Job Description P37330 Confidence 99.83% Date Thu Jan 5 11:55:16 GMT 2012 Rank 5 Aligned Residues 280 % Identity 17% Template c3pugA_ PDB info PDB header:transferase Chain: A: PDB Molecule:malate synthase; PDBTitle: haloferax volcanii malate synthase native at 3mm glyoxylate Resolution 2.70 Å

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		268	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.																	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.
Predicted Secondary structure																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		I	L	D	C	E	D	S	V	A	A	V	D	A	E	D	K	I	L	L	Y	R	N	L	L	G	L	M	Q	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	T	L	Q	E	K	M	E	K	N	G	R	Q	I	V	R	K	L	N	D	D	R	H	Y	T	A	A	D	G	S	E	I	S	L	H	G
Query Conservation																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence												.	.	.																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																.	.	.	.	.
Template Conservation												.	.	.																																																															.	.	.	.	.
Template Sequence		V	P	D	N	E	D	A	T	A	P	.	.	.	S	M	R	D	E	G	A	E	N	I	V	E	V	I	S	E	Q	G	A	E	F	P	G	E	I	H	P	R	M	V	W	H	R	D	S	P	E	T	R	Y	Q	G	F	Q	H	M	L	D	I	T	D	P	E	R	G	A	V	E	H	I	H	G	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure					S	S	T	T	S		G	.	.	.	G	G																G	G	G			S					B					T	T																T		G	G	G	S		G	G	G				.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure												.	.	.																																																															.	.	.	.	.
Template SS confidence
		47	.	.	50	.	.	.	.	.	.				.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.
		332	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		R	S	L	L	F	I	R	N	V	G	H	L	M	T	I	P	V	I	W	D	S	E	G	N	E	I	P	E	G	I	L	D	G	V	M	T	G	A	I	A	L	Y	D	L	K	V	Q	K	N	S	R	T	G	S	V	Y	I	V	K	P	K	M	H	G	P	Q	E	V	A	F	A	N	K	L	F	T	R	I	E	T
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	F	V	I	P	E	V	G	G	I	D	D	W	K	K	A	D	E	F	F	T	I	V	E	H
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.					S			S
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
																																																										119	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.
		412	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.							.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460		.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																		.	.	.	.	.	.																		.
Query SS confidence																																		.	.	.	.	.	.																		.
Query Sequence		M	L	G	M	A	P	N	T	L	K	M	G	I	M	D	E	E	R	R	T	S	L	N	L	R	S	C	I	A	Q	A	R	.	.	.	.	.	.	N	R	V	A	F	I	N	T	G	F	L	D	R	T	G	D	E	.	M	H	S	V	M	E	A	G	P	M	L	R	K	N	Q	M	K	S	T	P	W	I	K	A
Query Conservation																																		.	.	.	.	.	.																		.
Alig confidence																																		.	.	.	.	.	.																		.														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		E	H	G	L	D	E	G	S	L	A	M	S	V	I	I	E	S	G	E	A	E	L	A	M	G	D	L	R	D	E	M	G	K	P	T	N	N	L	E	R	L	F	L	L	V	D	G	E	V	D	Y	T	K	D	M	R	A	M	T	P	T	G	E	L	P	A	W	P	E	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure			T	T			T	T		S								S							G	G	G					T	T	S	T	T			G	G	G															T	T				S	S									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																																																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		143	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.
		485	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		Y	E	R	N	N	V	L	S	G	L	F	C	G	L	R	G	K	A	Q	I	G	K	G	M	W	A	M	P	D	L	M	A	D	M	Y	S	Q	K	G	D	Q	L	R	A	G	A	N	T	A	W	V	P	S	P	T	A	A	T	L	H	A	L	H	Y	H	Q	T	N	V	Q	S	V	Q	A	N	I	A	Q	T	E
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.																														.																																.	.
Template Conservation		.	.	.																														.																																.	.
Template Sequence		.	.	.	L	R	H	N	T	S	R	G	A	S	A	A	G	C	V	A	V	D	G	P	Y	D	D	I	R	D	V	E	G	.	Y	R	E	R	M	T	D	N	Q	A	K	G	M	L	G	I	W	S	L	T	P	G	Q	V	V	E	A	N	T	S	P	.	.	L	P	P	K	T	G	S	W	L	L	D	E	E	L
Template Known Secondary structure		.	.	.													T											T	T					.										T	T	T							S	S										T	T	.	.	S			S	S									S
Template Predicted Secondary structure		.	.	.																														.																																.	.
Template SS confidence
					212	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240		.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.			.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.
		565	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		F	N	A	E	F	E	P	L	L	D	D	L	L	T	I	P	V	A	E	N	A	N	W	S	A	Q	E	I	Q	Q	E	L	D	N	N	V	Q	G	I	L	G	Y	V	V	R	W	V	E	Q	G	I	G	C	S	K	V	P	D	I	H	N	V	A	L	M	E	D	R	A	T	L	R	I	S	S	Q	H	I	A	N
Query Conservation
Alig confidence												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.								.	.	.	.	.
Template Conservation												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.								.	.	.	.	.
Template Sequence		L	G	L	T	S	Y	V	P	S	M	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	D	D	I	V	D	S	M	.	.	.	.	.	E	E	F	E	W	D	E	A	T	Y	Q	A	A	M	T	P	I	S	L
Template Known Secondary structure		G	G	G								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.								.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.								.	.	.	.	.
Template SS confidence
		334	.	.	.	.	.	340	.	.	.																																								.	.	.	.	.	.	350						.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		645	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.	.	.	.	.	.	.	680
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		W	L	R	H	G	I	L	T	K	E	Q	V	Q	A	S	L	E	N	M	A	K	V	V	D	Q	Q	N	A	G	D	P	A	Y	R	P	M
Query Conservation
Alig confidence					.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation					.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		F	Q	D	.	.	.	.	.	.	.	.	V	Y	E	N	R	P	D	Q	H	E	E	L	E	E	R	Y	G	A	G	V	V	E	R	A	M
Template Known Secondary structure					.	.	.	.	.	.	.	.																									T
Template Predicted Secondary structure					.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		402	.	.									.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.