R	M	V	Q	R	D	R	N	H	P	S	V	I	I	W	S	L	G	N	E	S	G	H	.	.	.	.	.	.	G	A	N	H	D	A	L	Y	R	W	I	K	S	V	D	P	S
Query Conservation																																																											.	.	.	.	.	.
Alig confidence								.	.	.	.	.																																															.	.	.	.	.	.
Template Conservation								.	.	.	.	.
Template Sequence		G	L	V	L	D	M	.	.	.	.	.	H	H	A	P	G	S	T	L	F	E	D	P	N	Q	Q	K	R	F	V	D	I	W	R	F	L	A	K	R	Y	I	N	E	R	E	H	I	A	F	E	L	L	N	Q	V	V	E	P	D	S	T	R	W	N	K	L	M	L	E	C	I	K	A	I	R	E	I	D	S	T
Template Known Secondary structure								.	.	.	.	.								T	T	T																			T	T	T			S	S							S					S	S	S																			S	S
Template Predicted Secondary structure								.	.	.	.	.
Template SS confidence
		84	.	.	.	.	.						90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.
		483	.	.	.	.	.	.	490	.	.												.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530
Predicted Secondary structure												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		R	P	V	Q	Y	E	G	G	G	A	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	D	T	T	A	T	D	I	I	C	P	M	Y	A	R	V	D	E	D	Q	P	F	P	A	V	P	K	W	S	I	K	K	W	L	S	L	P	G	E	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		M	W	L	Y	I	G	G	N	N	Y	N	S	P	D	E	L	K	N	L	A	D	I	D	D	D	Y	I	V	Y	N	F	H	F	Y	N	P	F	F	F	T	H	Q	K	A	H	W	S	E	S	A	M	A	Y	N	R	T	V	K	Y	P	G	Q	Y	E	G	I	E	E	F	V	K	N	N	P	K	Y	S	F	M	M
Template Known Secondary structure														G	G	G	G	G	G	S						S	S										S					T	T	T		T	T													S	S					S									G	G	G	G	G	G	G
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		167	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.
																												531	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.					550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																				.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																				.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	R	P	L	I	L	C	E	Y	A	H	A	M	G	N	S	L	G	G	.	.	.	.	F	A	K	Y	W	Q	A	F	R	Q	Y	P	R	L	Q	G	G	F	V	W	D	W	V	D	Q	S	L	I	K	Y	D
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																				.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																				.	.	.	.												.	.														.	.	.	.	.
Template Conservation																																																														.	.														.	.	.	.	.
Template Sequence		E	L	N	N	L	K	L	N	K	E	L	L	R	K	D	L	K	P	A	I	E	F	R	E	K	K	K	C	K	L	Y	C	G	E	F	G	V	I	A	I	A	D	L	E	S	R	I	K	W	H	E	D	Y	I	S	L	L	E	E	Y	.	.	D	I	G	G	A	V	W	N	Y	K	K	M	D	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		G	G	T	T				S																															T	T	S																			T	.	.	T						S		S	B	S	T	T	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																																														.	.														.	.	.	.	.
Template SS confidence
		247	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.			.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		581	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		E	N	G	N	P	W	S	A	Y	G	G	D	F	G	D	T	P	N	D	R	Q	F	C	M	N	G	L	V	F	A	D	R	T	P	H
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	F	E	I	Y	N	E	D	R	K	P	V
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.			S	B		T	T	S		B	S
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
																										320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330

No model constructed - rank, confidence too low

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Kelley LA and Sternberg MJE. Nature Protocols 4, 363 - 371 (2009) [pdf] [Import into BibTeX]
© Structural Bioinformatics Group, Imperial College, London Lawrence Kelley, Benjamin Jefferys   Disclaimer Terms and Conditions