Job Description P75906 Confidence 92.28% Date Thu Jan 5 12:15:53 GMT 2012 Rank 186 Aligned Residues 143 % Identity 13% Template c3k8kB_ PDB info PDB header:membrane protein Chain: B: PDB Molecule:alpha-amylase, susg; PDBTitle: crystal structure of susg Resolution 2.20 Å

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		334	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370			.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.
Predicted Secondary structure																																							.	.
Query SS confidence																																							.	.
Query Sequence		R	N	I	D	V	L	I	Q	R	V	K	D	M	Q	I	S	T	V	Y	L	Q	A	F	A	D	P	D	G	D	G	L	V	K	E	V	W	F	.	.	P	N	R	L	L	P	M	K	A	D	I	F	S	R	V	A	W	Q	L	R	T	R	S	G	V	N	I	Y	A	W	M	P	V	L	S	W	D	L	D	P	T
Query Conservation																																							.	.
Alig confidence																																							.	.																	.			.								.	.	.	.	.
Template Conservation																																																									.			.								.	.	.	.	.
Template Sequence		N	G	V	T	Q	K	L	D	Y	L	N	Q	L	G	V	K	A	L	W	L	S	P	I	H	P	C	X	S	Y	H	G	Y	D	V	T	D	Y	T	K	V	N	P	Q	L	G	T	E	S	D	F	D	R	L	V	T	.	E	A	.	H	N	R	G	I	K	I	.	.	.	.	.	Y	L	D	Y	V	X	N	H	T
Template Known Secondary structure						T	T							T	T		S								S		B	S	S	T	T			S	B	S		T	T	S			T	T	T												.			.			T	T				.	.	.	.	.							S
Template Predicted Secondary structure																																																									.			.								.	.	.	.	.
Template SS confidence
		83	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.		.	.		140	.	.	.	.	.	.						.	.	.	150	.	.	.	.	.
		412	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		L	T	R	V	K	Y	L	P	T	G	E	K	K	A	Q	I	H	P	E	Q	Y	H	R	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		G	T	A	H	P	W	F	T	E	A	S	S	S	S	E	S	P	Y	R	N	Y	Y	S	F	S	E	D	P	K	T	D	I	A	A	G	K	I	A	X	I	T	Q	E	G	A	A	G	Y	N	A	A	E	W	F	Q	V	S	D	E	T	A	A	V	K	G	L	L	K	F	T	L	D	W	S	N	A	P	S	P	I
Template Known Secondary structure			T	T	S							T	T		T	T	S	G	G	G	G	G	B				S								T	T		S	T	T			S	S	G	G	G	G			G	G	G				S		S																S	S	T	T	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		156	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		L	V	V	S	T	G	T	K	A	D	E	D	N	P	D	T	G	T	D	N	A	K	Y	L	Y	Y	G	E	D	I	C	K	K	F	Y	D	K	G	N	N	I	Y	E	L	T	V	D	F	E	S	T	W	G	L	L	I	R	T	S	N	A	S	F	W	P	S	G	T	K	Y	G	A	S	S	S	S	E	K	L	A
Template Known Secondary structure								S	S				S		S					T	T							T	T	T									S	S	S											S	S						S			S	S	S			T	T				B	B	S	S	T	T			B
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		236	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.
																																							435	.	.	.	.	440	.							.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.								.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.								.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	L	S	P	F	D	D	R	.	.	.	.	.	.	V	R	A	Q	V	G	M	L	Y	E	D	L	A	G	H	A	A	F	D	G	I	L	F	H	D	D	A	L	L	S
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.								.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.								.	.	.	.	.	.														.										.	.
Template Conservation																																																																	.										.	.
Template Sequence		L	N	K	D	F	K	L	T	N	A	G	N	P	A	N	I	X	F	D	S	Q	Q	I	T	Y	F	H	S	H	F	C	T	D	W	F	A	D	L	N	Y	G	P	V	D	Q	A	G	E	S	P	A	Y	Q	A	I	A	D	A	A	K	G	W	I	.	A	R	G	V	D	G	L	R	L	.	.	D	A	V	K	H
Template Known Secondary structure		T	T	S					B		S	S	S		B		B		B	T	T									T	T	S		T	T				B				S	T	T	T	G	G	G																.		T	T							.	.	T	T	G	G	G
Template Predicted Secondary structure																																																																	.										.	.
Template SS confidence
		316	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.		.	380	.	.	.	.	.	.	.			.	.	390	.	.
		472	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		D	Y	E	D	A	S	A	P	A	I	T	A	Y	Q	Q
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		I	Y	H	S	E	T	S	E	E	N	P	R	F	L	K
Template Known Secondary structure		S	S	S		S	S	S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		393	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.

No model constructed - rank, confidence too low

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Kelley LA and Sternberg MJE. Nature Protocols 4, 363 - 371 (2009) [pdf] [Import into BibTeX]
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