Job Description P33195 Confidence 99.50% Date Thu Jan 5 11:51:15 GMT 2012 Rank 128 Aligned Residues 305 % Identity 15% Template c2vycA_ PDB info PDB header:lyase Chain: A: PDB Molecule:biodegradative arginine decarboxylase; PDBTitle: crystal structure of acid induced arginine decarboxylase2 from e. coli Resolution 2.4 Å

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		548	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.			.
Predicted Secondary structure																																																																															.	.
Query SS confidence																																																																															.	.
Query Sequence		M	I	A	Q	L	A	D	W	L	V	K	L	T	G	Y	D	A	V	C	M	Q	P	N	S	G	A	Q	G	E	Y	A	G	L	L	A	I	R	H	Y	H	E	S	R	N	E	G	H	R	D	I	C	L	I	P	A	S	A	H	G	T	N	P	A	S	A	H	M	A	G	M	Q	V	V	V	V	A	C	.	.	D
Query Conservation																																																																															.	.
Alig confidence																																							.	.	.	.	.	.	.	.																																	.	.
Template Conservation																																							.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		A	F	G	E	S	E	K	Y	A	A	R	V	F	G	A	D	R	S	W	S	V	V	V	G	T	S	G	S	N	R	T	I	M	Q	A	C	M	.	.	.	.	.	.	.	.	T	D	N	D	V	V	V	V	D	R	N	C	H	K	S	I	E	Q	G	L	M	L	T	G	A	K	P	V	Y	M	V	P	S	R	N
Template Known Secondary structure															T		S						S	S															.	.	.	.	.	.	.	.		T	T							S	S																							B
Template Predicted Secondary structure																																							.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		206	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.									.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.
		626	.	.	.	630									.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.								.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.	.	.	.	.	.	.	680	.	.	.
Predicted Secondary structure							.	.	.	.	.	.	.	.														.	.	.	.	.	.	.																																									.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence							.	.	.	.	.	.	.	.														.	.	.	.	.	.	.																																									.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		K	N	G	N	I	.	.	.	.	.	.	.	.	D	L	T	D	L	R	A	K	A	E	Q	A	G	.	.	.	.	.	.	.	D	N	L	S	C	I	M	V	T	Y	P	S	T	H	G	V	Y	E	E	T	I	R	E	V	C	E	V	V	H	Q	F	G	G	Q	V	Y	L	D	G	A	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation							.	.	.	.	.	.	.	.														.	.	.	.	.	.	.																																									.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence							.	.	.	.	.	.	.	.														.	.	.	.	.	.	.																				.																					.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																						.
Template Sequence		R	Y	G	I	I	G	P	I	Y	P	Q	E	M	Q	P	E	T	L	Q	K	K	I	S	E	S	P	L	T	K	D	K	A	G	Q	K	P	S	Y	C	V	V	T	N	C	T	Y	D	G	V	C	Y	N	.	A	K	E	A	Q	D	L	L	E	K	T	S	D	R	L	H	F	D	E	A	W	Y	G	Y	A	R	F
Template Known Secondary structure		T	T	S		B					G	G	G	G	S												T	T	T	G	G	G	T	T				S						S	S		T	T	S					.									T	T	T		S							T	T		T	T	G	G	G
Template Predicted Secondary structure																																																						.
Template SS confidence
		278	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.		330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.
							684	.	.	.	.	.	690	.	.	.	.	.	.	.	.	.	700	.	.	.	.	.	.	.	.	.	710	.	.	.	.	.	.	.	.	.	720	.	.	.	.	.	.	.	.	.	730	.	.	.	.	.	.	.	.	.	740	.	.			.	.	.	.	.	.	.	750	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.																																																												.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.																																																												.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	N	M	N	A	Q	V	G	I	T	S	P	G	F	I	G	A	D	V	S	H	L	N	L	H	K	T	F	C	I	P	H	G	G	G	G	P	G	M	G	P	I	G	V	K	A	H	L	A	P	F	V	P	G	H	S	V	V	Q	I	.	.	E	G	M	L	T	R	Q	G	A	V	S	A	A	P
Query Conservation		.	.	.	.	.																																																												.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.																										.											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.							.	.
Template Conservation																																.											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		N	P	I	Y	A	D	H	Y	A	M	R	G	E	P	G	D	H	N	G	P	T	V	F	A	T	H	S	T	H	L	.	L	N	A	L	S	Q	A	S	Y	I	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	H	V	R	E	G	R	G	A	I	N	F	S	R	F	N	Q	A	Y	M	M	H	A
Template Known Secondary structure			G	G	G	T	T	S	S	S	S		S						S	S	B											.		S			T	T					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.						B	T														T	S
Template Predicted Secondary structure																																.											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		357	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.		.	.	.	390	.	.	.	.	.	.																		.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.
		757	.	.	760	.	.	.	.	.	.	.	.			.	770	.	.	.	.	.	.	.	.	.	780	.	.	.	.	.	.	.	.	.	790	.	.	.	.	.	.	.	.	.	800	.	.	.	.	.	.	.	.	.	810	.	.
Predicted Secondary structure														.	.																																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence														.	.																																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		F	G	S	A	S	I	L	P	I	S	W	M	.	.	Y	I	R	M	M	G	A	E	G	L	K	K	A	S	Q	V	A	I	L	N	A	N	Y	I	A	S	R	L	Q	D	A	F	P	V	L	Y	T	G	R	D	G	R	V	A	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation														.	.																																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence														.	.																																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		T	T	S	P	L	Y	A	I	C	A	S	N	D	V	A	V	S	M	M	D	G	N	S	G	L	S	L	T	Q	E	V	I	D	E	A	V	D	F	R	Q	A	M	A	R	L	Y	K	E	F	T	A	D	G	S	W	F	F	K	P	W	N	K	E	V	V	T	D	P	Q	T	G	K	T	Y	D	F	A	D	A	P
Template Known Secondary structure			S	S																	S	T																														T	T	T							S	S		S					T	T	T						G	G	G	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.
																													813	.	.	.	.	.	.	820	.	.	.	.	.	.													.	.	.	830	.	.	.	.	.	.	.	.	.	840	.	.	.	.	.	.	.	.	.	850			.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																									.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																									.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	H	E	C	I	L	D	I	R	P	L	K	E	E	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	I	S	E	L	D	I	A	K	R	L	I	D	Y	G	F	H	A	P	T	M	S	F	P	.	.	V
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																									.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																			.	.	.	.	.		.	.
Template Conservation																																																																									.	.	.	.	.
Template Sequence		T	K	L	L	T	T	V	Q	D	C	W	V	M	H	P	G	E	S	W	H	G	F	K	D	I	P	D	N	W	S	M	L	D	P	I	K	V	S	I	L	A	P	G	M	G	E	D	G	E	L	E	E	T	G	V	P	A	A	L	V	T	A	W	L	G	R	H	G	I	V	P	.	.	.	.	.	T	R	T	T
Template Known Secondary structure									G	G	G	T	B			T	T		T	T	T			T	T			T	T	S					T	T							S		B		T	T	S	S	B		S	S													T	T	T				.	.	.	.	.	S
Template Predicted Secondary structure																																																																									.	.	.	.	.
Template SS confidence
		500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570						.	.	.	.
		852	.	.	.	.	.	.	.	860	.	.	.	.	.	.	.	.	.	870	.	.	.	.	.	.	.	.	.	880	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		A	G	T	L	M	V	E	P	T	E	S	E	S	K	V	E	L	D	R	F	I	D	A	M	L	A	I	R	A	E	I	D	Q
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		D	F	Q	I	M	F	L	F	S	M	G	V	T	R	G	K	W	G	T	L	V	N	T	L	C	S	F	K	R	H	Y	D	A
Template Known Secondary structure		S	S								T	T			T	T	T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		575	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.

No model constructed - rank, confidence too low