Job Description P0A9P4 Confidence 99.61% Date Thu Jan 5 11:10:53 GMT 2012 Rank 129 Aligned Residues 274 % Identity 18% Template c2aczA_ PDB info PDB header:oxidoreductase/electron transport Chain: A: PDB Molecule:succinate dehydrogenase flavoprotein subunit; PDBTitle: complex ii (succinate dehydrogenase) from e. coli with atpenin a52 inhibitor co-crystallized at the ubiquinone binding site Resolution 3.10 Å

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		3	.	.	.	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.			.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80
Predicted Secondary structure																																										.	.
Query SS confidence																																										.	.
Query Sequence		T	T	K	H	S	K	L	L	I	L	G	S	G	P	A	G	Y	T	A	A	V	Y	A	A	R	A	N	L	Q	P	V	L	I	T	G	M	E	K	G	G	.	.	Q	L	T	T	T	T	E	V	E	N	W	P	G	D	P	N	D	L	T	G	P	L	L	M	E	R	M	H	E	H	A	T	K	F	E	T	E	I
Query Conservation																																										.	.
Alig confidence																																										.	.
Template Conservation
Template Sequence		P	V	R	E	F	D	A	V	V	I	G	A	G	G	A	G	M	R	A	A	L	Q	I	S	Q	S	G	Q	T	C	A	L	L	S	K	V	F	P	T	R	S	H	T	V	S	A	Q	G	G	I	T	V	A	L	G	N	T	H	E	D	N	W	E	W	H	M	Y	D	T	V	K	G	S	D	Y	I	G	D	Q	D
Template Known Secondary structure			B			B	S							S													T	T								S	S		G	G	G	S	G	G	G	G			S								S	S	S																T	S		S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		4	.	.	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.
		81	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		I	F	D	H	I	N	K	V	D	L	Q	N	R	P	F	R	L	N	G	D	N	G	E	Y	T	C	D	A	L	I	I	A	T	G	A	S	A	R	Y	L	G	L	P	S	E	E	A	F	K	G	R	G	V	S	A	C	A	T	C	D	G	F	F	Y	R	N	Q	K	V	A	V	I	G	G	G	N	T	A	V	E
Query Conservation
Alig confidence																																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		A	I	E	Y	M	C	K	T	G	P	E	A	I	L	E	L	E	H	M	G	L	P	F	S	R	L	D	D	G	R	I	Y	Q	R	P	F	G	G	Q	S	K	N	F	G	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure																			T	T	T					B		S			S	S					S	S	B						T	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		84	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.
		161	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		E	A	L	Y	L	S	N	I	A	S	E	V	H	L	I	H	R	R	D	G	F	R	A	E	K	I	L	I	K	R	L	M	D	K	V	E	N	G	N	I	I	L	H	T	N	R	T	L	E	E	V	T	G	D	Q	M	G	V	T	G	V	R	L	R	D	T	Q	N	S	D	N	I	E	S	L	D	V	A	G	L
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	E	Q	A	A	R	T	A	A	A	A	D	R	T	G	H	A	L	L	H	T	L	Y	Q	Q	N	L	K	N	H	T	T	I	F	S	E	W	Y	A	L	D	L	V	K	N	Q	D	G	A	V	V	G	C	T	A	L	C	I	E	T	G	E	V	V	Y	F	K	A	R	A	T
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	S	S						S	T	T																	T	T						S										T	T	S										T	T	T								B	S
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
												129	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.
		241	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		F	V	A	I	G	H	S	P	N	T	A	I	F	E	G	Q	L	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		V	L	A	T	G	G	A	G	R	I	Y	Q	S	T	T	N	A	H	I	N	T	G	D	G	V	G	M	A	I	R	A	G	V	P	V	Q	D	M	E	M	W	Q	F	H	P	T	G	I	A	G	A	G	V	L	V	T	E	G	C	R	G	E	G	G	Y	L	L	N	K	H	G	E	R	F	M	E	R	Y	A	P
Template Known Secondary structure									T	T	S	S	S	S	B	S	S		T	T				T	T					T	T	T	T			B	T	T	T	T										T	T	T			B			T						T						T	T	S								S	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		199	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.
																																																																													258	.	260	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	E	L	E	N	G
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		N	A	K	D	L	A	G	R	D	V	V	A	R	S	I	M	I	E	I	R	E	G	R	G	C	D	G	P	W	G	P	H	A	K	L	K	L	D	H	L	G	K	E	V	L	E	S	R	L	P	G	I	L	E	L	S	R	T	F	A	H	V	D	P	V	K	E	P	I	P	V	I	P	T	C	H	Y	M	M	G
Template Known Secondary structure		T	T	G	G	G	S												T	T	T	T	T		S			S	T	T		S							T	T	S																				S				T	T	T	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		279	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.
		263	.	.	.	.	.	.	270	.						.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.									.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.
Predicted Secondary structure											.	.	.	.	.																					.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence											.	.	.	.	.																					.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		Y	I	K	V	Q	S	G	I	H	.	.	.	.	.	G	N	A	T	Q	T	S	I	P	G	V	F	A	A	G	D	V	M	D	H	.	.	.	.	.	.	.	.	I	Y	R	Q	A	I	T	S	A	G	T	G	C	M	A	A	L	D	A	E	R	Y	L	D	G	L	A	D	A	K
Query Conservation											.	.	.	.	.																					.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence											.	.	.	.	.																					.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		G	I	P	T	K	V	T	G	Q	A	L	T	V	N	E	K	G	E	D	V	V	V	P	G	L	F	A	V	G	E	I	A	C	V	S	V	H	G	A	N	R	L	G	G	N	S	L	L	D	L	V	V	F	G	R	A	A	G	L	H	L	Q	E	S	I	A	E	Q	G	A	L	R
Template Known Secondary structure					B		T	T								T	T	S												S	S	S				S	S	S	T	T	S			T	T																								T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		359	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430