Job Description P54746 Confidence 99.29% Date Thu Jan 5 12:06:04 GMT 2012 Rank 16 Aligned Residues 360 % Identity 17% Template c3n92A_ PDB info PDB header:transferase Chain: A: PDB Molecule:alpha-amylase, gh57 family; PDBTitle: crystal structure of tk1436, a gh57 branching enzyme from2 hyperthermophilic archaeon thermococcus kodakaraensis, in complex3 with glucose Resolution 2.89 Å

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		1	.	.	.	.	.	.	.	.	10	.	.	.	.	.						.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.					.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.
Predicted Secondary structure																	.	.	.	.	.																																.	.	.	.																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																	.	.	.	.	.																																.	.	.	.																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		M	K	A	V	S	R	V	H	I	T	P	H	M	H	W	.	.	.	.	.	D	R	E	W	Y	F	T	T	E	E	S	R	I	L	L	V	N	N	M	E	E	I	L	C	R	L	E	Q	D	N	E	.	.	.	.	Y	K	Y	Y	V	L	D	G	Q	T	A	I	L	E	D	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation																	.	.	.	.	.																																.	.	.	.																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence					.	.											.	.	.	.	.																																.	.	.	.				.												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation					.	.																																																						.
Template Sequence		M	K	G	.	.	Y	L	T	F	V	L	H	T	H	I	P	Y	V	R	K	H	G	K	W	P	F	G	E	E	W	V	F	E	A	I	S	E	T	Y	I	P	L	L	M	E	F	E	R	L	R	D	S	G	V	K	F	G	I	.	V	I	N	V	T	P	V	L	A	E	Q	L	T	D	E	Y	M	K	K	A	F
Template Known Secondary structure					.	.												S		T	T	S		S	S	S	S	T	T										T														T	T						.													S
Template Predicted Secondary structure					.	.																																																						.
Template SS confidence
		1	.	.			.	.	.	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.		.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.
																																								62	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.		.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																								.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																								.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Y	F	A	V	K	P	E	N	K	D	R	V	K	K	Q	V	E	A	G	K	L	I	I	.	G	P	W	Y	T	Q	T	D	T	T	I	V	S	A	E	S	I	V
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																								.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																								.
Template Conservation
Template Sequence		E	E	Y	M	E	R	K	L	K	A	M	E	E	D	L	K	S	G	K	Y	D	E	K	A	V	S	Y	M	L	N	Y	F	R	K	V	Y	D	Y	W	K	A	I	N	G	D	I	I	G	K	L	R	E	L	Q	D	Q	G	Y	V	E	V	I	T	S	A	A	T	H	G	Y	L	P	L	L	G	R	D	E	A	I
Template Known Secondary structure																				S	S																						T	T	T												T	T	S					B			T	T		B		G	G	G		S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		78	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.
		103		.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.		.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.															.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150															.	.
Predicted Secondary structure			.												.														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence			.												.														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		R	.	N	L	M	Y	G	M	R	D	C	L	A	.	F	G	E	P	M	K	I	G	Y	L	P	D	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	F	G	M	S	G	Q	L	P	H	I	Y	N	G	F	G	I	T	R	T	M	F	W	R	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	C
Query Conservation			.												.														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence			.												.														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		R	A	Q	I	A	N	G	V	A	T	Y	E	K	H	F	G	M	K	P	K	G	I	W	L	P	E	C	A	Y	R	P	A	G	E	W	E	L	P	G	G	R	K	V	K	R	Q	G	I	E	K	F	L	E	E	F	G	L	R	Y	F	F	V	E	S	R	L	I	D	E	G	P	A	S	N	V	Y	G	E	V	L
Template Known Secondary structure																	S	S				B	B			G	G	G		B			S						T	T															T	T	T								S										S	S	S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		158	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.
		153	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.																																						.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		S	E	R	H	G	T	D	K	T	E	F	L	W	Q	S	S	D	G	S	E	V	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	A	Q	V	L	P	L	G	Y	A	I	G	K	Y	L	P	A	D	E	N	G	L
Query Conservation																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		I	A	D	T	E	K	T	T	L	R	P	Y	W	I	K	G	S	N	V	A	V	F	A	R	N	R	E	T	G	H	Q	V	W	S	A	H	Y	G	Y	P	G	D	F	W	Y	R	E	F	H	K	K	A	P	K	S	G	G	Q	Y	W	R	I	T	S	K	E	V	G	L	G	E	K	E	F	Y	D	P	D	K	A
Template Known Secondary structure						S	S		S	S	S					S	S	S	S																	T	T	T	S	G	G	G		T	T	S	B		S	S				T	T	T					B	B			S	S	S	S	S	T	T	S			B
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		238	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.
		196	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.													.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.		220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.
Predicted Secondary structure													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.														.
Query SS confidence													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.														.
Query Sequence		R	K	R	L	D	S	Y	F	D	V	L	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	E	K	A	S	V	T	K	E	I	L	L	P	N	.	G	H	D	Q	M	P	L	Q	Q	N	I	F	E	V	M	D	K	L	R	E	I	Y	P	Q	R	K	F	V	M	S	R	F	E	E	V	F	E	K	I	E	A	Q	R
Query Conservation													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.														.
Alig confidence													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.														.
Template Conservation
Template Sequence		M	E	R	V	E	E	H	A	R	H	F	V	S	L	V	E	R	L	L	R	E	H	E	E	K	F	G	E	K	G	I	I	V	A	P	Y	D	T	E	L	F	G	H	W	W	F	E	G	V	K	W	L	G	R	V	L	E	L	L	Y	Q	R	G	V	E	T	P	T	L	S	R	F	L	E	E	Y	S	G	E	K
Template Known Secondary structure																												S	S										G	G	G	B	T	T	T	B	T	T															T	T		B										S			S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		318	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.
		263	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340
Predicted Secondary structure																																																																																.	.
Query SS confidence																																																																																.	.
Query Sequence		D	N	L	A	T	L	K	G	E	F	I	D	G	K	Y	M	R	V	H	R	T	I	G	S	T	R	M	D	I	K	I	A	H	A	R	I	E	N	K	I	V	N	L	L	E	P	L	A	T	L	A	W	T	L	G	F	E	Y	H	H	G	L	L	E	K	M	W	K	E	I	L	K	N	H	A	H	D	S	.	.
Query Conservation																																																																																.	.
Alig confidence																							.	.																				.	.	.	.	.																																.	.
Template Conservation																							.	.																				.	.	.	.	.
Template Sequence		H	E	I	E	L	P	E	G	S	W	G	A	N	S	D	H	S	T	W	W	N	.	.	E	E	T	E	W	T	W	P	H	I	Y	R	A	E	D	R	M	V	A	.	.	.	.	.	I	V	S	R	F	R	G	R	D	E	L	T	N	R	V	I	E	Q	L	A	R	E	L	L	I	L	E	A	S	D	W	Q	F
Template Known Secondary structure								S	B		S	S	G	G	G	S	G	G	G	T	S	S	.	.	T	T	T	T	T	T														.	.	.	.	.						T	T	S	S																			B	T
Template Predicted Secondary structure																							.	.																				.	.	.	.	.
Template SS confidence
		398	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.			.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.						.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470
				341	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370
Predicted Secondary structure		.	.
Query SS confidence		.	.
Query Sequence		.	.	I	G	C	C	C	S	D	K	V	H	R	E	I	V	A	R	F	E	L	A	E	D	M	A	D	N	L	I	R	F
Query Conservation		.	.
Alig confidence		.	.
Template Conservation
Template Sequence		L	I	T	T	G	Q	A	K	E	Y	A	K	R	R	V	L	I	H	S	R	D	F	H	R	L	A	N	E	L	V	R	Y
Template Known Secondary structure					T	T	S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		471	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.