Job Description P54746 Confidence 99.47% Date Thu Jan 5 12:06:04 GMT 2012 Rank 14 Aligned Residues 341 % Identity 14% Template c2b5dX_ PDB info PDB header:hydrolase Chain: X: PDB Molecule:alpha-amylase; PDBTitle: crystal structure of the novel alpha-amylase amyc from thermotoga2 maritima Resolution 2.20 Å

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		6	.	.	.	10	.	.	.	.	.					.	.	.	.	20	.	.	.	.	.			.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.
Predicted Secondary structure												.	.	.	.											.	.																																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence												.	.	.	.											.	.																																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		R	V	H	I	T	P	H	M	H	W	.	.	.	.	D	R	E	W	Y	F	T	T	E	E	.	.	S	R	I	L	L	V	N	N	M	E	E	I	L	C	R	L	E	Q	D	N	E	Y	K	Y	Y	V	L	D	G	Q	T	A	I	L	E	D	Y	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation												.	.	.	.											.	.																																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence												.	.	.	.											.	.																									.													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																				.
Template Sequence		K	I	L	I	F	L	H	A	H	L	P	Y	V	H	H	P	E	Y	D	H	F	L	E	E	R	W	L	F	E	A	I	T	E	T	Y	I	P	L	L	M	M	F	D	E	I	E	D	F	R	L	.	T	M	S	I	T	P	P	L	M	E	M	L	S	S	R	D	L	Q	E	K	Y	E	R	H	M	E	K	L	I
Template Known Secondary structure																	T	T		S	S		T	T											T											S	S					.
Template Predicted Secondary structure																																																				.
Template SS confidence
		4	.	.	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.		.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.
																																					63	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.		.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.			.	.	100	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																							.														.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																							.														.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	F	A	V	K	P	E	N	K	D	R	V	K	K	Q	V	E	A	G	K	L	I	I	.	G	P	W	Y	T	Q	T	D	T	T	I	V	S	.	.	A	E	S	I	V	R	N
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																							.														.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																							.														.	.
Template Conservation
Template Sequence		E	L	A	N	K	E	V	E	R	T	K	K	E	H	P	L	K	H	K	M	A	K	F	Y	R	E	H	F	E	K	I	L	N	V	F	R	S	Y	D	G	N	I	L	E	G	F	K	K	Y	Q	E	T	G	K	L	E	I	V	T	C	N	A	T	H	A	F	L	P	L	Y	Q	M	Y	P	E	V	V	N	A	Q
Template Known Secondary structure											T	T	T	S																									T	T	T		T											T	S								T	T		B		G	G	G	G	T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		83	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.
		105	.	.	.	.	110	.	.	.	.		.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150			.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.		.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure												.																																					.	.															.												.	.	.	.	.
Query SS confidence												.																																					.	.															.												.	.	.	.	.
Query Sequence		L	M	Y	G	M	R	D	C	L	A	.	F	G	E	P	M	K	I	G	Y	L	P	D	S	F	G	M	S	G	Q	L	P	H	I	Y	N	G	F	G	I	T	R	T	M	F	W	R	.	.	G	C	S	E	R	H	G	T	D	K	T	E	F	L	.	W	Q	S	S	D	G	S	E	V	T	A	.	.	.	.	.
Query Conservation												.																																					.	.															.												.	.	.	.	.
Alig confidence												.														.																							.	.															.												.	.	.	.	.
Template Conservation																										.
Template Sequence		I	T	V	G	V	K	N	Y	E	K	H	M	K	K	H	P	R	G	I	W	L	A	E	C	.	G	Y	Y	Q	G	L	D	L	Y	L	A	Q	N	N	V	E	Y	F	F	V	D	S	H	A	F	W	F	A	D	E	Q	P	R	Y	G	V	Y	R	P	I	M	T	P	S	G	V	F	A	F	A	R	D	P	E	S
Template Known Secondary structure														S	S			S					G	G	G	.		B		T	T								T	T								T					T	S	S	S			T	T	G	G	G	S					T	T	S								G	G	G
Template Predicted Secondary structure																										.
Template SS confidence
		163	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.		.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.
																																													176	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.																					.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Q	V	L	P	L	G	Y	A	I	G	K	Y	L	P	A	D	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	E
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		S	E	Q	V	W	S	A	A	V	G	Y	P	G	D	P	R	Y	R	E	F	Y	R	D	I	G	F	D	R	E	M	E	Y	I	K	D	Y	I	D	P	S	G	V	R	I	N	T	G	I	K	Y	H	R	I	T	S	K	S	L	D	A	S	Q	K	E	Y	Y	D	I	D	L	A	M	E	A	V	E	E	H	A	R
Template Known Secondary structure			G	G	G	G		T	T	T	S	G	G	G		T	T	S	B		T	T							S						G	G	G	S		T	T	S						S				B	B			S	S		S		G	G	G			B
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		242	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.
		193	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.		220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240		.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270
Predicted Secondary structure																													.																						.
Query SS confidence																													.																						.
Query Sequence		N	G	L	R	K	R	L	D	S	Y	F	D	V	L	E	K	A	S	V	T	K	E	I	L	L	P	N	.	G	H	D	Q	M	P	L	Q	Q	N	I	F	E	V	M	D	K	L	R	E	I	.	Y	P	Q	R	K	F	V	M	S	R	F	E	E	V	F	E	K	I	E	A	Q	R	D	N	L	A	T	L	K	G
Query Conservation																													.																						.
Alig confidence																													.																						.																					.
Template Conservation																																																																								.
Template Sequence		D	F	L	H	K	K	E	S	Q	A	R	R	L	M	D	I	M	G	V	E	P	V	I	V	A	P	F	D	A	E	L	F	G	H	W	W	F	E	G	V	F	F	L	K	R	F	F	E	L	V	N	E	S	K	D	L	K	L	V	T	A	S	E	V	I	D	T	L	E	E	.	V	Q	I	A	T	P	A	D	S
Template Known Secondary structure																			S	S										G	G	G	B	T	T	T	B	T	T																S	S																.			B					S	B
Template Predicted Secondary structure																																																																								.
Template SS confidence
		322	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.		.	.	.	.	.	.	.	.	400
		271	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.				.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340					.	.	.
Predicted Secondary structure																																																						.	.	.																			.	.	.	.
Query SS confidence																																																						.	.	.																			.	.	.	.
Query Sequence		E	F	I	D	G	K	Y	M	R	V	H	R	T	I	G	S	T	R	M	D	I	K	I	A	H	A	R	I	E	N	K	I	V	N	L	L	E	P	L	A	T	L	A	W	T	L	G	F	E	Y	H	H	.	.	.	G	L	L	E	K	M	W	K	E	I	L	K	N	H	A	H	D	S	.	.	.	.	I	G	C
Query Conservation																																																						.	.	.																			.	.	.	.
Alig confidence										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																										.	.	.																			.	.	.	.
Template Conservation										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		S	W	G	A	T	N	D	W	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	I	Y	R	H	L	H	E	M	I	E	R	M	I	D	L	S	K	K	Y	Y	N	S	S	D	P	L	V	E	R	V	L	N	Q	M	L	R	E	L	F	L	A	Q	S	S	D	W	A	F	I	M	T	T	R
Template Known Secondary structure			S							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																			T	T	T																				T	T	B	G	G	G	T	S				T	T
Template Predicted Secondary structure										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		401	.	.	.	.	.	.	.																				.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.
		344	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		C	C	S	D	K	V	H	R	E	I	V	A	R	F	E	L	A	E	D	M	A	D	N	L	I
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		T	S	V	Q	Y	A	E	N	R	T	K	L	H	I	K	R	F	L	N	L	Y	D	Q	L	V
Template Known Secondary structure
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		472	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.