Job Description P54746 Confidence 99.94% Date Thu Jan 5 12:06:04 GMT 2012 Rank 10 Aligned Residues 384 % Identity 14% Template c1k1yA_ PDB info PDB header:transferase Chain: A: PDB Molecule:4-alpha-glucanotransferase; PDBTitle: crystal structure of thermococcus litoralis 4-alpha-glucanotransferase2 complexed with acarbose Resolution 2.40 Å

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		1	.	.	.	.	.	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		M	K	A	V	S	R	V	H	I	T	P	H	M	H	W	D	R	E	W	Y	F	T	T	E	E	S	R	I	L	L	V	N	N	M	E	E	I	L	C	R	L	E	Q	D	N	E	Y	K	Y	Y	V	L	D	G	Q	T	A	I	L	E	D	Y	F	A	V	K	P	E	N	K	D	R	V	K	K	Q	V	E	A	G
Query Conservation
Alig confidence					.																		.	.																											.
Template Conservation					.																		.	.																											.
Template Sequence		M	E	R	.	I	N	F	I	F	G	I	H	N	H	Q	P	L	G	N	F	G	.	.	W	V	F	E	E	A	Y	N	R	S	Y	R	P	F	M	E	I	L	E	E	F	P	E	M	K	V	.	N	V	H	F	S	G	P	L	L	E	W	I	E	E	N	K	P	D	Y	L	D	L	L	R	S	L	I	K	R	G
Template Known Secondary structure					.													T	T				.	.										T										T		T	T				.																													T	T
Template Predicted Secondary structure					.																		.	.																											.
Template SS confidence
		1	.	.		.	.	.	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20			.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.		.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.
		81	.	.	.		.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.					.	150	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure						.																																																																	.	.	.	.
Query SS confidence						.																																																																	.	.	.	.
Query Sequence		K	L	I	I	.	G	P	W	Y	T	Q	T	D	T	T	I	V	S	A	E	S	I	V	R	N	L	M	Y	G	M	R	D	C	L	A	F	G	E	P	M	K	I	G	Y	L	P	D	S	F	G	M	S	G	Q	L	P	H	I	Y	N	G	F	G	I	T	R	T	M	F	.	.	.	.	W	R	G	C	S	E	R
Query Conservation						.																																																																	.	.	.	.
Alig confidence						.																																												.																					.	.	.	.
Template Conservation																																																		.
Template Sequence		Q	L	E	I	V	V	A	G	F	Y	E	P	V	L	A	A	I	P	K	E	D	R	L	V	Q	I	E	M	L	K	D	Y	A	R	K	L	G	Y	D	A	K	G	V	W	L	T	E	R	.	V	W	Q	P	E	L	V	K	S	L	R	E	A	G	I	E	Y	V	V	V	D	D	Y	H	F	M	S	A	G	L	S
Template Known Secondary structure							B			T	T		B		G	G	G	S																			T	T									G	G	G	.				T	T								T	T															T
Template Predicted Secondary structure																																																		.
Template SS confidence
		77	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.		.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.
		156	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.						.	.	220	.	.						.	.	.
Predicted Secondary structure																																																																.	.	.	.	.						.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																																.	.	.	.	.						.	.	.	.	.
Query Sequence		H	G	T	D	K	T	E	F	L	W	Q	S	S	D	G	S	E	V	T	A	Q	V	L	P	L	G	Y	A	I	G	K	Y	L	P	A	D	E	N	G	L	R	K	R	L	D	S	Y	F	D	V	L	E	K	A	S	V	T	K	E	I	L	L	.	.	.	.	.	P	N	G	H	D	.	.	.	.	.	Q	M	P
Query Conservation																																																																.	.	.	.	.						.	.	.	.	.
Alig confidence													.																								.	.	.	.	.																							.	.	.	.	.						.	.	.	.	.
Template Conservation													.																								.	.	.	.	.
Template Sequence		K	E	E	L	F	W	P	Y	Y	T	E	.	D	G	G	E	V	I	T	V	F	P	I	D	E	K	L	R	Y	L	I	P	F	R	P	.	.	.	.	.	V	K	K	T	I	E	Y	L	E	S	L	T	S	D	D	P	S	K	V	A	V	F	H	D	D	G	E	K	F	G	V	W	P	G	T	Y	E	W	V	Y
Template Known Secondary structure		G	G	G		S	S						.		T	T																T	T	T	S		.	.	.	.	.														S		T	T									G	G	G	T	T	T	S	T	T						T
Template Predicted Secondary structure													.																								.	.	.	.	.
Template SS confidence
		156	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.		.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.						190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		226	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280			.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																									.	.																				.	.	.	.
Query SS confidence																																																									.	.																				.	.	.	.
Query Sequence		L	Q	Q	N	I	F	E	V	M	D	K	L	R	E	I	Y	P	Q	R	K	F	V	M	S	R	F	E	E	V	F	E	K	I	E	A	Q	R	D	N	L	A	T	L	K	G	E	F	I	D	G	K	Y	M	R	V	.	.	H	R	T	I	G	S	T	R	M	D	I	K	I	A	H	A	R	I	E	.	.	.	.
Query Conservation																																																									.	.																				.	.	.	.
Alig confidence																.	.	.																	.	.	.	.	.	.																	.	.																				.	.	.	.
Template Conservation																.	.	.																	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		E	K	G	W	L	R	E	F	F	D	A	I	T	S	.	.	.	N	E	K	I	N	L	M	T	Y	S	E	Y	L	S	K	F	.	.	.	.	.	.	T	P	R	G	L	V	Y	L	P	I	A	S	Y	F	E	M	S	E	W	S	L	P	A	K	Q	A	K	L	F	V	E	F	V	E	Q	L	K	E	E	G	K
Template Known Secondary structure		T	T												S	.	.	.		T	T														.	.	.	.	.	.					B					S				T	T					T	S																	T	T	T
Template Predicted Secondary structure																.	.	.																	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.				.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.							260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300
																300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.		.	.	.	360	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																										.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																										.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	N	K	I	V	N	L	L	E	P	L	A	T	L	A	W	T	L	G	F	E	Y	H	H	G	L	L	E	K	M	W	K	E	I	L	K	N	H	A	H	D	S	I	G	C	C	C	S	D	K	V	H	R	E	I	V	A	R	.	F	E	L	A	E	D	M	A
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																										.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																										.
Template Conservation
Template Sequence		F	E	K	Y	R	V	F	V	R	G	G	I	W	K	N	F	F	F	K	Y	P	E	S	N	F	M	H	K	R	M	L	M	V	S	K	A	V	R	D	N	P	E	A	R	K	Y	I	L	K	A	Q	C	N	D	A	Y	W	H	G	V	F	G	G	I	Y	L	P	H	L	R	R	T	V	W	E	N	I	I	K	A
Template Known Secondary structure						G	G	G						G	G	G																							T	T											T	T	B	G	G	G	G			S	S	S		G	G	G
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		301	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380
		365	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		D	N	L	I	R	F	Y	M	R	K	I	A	D	N	M	P	Q	S	D	A	D	K	L	V	L	F	N	L	M	P	W	P	R	E	E	V	I	N	T	T	V	R	L	R	A	S	Q	F	N	L	R	D	D	R	G	Q	P	V
Query Conservation
Alig confidence							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.															.	.	.	.	.
Template Conservation							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.															.	.	.	.	.
Template Sequence		Q	R	Y	L	K	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	P	E	N	K	I	L	D	V	D	F	D	G	R	A	.	.	.	.	.	E	I	M	V	E	N	D	G	F	I	A	T	I	K	P	H	Y	G	G	S	I
Template Known Secondary structure			T	T	S		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.								S	S		S	S	S		.	.	.	.	.							S	S							T	T	T	T	T
Template Predicted Secondary structure							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.															.	.	.	.	.
Template SS confidence
		381	.	.	.	.														.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.						400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420