Job Description P46130 Confidence 92.36% Date Thu Jan 5 12:04:05 GMT 2012 Rank 33 Aligned Residues 140 % Identity 23% Template c1vblA_ PDB info PDB header:lyase Chain: A: PDB Molecule:pectate lyase 47; PDBTitle: structure of the thermostable pectate lyase pl 47 Resolution 1.91 Å

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		95	.	.	.	.	100	.	.	.	.						.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.
Predicted Secondary structure												.	.	.	.	.																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence												.	.	.	.	.																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		T	T	I	Q	A	A	V	D	A	A	.	.	.	.	.	I	I	K	R	T	N	K	R	Q	Y	I	A	V	M	P	G	E	Y	Q	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation												.	.	.	.	.																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence												.	.	.	.	.																.				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																.
Template Sequence		T	N	R	T	E	L	I	Q	A	L	G	G	N	N	H	T	N	Q	Y	N	S	V	P	K	I	I	Y	V	K	G	.	T	I	D	L	N	V	D	D	N	N	Q	P	V	G	P	D	F	Y	K	D	P	H	F	D	F	E	A	Y	L	R	E	Y	D	P	A	T	W	G	K	K	E	V	E	G	P	L	E	E	A
Template Known Secondary structure			S								T	T	S		T	T	G	G	G	G			S								S	.				S	S	B		T	T	S		B									T	T																T	T	S				S
Template Predicted Secondary structure																																.
Template SS confidence
		36	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.		.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.
													124	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	T	V	Y	V	P	A	A	P	G	G	I	T	L	Y	G	T	G	E	K	P	I	D	V	K	I	G	L	S	L	D	G	G	M	S	P	A	D	W	R	H	D	V	N	P	R	G	K	Y	M	P	G	K	P	A	W	Y	M	Y	D	S	C	Q	S	K	R	S	D	S
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.										.	.	.									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																						.	.	.									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		R	V	R	S	Q	K	K	Q	K	D	R	I	M	V	Y	V	G	S	N	T	.	.	.	S	I	I	G	V	G	K	D	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure																			S	S		.	.	.						T	T		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																						.	.	.									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		115	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.				.	.	.	.	.	140	.	.
		193	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.		.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.												.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260
Predicted Secondary structure														.																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence														.																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		I	G	V	L	C	S	A	V	F	W	S	Q	.	N	N	G	L	Q	L	Q	N	L	T	I	E	N	T	L	G	D	S	V	D	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	A	G	N	H	P	A	V	A	L	R	T	D	G	D	Q	V	Q	I	N	N	V	N	I	L	G	R	Q	N	T	F	F	V	T	N	S	G
Query Conservation														.																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.												.																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.											.																									.
Template Conservation		.																																																						.																									.
Template Sequence		.	A	K	I	K	G	G	G	F	L	I	K	N	V	D	N	V	I	I	R	N	I	E	F	E	A	P	L	D	Y	F	P	E	W	D	P	T	D	G	T	L	G	E	W	N	S	E	Y	D	S	I	S	I	E	.	G	S	S	H	I	W	I	D	H	N	T	F	T	D	G	D	H	P	D	R	S	L	G	T	.
Template Known Secondary structure		.					S							S								S									S	S					T	T	S	T	T	T									S					.	S								S						T	T			G	G	G	S			.
Template Predicted Secondary structure		.																																																						.																									.
Template SS confidence
			143	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.		.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		261	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		V	Q	N	R	L	E	T	N	R	Q	P	R	T	L	V	T	N	S	Y	I	E	G	D	V	D	I	V	S	G	R	G	A	V	V	F	D	N	T	E	F	R
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.							.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.							.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	Y	F	G	R	P	F	.	.	.	Q	Q	H	D	G	A	L	D	I	K	N	S	S	D	F	I	T	I	S	Y	N	V	F	T
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.		T	T				.	.	.						S					S	S								S
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.							.	.	.
Template SS confidence
										220	.	.	.	.	.				.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.

No model constructed - rank, confidence too low

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Please cite: Protein structure prediction on the web: a case study using the Phyre server
Kelley LA and Sternberg MJE. Nature Protocols 4, 363 - 371 (2009) [pdf] [Import into BibTeX]
© Structural Bioinformatics Group, Imperial College, London Lawrence Kelley, Benjamin Jefferys   Disclaimer Terms and Conditions