Job Description P00722 Confidence 98.05% Date Thu Jan 5 10:56:50 GMT 2012 Rank 108 Aligned Residues 247 % Identity 12% Template c3ahxC_ PDB info PDB header:hydrolase Chain: C: PDB Molecule:beta-glucosidase a; PDBTitle: crystal structure of beta-glucosidase a from bacterium clostridium2 cellulovorans Resolution 1.90 Å

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		371	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.						.	.	.	.													.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.		.	430	.	.
Predicted Secondary structure																								.	.	.	.	.					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																	.
Query SS confidence																								.	.	.	.	.					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																	.
Query Sequence		Q	T	M	V	Q	D	I	L	L	M	K	Q	N	N	F	N	A	V	R	C	S	H	.	.	.	.	.	Y	P	N	H	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	P	L	W	Y	T	L	C	D	R	Y	G	L	Y	V	V	D	E	A	N	I	E	T	H	G	M	V	P	M	N	R	L	T	.	D	D	P	R
Query Conservation																								.	.	.	.	.					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																	.
Alig confidence																								.	.	.	.	.					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																	.
Template Conservation
Template Sequence		H	R	Y	K	E	D	V	Q	L	L	K	S	L	G	I	K	S	Y	R	F	S	I	A	W	P	R	I	F	P	K	G	F	G	E	I	N	Q	K	G	I	Q	F	Y	R	D	L	I	D	E	L	I	K	N	D	I	E	P	A	I	T	I	Y	H	W	D	L	P	Q	K	L	Q	D	I	G	G	W	A	N	P	Q
Template Known Secondary structure														T	T															T	T	S	S	S	S																			T	T									S	S			B					T	T	T	G	G	G	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		59	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.
		433	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.																													.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		W	L	P	A	M	S	E	R	V	T	R	M	V	Q	R	D	R	N	H	P	S	V	I	I	W	S	L	G	N	E	S	G	H	G	A	N	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	H	D	A	L	Y	R	W	I	K	S	V	D	P	S	R	P
Query Conservation																																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																					.	.																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																					.	.
Template Sequence		V	A	D	Y	Y	V	D	Y	A	N	L	L	F	R	E	F	G	D	R	.	.	V	K	T	W	I	T	H	N	E	P	W	V	A	S	Y	L	G	Y	A	L	G	V	H	A	P	G	I	K	D	M	K	M	A	L	L	A	A	H	N	I	L	L	S	H	F	K	A	V	K	A	Y	R	E	L	E	Q	D	G	Q
Template Known Secondary structure																		T	T	T	.	.																			T	S		S	S	T	T																													T	T		S	S
Template Predicted Secondary structure																					.	.
Template SS confidence
		139	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.			.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.
		485																																																												.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		V	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Q	Y	E	G	G	G	A	D	T	T	A	T	D	I	I	C	P	M	Y	A
Query Conservation			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		I	G	I	T	L	N	L	S	T	C	Y	S	N	S	A	D	E	E	D	I	A	A	A	H	R	S	D	G	W	N	N	R	W	F	L	D	A	A	L	K	G	T	Y	P	E	D	M	I	K	I	F	S	D	T	N	I	M	P	E	L	P	K	E	L	F	T	E	V	F	E	T	S	D	F	L	G	I	N	Y	Y
Template Known Secondary structure														S	S	S																T										S	S												T	T							T	T	T	T	T	T	T					S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		217	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.
		506	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.																								520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.				.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																											.	.	.
Query SS confidence																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																											.	.	.
Query Sequence		R	V	D	E	D	Q	P	F	P	A	V	P	K	W	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	I	K	K	W	L	S	L	P	G	E	T	R	P	L	I	L	C	E	Y	A	H	A	M	G	N	.	.	.	S	L	G	G	F	A	K	Y	W	Q	A	F	R	Q
Query Conservation																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																											.	.	.
Alig confidence																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																											.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		T	R	Q	V	V	K	N	N	S	E	A	F	I	G	A	E	S	V	A	M	D	N	P	K	T	E	M	G	W	E	I	Y	P	Q	G	L	Y	D	L	L	T	R	I	H	R	D	Y	G	N	I	D	L	Y	I	T	E	N	G	A	A	F	N	D	M	V	N	R	D	G	K	V	E	D	E	N	R	L	D	Y	L
Template Known Secondary structure										T	T	S	G	G	G								S		B		T	T			B			T														S																				T	T	S		B
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		297	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.
		560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.						.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																						.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																						.	.	.	.	.
Query Sequence		Y	P	R	L	Q	G	G	F	V	W	D	W	V	D	Q	S	L	I	K	Y	D	E	N	G	N	P	W	S	A	Y	G	G	D	F	G	D	T	P	N	D	R	Q	F	C	M	N	G	L	V	F	A	D	.	.	.	.	.	R	T	P	H	P	A	L	T	E	A	K	H	Q	Q	Q
Query Conservation																																																						.	.	.	.	.
Alig confidence							.	.	.	.	.	.																																.										.	.	.	.	.
Template Conservation							.	.	.	.	.	.																																.
Template Sequence		Y	T	H	F	A	.	.	.	.	.	.	A	A	L	S	A	I	E	A	G	V	P	L	K	G	Y	Y	I	W	S	F	M	D	N	F	E	W	A	E	G	Y	E	.	K	R	F	G	I	V	H	V	N	Y	K	T	Q	E	R	T	I	K	K	S	A	Y	W	Y	K	E	L	I	E
Template Known Secondary structure							.	.	.	.	.	.								T	T											S	B					G	G	G	G	G	G	.	S				S					T	T	T						B
Template Predicted Secondary structure							.	.	.	.	.	.																																.
Template SS confidence
		377	.	.	380	.							.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.		.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.

No model constructed - rank, confidence too low

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Kelley LA and Sternberg MJE. Nature Protocols 4, 363 - 371 (2009) [pdf] [Import into BibTeX]
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