Job Description P77375 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 12:28:17 GMT 2012 Rank 7 Aligned Residues 180 % Identity 27% Template d1y5ib1 SCOP info Ferredoxin-like 4Fe-4S ferredoxins Ferredoxin domains from multidomain proteins Resolution 1.90

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		35	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		V	R	Y	A	M	I	H	D	E	S	R	C	N	G	C	N	I	C	A	R	A	C	R	K	T	N	H	V	P	A	Q	G	S	R	L	S	I	A	H	I	P	V	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation																																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		S	Q	V	G	M	V	L	N	L	D	K	C	I	G	C	H	T	C	S	V	T	C	K	N	V	W	T	S	R	E	G	V	E	Y	A	W	F	N	N	V	E	T	K	P	G	Q	G	F	P	T	D	W	E	N	Q	E	K	Y	K	G	G	W	I	R	K	I	N	G	K	L	Q	P	R	M	G	N	R	A	M	L
Template Known Secondary structure										T	T	T																S		S	T	T	S	T	T			S	S						S	S		T	T	T	T	T	T	T								S					T	T	S					T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		5	.	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		L	G	K	I	F	A	N	P	H	L	P	G	I	D	D	Y	Y	E	P	F	D	F	D	Y	Q	N	L	H	T	A	P	E	G	S	K	S	Q	P	I	A	R	P	R	S	L	I	T	G	E	R	M	A	K	I	E	K	G	P	N	W	E	D	D	L	G	G	E	F	D	K	L	A	K	D	K	N	F	D	N	I
Template Known Secondary structure			T	T	T	T	S		T	T															T								T	T		S	S									T	T	T			B		S						T	T	T	T	T	T	T		S						T	T		G	G	G	T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		85	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.
							78	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.		.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.																																						.
Query SS confidence		.	.	.	.	.																																						.
Query Sequence		.	.	.	.	.	D	N	D	N	E	T	Q	Y	H	F	F	R	Q	S	C	Q	H	C	E	D	A	P	C	I	D	V	C	P	T	G	A	S	W	R	D	E	Q	.	G	I	V	R	V	E	K	S	Q	C	I	G	C	S	Y	C	I	G	A	C	P	Y	Q	V	R	Y	L	N	P	V	T	K	V	A	D	K	C
Query Conservation		.	.	.	.	.																																						.
Alig confidence		.	.	.	.	.																																						.
Template Conservation
Template Sequence		Q	K	A	M	Y	S	Q	F	E	N	T	F	M	M	Y	L	P	R	L	C	E	H	C	L	N	P	A	C	V	A	T	C	P	S	G	A	I	Y	K	R	E	E	D	G	I	V	L	I	D	Q	D	K	C	R	G	W	R	M	C	I	T	G	C	P	Y	K	K	I	Y	F	N	W	K	S	G	K	S	E	K	C
Template Known Secondary structure				G	G	G	G	S	G	G	G														S	S								T	T							T	T	T							T	T	T												T	T							T	T	T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		165	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.
		152	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		D	F	C	A	E	S	R	L	A	K	G	F	P	P	I	C	V	S	A	C	P	E	H	A	L	I	F	G	R	E	D	S	P	E	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation																																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence							.																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation							.
Template Sequence		I	F	C	Y	P	.	R	I	E	A	G	Q	P	T	V	C	S	E	T	C	V	G	R	I	R	Y	L	G	V	L	L	Y	D	A	D	A	I	E	R	A	A	S	T	E	N	E	K	D	L	Y	Q	R	Q	L	D	V	F	L	D	P	N	D	P	K	V	I	E	Q	A	I	K	D	G	I	P	L	S	V	I	E
Template Known Secondary structure			T	T			.			T	T	T								T		T	T												G	G	G						T		S	S	G	G	G							T	T	B			T	T											T	T
Template Predicted Secondary structure							.
Template SS confidence
		245	.	.	.	.		250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.
								186	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.		.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.												.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.												.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	I	Q	A	W	L	Q	Q	N	K	Y	Y	.	Q	Y	Q	L	P	G	A	G	K	P	H	L	Y	R	R	F	G	Q	H
Query Conservation		.	.	.	.	.	.												.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.												.
Template Conservation
Template Sequence		A	A	Q	Q	S	P	V	Y	K	M	A	M	E	W	K	L	A	L	P	L	H	P	E	Y	R	T	L	P	M	V	W	Y	V	P	P	L	S
Template Known Secondary structure				T	T									T	S						S		G	G	G	S	S			S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		324	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360

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Kelley LA and Sternberg MJE. Nature Protocols 4, 363 - 371 (2009) [pdf] [Import into BibTeX]
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