Job Description P21889 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 11:38:40 GMT 2012 Rank 6 Aligned Residues 428 % Identity 26% Template c3bjuB_ PDB info PDB header:ligase Chain: B: PDB Molecule:lysyl-trna synthetase; PDBTitle: crystal structure of tetrameric form of human lysyl-trna2 synthetase Resolution 2.31 Å

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		2	.	.	.	.	.	.	.	10	.										.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30		.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.					.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure												.	.	.	.	.	.	.	.	.																				.																								.	.	.	.
Query SS confidence												.	.	.	.	.	.	.	.	.																				.																								.	.	.	.
Query Sequence		R	T	E	Y	C	G	Q	L	R	L	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	H	V	G	Q	Q	V	T	L	C	G	W	V	N	R	R	R	D	L	.	G	S	L	I	F	I	D	M	R	D	R	E	G	I	V	Q	V	F	F	D	P	D	R	.	.	.	.	A	D	A	L	K	L	A	S	E	L	R	N	E	F
Query Conservation												.	.	.	.	.	.	.	.	.																				.																								.	.	.	.
Alig confidence												.	.	.	.	.	.	.	.	.																				.																								.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		V	D	I	S	L	T	D	F	I	Q	K	Y	S	H	L	Q	P	G	D	H	L	T	D	I	T	L	K	V	A	G	R	I	H	A	K	R	A	S	G	G	K	L	I	F	Y	D	L	R	G	E	G	V	K	L	Q	V	M	A	N	S	R	N	Y	K	S	E	E	E	F	I	H	I	N	N	K	L	R	R	G	D
Template Known Secondary structure				S									S	T	T			T	T		B		T	T															S	S	S	S									T	T									T	T	T	S	S														T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		101	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180
		68	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.		.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.		130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																								.																									.
Query SS confidence																																								.																									.
Query Sequence		C	I	Q	V	T	G	T	V	R	A	R	D	E	K	N	I	N	R	D	M	A	T	G	E	I	E	V	L	A	S	S	L	T	I	I	N	R	A	.	D	V	L	P	L	D	S	N	H	V	N	T	E	E	A	R	L	K	Y	R	Y	L	D	L	.	R	R	P	E	M	A	Q	R	L	K	T	R	A	K	I	T
Query Conservation																																								.																									.
Alig confidence											.	.	.	.	.	.	.	.	.																					.					.	.	.	.	.	.	.	.													.
Template Conservation											.	.	.	.	.	.	.	.	.																										.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		I	I	G	V	Q	G	N	P	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	K	T	K	K	G	E	L	S	I	I	P	Y	E	I	T	L	L	S	P	C	L	H	M	L	P	.	.	.	.	.	.	.	.	K	E	T	R	Y	R	Q	R	Y	L	D	L	I	L	N	D	F	V	R	Q	K	F	I	I	R	S	K	I	I
Template Known Secondary structure											.	.	.	.	.	.	.	.	.			T	T																		S				.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure											.	.	.	.	.	.	.	.	.																										.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		181	.	.	.	.	.	.	.	.										190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.									.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.
		146	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.		.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																													.
Query SS confidence																													.
Query Sequence		S	L	V	R	R	F	M	D	D	H	G	F	L	D	I	E	T	P	M	L	T	K	A	T	P	E	G	.	A	R	D	Y	L	V	P	S	R	V	H	K	G	K	F	Y	A	L	P	Q	S	P	Q	L	F	K	Q	L	L	M	M	S	G	F	D	R	Y	Y	Q	I	V	K	C	F	R	D	E	D	L	R	A	D
Query Conservation																													.
Alig confidence																													.																	.
Template Conservation																																														.
Template Sequence		T	Y	I	R	S	F	L	D	E	L	G	F	L	E	I	E	T	P	M	M	N	I	I	P	G	G	A	V	A	K	P	F	I	T	Y	H	N	E	L	D	M	N	L	Y	.	M	R	I	A	P	E	L	Y	H	K	M	L	V	V	G	G	I	D	R	V	Y	E	I	G	R	Q	F	R	N	E	G	I	D	L	T
Template Known Secondary structure											T	T								S			S	S			S	S	S	S								T	T	T	T					.			S		S										T	T																	B	T	T
Template Predicted Secondary structure																																														.
Template SS confidence
		252	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.		.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330
		225	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.																			.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		R	Q	P	E	F	T	Q	I	D	V	E	T	S	F	M	T	A	P	Q	V	R	E	V	M	E	A	L	V	R	H	L	W	L	E	V	K	G	V	D	L	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	D	F	P	V	M	T	F	A	E	A	E	R	R	Y	G	S	D	K	P	D	L
Query Conservation																																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																																											.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		H	N	P	E	F	T	T	C	E	F	Y	M	A	Y	A	D	Y	H	D	L	M	E	I	T	E	K	M	V	S	G	M	V	K	H	I	T	G	S	Y	K	V	T	Y	H	P	D	G	P	E	G	Q	A	Y	D	V	D	F	T	P	P	F	R	R	I	N	M	V	E	E	L	E	K	A	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		B		S											T																						T	S	S	S						T	T		T	T	S									S	S														.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																																																											.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		331	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.
		287	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		R	N	P	M	E	L	T	D	V	A	D	L	L	K	S	V	E	F	A	V	F	A	G	P	A	N	D	P	K	G	R	V	A	A	L	R	V	P	G	G	A	S	L	T	R	K	Q	I	D	E	Y	G	N	F	V	K	I	Y	G	A	K	G	L	A	Y	I	K	V	N	E	R	A	K	G	L	E	G	I	N	S
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	L	G	M	K	L
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.		T	S
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
																																																																													404	.	.	.	.
		367	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		P	V	A	K	F	L	N	A	E	I	I	E	D	I	L	D	R	T	A	A	Q	D	G	D	M	I	F	F	G	A	D	N	K	K	I	V	A	D	A	M	G	A	L	R	L	K	V	G	K	D	L	G	L	T	D	E	S	K	W	A	P	L	W	V	I	D	F	P	M	F	E	D	D	G	E	G	G	L	T	A
Query Conservation
Alig confidence																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		P	E	T	N	L	F	E	T	E	E	T	R	K	I	L	D	D	I	C	V	A	K	A	V	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	E	C	P	P	P	R	T	T	A	R	L	L	D	K	L	V	G	E	F	L	E	V	T	C	I	N	P	T	F	I	C	D	H	P	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure				G	G	G	T	T	S														T	T		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.				S																T	G	G	G			S								B	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		409	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.											.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.
		447	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.					.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.
Predicted Secondary structure																																																													.	.	.	.
Query SS confidence																																																													.	.	.	.
Query Sequence		M	H	H	P	F	T	S	P	K	D	M	T	A	A	E	L	K	A	A	P	E	N	A	V	A	N	A	Y	D	M	V	I	N	G	Y	E	V	G	G	G	S	V	R	I	H	N	G	D	M	Q	Q	T	V	F	G	I	L	G	I	.	.	.	.	N	E	E	E	Q	R	E	K	F	G	F	L	L	D	A	L	K
Query Conservation																																																													.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.																																																				.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	Q	I	M	S	P	L	A	K	W	H	R	S	K	E	G	L	T	E	R	F	E	L	F	V	M	K	K	E	I	C	N	A	Y	T	E	L	N	D	P	M	R	Q	R	Q	L	F	E	E	Q	A	K	A	K	A	A	G	D	D	E	A	M	F	I	D	E	N	F	C	T	A	L	E
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	G	G	G		T	T	B		B		S	S	S	T	T	B	B	S							T	T									B																				T	T		T	T	S												T
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
										467	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.
		523	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		Y	G	T	P	P	H	A	G	L	A	F	G	L	D	R	L	T	M	L	L	T	G	T	D	N	I	R	D	V	I	A	F	P	K	T	T	A
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		Y	G	L	P	P	T	A	G	W	G	M	G	I	D	R	V	A	M	F	L	T	D	S	N	N	I	K	E	V	L	L	F	P	A	M	K	K
Template Known Secondary structure		T	T			S																T	T		S	S	G	G	G	G	S	S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		539	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.