Job Description P21189 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 11:38:01 GMT 2012 Rank 9 Aligned Residues 393 % Identity 22% Template d1ih7a2 SCOP info DNA/RNA polymerases DNA/RNA polymerases DNA polymerase I Resolution 2.21

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		384	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.													.	.	.	.	.	.	450	.
Predicted Secondary structure																																																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		A	G	Y	V	A	P	N	L	G	E	V	P	P	H	A	S	P	G	G	Y	V	M	D	S	R	P	G	L	Y	D	S	V	L	V	L	D	Y	K	S	L	Y	P	S	I	I	R	T	F	L	I	D	P	V	G	L	V	E	G	M	A	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Q	P	D	P	E	H	S	T
Query Conservation																																																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																																																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		Q	N	K	V	I	P	Q	G	R	S	H	P	V	Q	P	Y	P	G	A	F	V	K	E	P	I	P	N	R	Y	K	Y	V	M	S	F	D	L	T	S	L	Y	P	S	I	I	R	Q	V	N	I	S	P	E	T	I	A	G	T	F	K	V	A	P	L	H	D	Y	I	N	A	V	A	E	R	P	S	D	V	Y	S
Template Known Secondary structure																						B									S	S							S	S										T			T	T																T	T		S			S		S	S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		376	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.
		452	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.		.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.
Predicted Secondary structure														.																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence														.																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		E	G	F	L	D	A	W	F	S	R	E	K	.	H	C	L	P	E	I	V	T	N	I	W	H	G	R	D	E	A	K	R	Q	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation														.																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence														.																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		C	S	P	N	G	M	M	Y	Y	K	D	R	D	G	V	V	P	T	E	I	T	K	V	F	N	Q	R	K	E	H	K	G	Y	M	L	A	A	Q	R	N	G	E	I	I	K	E	A	L	H	N	P	N	L	S	V	D	E	P	L	D	V	D	Y	R	F	D	F	S	D	E	I	K	E	K	I	K	K	L	S	A
Template Known Secondary structure				T	T	S					S	S	S																																				T	S	S		B		S									T	T	S											T	T		B
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		456	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.
																		485	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.										.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																						.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																						.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	N	K	P	L	S	Q	A	L	K	I	I	M	N	A	F	Y	G	V	L	G	T	T	A	C	R	F	F	D	P	R	L	A	S	S	I	T	M	R	G	H	Q	I	M	R	Q	T	K	A	L	I	E	A	Q	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	Y
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																						.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																						.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		K	S	L	N	E	M	L	F	R	A	Q	R	T	E	V	A	G	M	T	A	Q	I	N	R	K	L	L	I	N	S	L	Y	G	A	L	G	N	V	W	F	R	Y	Y	D	L	R	N	A	T	A	I	T	T	F	G	Q	M	A	L	Q	W	I	E	R	K	V	N	E	Y	L	N	E	V	C	G	T	E	G	E	A
Template Known Secondary structure																																					T		T	T	S	T	T																																T	T		S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		536	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.
		540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.															.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.		.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																					.
Query SS confidence																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																					.
Query Sequence		D	V	I	Y	G	D	T	D	S	T	F	V	W	L	K	G	A	H	S	E	E	E	A	A	K	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	I	G	R	A	L	V	Q	H	V	N	A	W	W	A	E	T	L	Q	K	Q	.	R	L	T	S	A	L	E	L	E	Y	E	T	H	F	C	R	F	L	M	P
Query Conservation																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																					.
Alig confidence																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																					.
Template Conservation
Template Sequence		F	V	L	Y	G	D	T	D	S	I	Y	V	S	A	D	K	I	I	D	K	V	G	E	S	K	F	R	D	T	N	H	W	V	D	F	L	D	K	F	A	R	E	R	M	E	P	A	I	D	R	G	F	R	E	M	C	E	Y	M	N	N	K	Q	H	L	M	F	M	D	R	E	A	I	A	G	P	P	L	G	S
Template Known Secondary structure								T	T															G	G	G		S	S															T																T	T		S	S															T	T	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		616	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.	.	.	.	.	.	.	680	.	.	.	.	.	.	.	.	.	690	.	.	.	.	.
		605	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.						.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.			660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																							.	.	.	.	.																																			.	.
Query SS confidence																							.	.	.	.	.																																			.	.
Query Sequence		T	I	R	G	A	D	T	G	S	K	K	R	Y	A	G	L	I	Q	E	G	D	.	.	.	.	.	K	Q	R	M	V	F	K	G	L	E	T	V	R	T	D	W	T	P	L	A	Q	Q	F	Q	Q	E	L	Y	L	R	I	F	R	N	.	.	E	P	Y	Q	E	Y	V	R	E	T	I	D	K	L	M	A	G	E
Query Conservation																							.	.	.	.	.																																			.	.
Alig confidence																							.	.	.	.	.																																			.	.
Template Conservation
Template Sequence		K	G	I	G	G	F	W	T	G	K	K	R	Y	A	L	N	V	W	D	M	E	G	T	R	Y	A	E	P	K	L	K	I	M	G	L	E	T	Q	K	S	S	T	P	K	A	V	Q	K	A	L	K	E	C	I	R	R	M	L	Q	E	G	E	E	S	L	Q	E	Y	F	K	E	F	E	K	E	F	R	Q	L	N
Template Known Secondary structure											T	T										T	T												S	S		S	S		T	T	S																		T																G	G	G	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		696	.	.	.	700	.	.	.	.	.	.	.	.	.	710	.	.	.	.	.	.	.	.	.	720	.	.	.	.	.	.	.	.	.	730	.	.	.	.	.	.	.	.	.	740	.	.	.	.	.	.	.	.	.	750	.	.	.	.	.	.	.	.	.	760	.	.	.	.	.	.	.	.	.	770	.	.	.	.	.
		678	.			680	.	.	.	.	.	.	.	.	.	690	.	.	.	.	.			.	.	.	.	700	.	.	.	.	.	.	.	.	.	710	.	.	.	.	.	.	.	.	.	720	.	.	.	.	.	.	.	.	.	730	.	.	.	.	.	.	.	.	.	740	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure				.	.																	.	.																																																			.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence				.	.																	.	.																																																			.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		L	D	.	.	A	R	L	V	Y	R	K	R	L	R	R	P	L	S	E	Y	.	.	Q	R	N	V	P	P	H	V	R	A	A	R	L	A	D	E	E	N	Q	K	R	G	R	P	L	Q	Y	Q	N	R	G	T	I	K	Y	V	W	T	T	N	G	P	E	P	L	D	Y	Q	R	S	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation				.	.																	.	.																																																			.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence				.	.																	.	.																		.	.	.	.	.	.																												.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																									.	.	.	.	.	.
Template Sequence		Y	I	S	I	A	S	V	S	S	A	N	N	I	A	K	Y	D	V	G	G	F	P	G	P	K	C	P	F	H	I	R	G	I	L	T	Y	N	R	A	.	.	.	.	.	.	I	P	Q	V	V	E	G	E	K	V	Y	V	L	P	L	R	E	G	N	P	F	G	D	K	C	I	A	W	P	S	G	T	E	I	T
Template Known Secondary structure													S							T	T				T	T															.	.	.	.	.	.						T	T								B		T	T		T	T	S	S	S						T	T	S
Template Predicted Secondary structure																																									.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		776	.	.	.	780	.	.	.	.	.	.	.	.	.	790	.	.	.	.	.	.	.	.	.	800	.	.	.	.	.	.	.	.	.	810	.	.	.	.							.	.	.	.	.	820	.	.	.	.	.	.	.	.	.	830	.	.	.	.	.	.	.	.	.	840	.	.	.	.	.	.	.	.	.
											746	.	.	.	750	.	.	.	.	.	.	.	.	.	760	.	.	.	.	.	.	.	.	.	770	.	.	.	.	.	.	.	.	.	780	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	P	L	D	Y	E	H	Y	L	T	R	Q	L	Q	P	V	A	E	G	I	L	P	F	I	E	D	N	F	A	T	L	M	T	G	Q	L	G	L	F
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.																													.
Template Conservation																																							.
Template Sequence		D	L	I	K	D	D	V	L	H	W	M	D	Y	T	V	L	L	E	K	T	F	I	K	P	L	E	G	F	T	S	A	A	K	L	D	Y	E	.	K	K	A	S	L	F	D	M	F
Template Known Secondary structure												B										T												T			S	S	.					G	G	G	G	S
Template Predicted Secondary structure																																							.
Template SS confidence
		856	.	.	.	860	.	.	.	.	.	.	.	.	.	870	.	.	.	.	.	.	.	.	.	880	.	.	.	.	.	.	.	.	.	890	.	.		.	.	.	.	.	.	.	900	.