Job Description P54746 Confidence 99.44% Date Thu Jan 5 12:06:04 GMT 2012 Rank 15 Aligned Residues 357 % Identity 15% Template c1ufaA_ PDB info PDB header:structural genomics, unknown function Chain: A: PDB Molecule:tt1467 protein; PDBTitle: crystal structure of tt1467 from thermus thermophilus hb8 Resolution 2.20 Å

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		4	.	.	.	.	.	10	.	.	.	.	.										.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.
Predicted Secondary structure														.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence														.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		V	S	R	V	H	I	T	P	H	M	H	W	.	.	.	.	.	.	.	.	.	D	R	E	W	Y	F	T	T	E	E	S	R	I	L	L	V	N	N	M	E	E	I	L	C	R	L	E	Q	D	N	E	Y	K	Y	Y	V	L	D	G	Q	T	A	I	L	E	D	Y	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation														.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence														.	.	.	.	.	.	.	.	.																																			.													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																									.
Template Sequence		X	A	R	F	A	L	V	L	H	A	H	L	P	Y	V	R	A	H	G	X	W	P	F	G	E	E	T	L	Y	E	A	X	A	E	T	Y	L	P	L	I	R	V	L	E	R	L	R	A	E	G	V	E	A	P	F	.	T	L	G	I	T	P	I	L	A	E	Q	L	A	D	A	R	I	K	E	G	F	W	A	Y
Template Known Secondary structure																	T	T	S		S	T	T	T	S											T														T	T						.													T
Template Predicted Secondary structure																																																									.
Template SS confidence
		1	.	.	.	.	.	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.		.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.
																																								63	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.		.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.		.	.	.	.	100	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																							.												.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																							.												.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	F	A	V	K	P	E	N	K	D	R	V	K	K	Q	V	E	A	G	K	L	I	I	.	G	P	W	Y	T	Q	T	D	T	T	I	.	V	S	A	E	S	I	V
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																							.												.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																							.												.
Template Conservation
Template Sequence		A	K	D	R	L	E	R	A	Q	G	D	Y	Q	R	Y	R	G	T	A	L	E	A	S	A	R	H	Q	V	A	F	W	E	L	T	L	D	H	F	Q	R	L	S	G	D	L	V	A	A	F	R	K	A	E	E	G	G	Q	V	E	L	I	T	S	N	A	T	H	G	Y	S	P	L	L	G	Y	D	E	A	L	W
Template Known Secondary structure																	T	T	S	T	T																					T	T	T													T	S								T	T		B		G	G	G		S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		103	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.		.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.																	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.						.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160
Predicted Secondary structure														.														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																						.	.	.	.	.
Query SS confidence														.														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																						.	.	.	.	.
Query Sequence		R	N	L	M	Y	G	M	R	D	C	L	A	.	F	G	E	P	M	K	I	G	Y	L	P	D	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	F	G	M	S	G	Q	L	P	H	I	Y	N	G	F	G	I	T	R	T	M	F	.	.	.	.	.	W	R	G	C	S	E	R	H	G	T	D	K
Query Conservation														.														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																						.	.	.	.	.
Alig confidence														.														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																						.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		A	Q	I	K	T	G	V	S	T	Y	R	R	H	F	A	K	D	P	T	G	F	W	L	P	E	X	A	Y	R	P	K	G	P	W	K	P	P	V	E	G	P	P	E	G	V	R	P	G	V	D	E	L	L	X	R	A	G	I	R	Y	T	F	V	D	A	H	L	V	Q	G	G	E	P	L	S	P	V	E	S	Q
Template Known Secondary structure																S	S				B				G	G	G		B			S						S	S	S	S	S															T	T														S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		161	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																								180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.
Predicted Secondary structure																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		T	E	F	L	W	Q	S	S	D	G	S	E	V	T	A	Q	V	L	P	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	L	G	Y	A	I	G	K	Y	L	P	A	D	E	N	G	L	R	K	R	L	D	S
Query Conservation																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		E	A	T	Y	H	V	H	E	L	E	S	G	L	R	V	L	A	R	N	P	E	T	T	L	Q	V	W	S	A	D	Y	G	Y	P	G	E	G	L	Y	R	E	F	H	R	K	D	P	L	S	G	L	H	H	W	R	V	T	H	R	K	A	D	L	A	E	K	A	P	Y	D	P	E	A	A	F	A	K	T	E	E
Template Known Secondary structure		G	G	G	G	S					T	T	S						B											T	T	T	S	G	G	G	S	T	T	S	B		S	S				T	T	T										S	S			G	G	G
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		248	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.
		202	.	.	.	.	.	.	.								210	.	.	.	.	.	.	.	.	.		220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240		.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.
Predicted Secondary structure										.	.	.	.	.	.	.											.																						.
Query SS confidence										.	.	.	.	.	.	.											.																						.
Query Sequence		Y	F	D	V	L	E	K	A	.	.	.	.	.	.	.	S	V	T	K	E	I	L	L	P	N	.	G	H	D	Q	M	P	L	Q	Q	N	I	F	E	V	M	D	K	L	R	E	I	.	Y	P	Q	R	K	F	V	M	S	R	F	E	E	V	F	E	K	I	E	A	Q	R	D	N	L	A	T	L	K	G	E	F
Query Conservation										.	.	.	.	.	.	.											.																						.
Alig confidence										.	.	.	.	.	.	.											.																						.															.	.	.
Template Conservation																																																																.	.	.
Template Sequence		H	A	R	H	F	V	G	L	L	E	R	L	A	G	R	H	P	E	G	V	I	L	S	P	Y	D	A	E	L	F	G	H	W	W	Y	E	G	V	A	W	L	E	A	V	L	R	L	L	A	Q	N	P	K	V	R	P	V	T	A	R	E	A	.	.	.	V	Q	G	P	A	V	R	T	A	L	P	E	G	S	W
Template Known Secondary structure																		T	T									G	G	G	B	T	T	T	B	T	T														T		S	S										.	.	.	T		S									S	B		S
Template Predicted Secondary structure																																																																.	.	.
Template SS confidence
		328	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.				390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.
		273	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340					.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																																						.	.	.	.
Query SS confidence																																																																						.	.	.	.
Query Sequence		I	D	G	K	Y	M	R	V	H	R	T	I	G	S	T	R	M	D	I	K	I	A	H	A	R	I	E	N	K	I	V	N	L	L	E	P	L	A	T	L	A	W	T	L	G	F	E	Y	H	H	G	L	L	E	K	M	W	K	E	I	L	K	N	H	A	H	D	S	.	.	.	.	I	G	C	C	C	S	D	K
Query Conservation																																																																						.	.	.	.
Alig confidence													.	.	.	.	.	.	.	.	.																											.	.																					.	.	.	.
Template Conservation													.	.	.	.	.	.	.	.	.																											.	.
Template Sequence		G	R	G	G	D	H	R	V	W	L	N	.	.	.	.	.	.	.	.	.	E	K	T	L	D	Y	W	E	K	V	Y	R	A	E	G	A	X	R	E	A	A	R	R	G	V	L	.	.	P	E	G	V	L	R	Q	A	X	R	E	L	L	L	L	E	A	S	D	W	P	F	L	X	E	T	G	Q	A	E	A	Y
Template Known Secondary structure		S	G	G	G	S	S	T	T	T	S	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	G	G																							S	.	.																T	B	T										S	S
Template Predicted Secondary structure													.	.	.	.	.	.	.	.	.																											.	.
Template SS confidence
		405	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.										.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.			.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.
		349	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		V	H	R	E	I	V	A	R	F	E	L	A	E	D	M	A	D	N	L	I	R	F	Y	M	R	K	I
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		A	R	E	R	Y	E	E	H	A	R	A	F	F	H	L	L	K	G	A	S	P	E	E	L	R	A	L
Template Known Secondary structure
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		474	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500