Job Description P21889 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 11:38:40 GMT 2012 Rank 13 Aligned Residues 354 % Identity 37% Template c1n9wA_ PDB info PDB header:biosynthetic protein Chain: A: PDB Molecule:aspartyl-trna synthetase 2; PDBTitle: crystal structure of the non-discriminating and archaeal-2 type aspartyl-trna synthetase from thermus thermophilus Resolution 2.30 Å

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		1	.	.	.	.	.	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		M	R	T	E	Y	C	G	Q	L	R	L	S	H	V	G	Q	Q	V	T	L	C	G	W	V	N	R	R	R	D	L	G	S	L	I	F	I	D	M	R	D	R	E	G	I	V	Q	V	F	F	D	P	D	R	A	D	A	L	K	L	A	S	E	L	R	N	E	F	C	I	Q	V	T	G	T	V	R	A	R	D	E
Query Conservation
Alig confidence					.						.																																											.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation					.						.																																											.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		M	R	V	.	L	V	R	D	L	.	K	A	H	V	G	Q	E	V	E	L	L	G	F	L	H	W	R	R	D	L	G	R	I	Q	F	L	L	L	R	D	R	S	G	V	V	Q	V	V	T	G	G	L	.	.	.	.	.	.	.	.	K	L	P	L	P	E	S	A	L	R	V	R	G	L	V	V	E	N	A	K
Template Known Secondary structure			B		.		G	G	G	G	.	G	G		T	T	S															S	S									T	T									S		.	.	.	.	.	.	.	.					T	T													T	T
Template Predicted Secondary structure					.						.																																											.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		1	.	.		.	.	.	.	.		.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50									.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70
		81	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.		.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																											.
Query SS confidence																											.
Query Sequence		K	N	I	N	R	D	M	A	T	G	E	I	E	V	L	A	S	S	L	T	I	I	N	R	A	.	D	V	L	P	L	D	S	N	H	V	N	T	E	E	A	R	L	K	Y	R	Y	L	D	L	R	R	P	E	M	A	Q	R	L	K	T	R	A	K	I	T	S	L	V	R	R	F	M	D	D	H	G	F	L	D
Query Conservation																											.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.																			.					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	A	P	G	G	L	E	V	Q	A	K	E	V	E	V	L	S	P	A	L	E	P	T	P	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Y	R	Y	V	T	L	R	G	E	K	A	R	A	P	L	K	V	Q	A	A	L	V	R	G	F	R	R	Y	L	D	R	Q	D	F	T	E
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	S	T	T	S																S				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.						T	T	S																								T	T
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
									71	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.															.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																																																	.
Query SS confidence																																																																																	.
Query Sequence		I	E	T	P	M	L	T	K	A	T	P	E	G	A	R	D	Y	L	V	P	S	R	V	H	K	G	K	F	Y	A	L	P	Q	S	P	Q	L	F	K	Q	L	L	M	M	S	G	F	D	R	Y	Y	Q	I	V	K	C	F	R	D	E	D	L	R	A	D	R	Q	P	E	F	T	Q	I	D	V	E	T	S	F	.
Query Conservation																																																																																	.
Alig confidence						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.							.																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.												.
Template Conservation						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.							.																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		I	F	T	P	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	P	Q	L	Y	K	Q	.	I	M	V	G	V	F	E	R	V	Y	E	V	A	P	V	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	E	Y	L	S	L	D	V	E	M	G	F	I
Template Known Secondary structure						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.							.							S									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.											S
Template Predicted Secondary structure						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.							.																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		147	.	.	150																															.	.	.	.	.	.		.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.													.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.
		239	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		M	T	A	P	Q	V	R	E	V	M	E	A	L	V	R	H	L	W	L	E	V	K	G	V	D	L	G	D	F	P	V	M	T	F	A	E	A	E	R	R	Y	G	S	D	K	P	D	L	R	N	P	M	E	L	T	D	V	A	D	L	L	K	S	V	E	F	A	V	F	A	G	P	A	N	D	P	K	G	R	V
Query Conservation
Alig confidence																										.	.	.	.	.	.	.	.	.																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																										.	.	.	.	.	.	.	.	.																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		A	D	E	E	D	L	M	R	L	E	E	A	L	L	A	E	M	L	E	E	A	L	N	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	A	G	D	E	I	R	L	L	G	A	T	W	P	S	F	P	Q	D	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		S	S																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	S							T	T							S	S	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																										.	.	.	.	.	.	.	.	.																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		225	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.										.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.
		319	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		A	A	L	R	V	P	G	G	A	S	L	T	R	K	Q	I	D	E	Y	G	N	F	V	K	I	Y	G	A	K	G	L	A	Y	I	K	V	N	E	R	A	K	G	L	E	G	I	N	S	P	V	A	K	F	L	N	A	E	I	I	E	D	I	L	D	R	T	A	A	Q	D	G	D	M	I	F	F	G	A	D	N
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	I	P	R	L	T	H	A	E	A	K	R	I	L	K	E	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	E	L	G	Y	P	V	G	Q	D	L	S	E	E	A	E	R	L	L	G	E	Y	A	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	S						S	S														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
												267	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.																				.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.
		399	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		K	K	I	V	A	D	A	M	G	A	L	R	L	K	V	G	K	D	L	G	L	T	D	E	S	K	W	A	P	L	W	V	I	D	F	P	M	F	E	D	D	G	E	G	G	L	T	A	M	H	H	P	F	T	S	P	K	D	M	T	A	A	E	L	K	A	A	P	E	N	A	V	A	N	A	Y	D	M	V	I
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	K	E	R	W	G	S	D	W	L	F	V	T	R	Y	P	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	R	S	V	R	P	F	Y	T	Y	P	E	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	E	D	G	T	T	R	S	F	D	L	L	F
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.				T			S								B	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	G	G	S		T	T	B		B		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	T	S	B	B	S
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
																							304	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.												.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.											330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.
		479	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		N	G	Y	E	V	G	G	G	S	V	R	I	H	N	G	D	M	Q	Q	T	V	F	G	I	L	G	I	N	E	E	E	Q	R	E	K	F	G	F	L	L	D	A	L	K	Y	G	T	P	P	H	A	G	L	A	F	G	L	D	R	L	T	M	L	L	T	G	T	D	N	I	R	D	V	I	A	F	P
Query Conservation
Alig confidence																																	.	.	.	.
Template Conservation																																	.	.	.	.
Template Sequence		R	G	L	E	I	T	S	G	G	Q	R	I	H	R	Y	E	E	L	L	E	S	L	K	A	K	G	M	D	P	E	A	.	.	.	.	F	H	G	Y	L	E	V	F	K	Y	G	M	P	P	H	G	G	F	A	I	G	A	E	R	L	T	Q	K	L	L	G	L	P	N	V	R	Y	A	R	A	F	P
Template Known Secondary structure		T	T									B														T	T			G	G	G	.	.	.	.	G					G	G	G	G	S				S																T	T		S	S	G	G	G	G		S
Template Predicted Secondary structure																																	.	.	.	.
Template SS confidence
		342	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.					.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.