Job Description P21189 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 11:38:01 GMT 2012 Rank 2 Aligned Residues 734 % Identity 22% Template c3iayA_ PDB info PDB header:transferase/dna Chain: A: PDB Molecule:dna polymerase delta catalytic subunit; PDBTitle: ternary complex of dna polymerase delta Resolution 2.00 Å

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		4	.	.	.	.	.	10	.	.	.	.							.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30		.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.													.	60	.	.	.	.
Predicted Secondary structure													.	.	.	.	.	.																	.																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence													.	.	.	.	.	.																	.																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		A	G	F	I	L	T	R	H	W	R	D	.	.	.	.	.	.	T	P	Q	G	T	E	V	S	F	W	L	A	T	D	N	G	.	P	L	Q	V	T	L	A	P	Q	E	S	V	A	F	I	P	A	D	Q	V	P	R	A	Q	H	I	L	Q	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	E	Q	G	F	R
Query Conservation													.	.	.	.	.	.																	.																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence													.	.	.	.	.	.																	.																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		S	F	Q	Q	I	D	A	E	Q	S	V	L	N	G	I	K	D	E	N	T	S	T	V	V	R	F	F	G	V	T	S	E	G	H	S	V	L	C	N	V	T	G	F	K	N	Y	L	Y	V	P	A	P	N	S	S	D	A	N	D	Q	E	Q	I	N	K	F	V	H	Y	L	N	E	T	F	D	H	A	I	D	S
Template Known Secondary structure														S	S	S		B	T	T	B											T	T	S									S											S	S	G	G	G	G														T	T	T	T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		114	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.
		65	.	.	.	.	70	.	.	.							.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.										.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure											.	.	.	.	.	.																										.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence											.	.	.	.	.	.																										.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		L	T	P	L	A	L	K	D	F	.	.	.	.	.	.	H	R	Q	P	V	Y	G	L	Y	C	R	A	H	R	Q	L	M	N	Y	E	K	R	L	R	E	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	G	V	T	V	Y	E	A	D	V	R	P	P	E	R	Y	L	M	E	R	F	I	T	S	P	V	W	V	E	G	D
Query Conservation											.	.	.	.	.	.																										.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence											.	.	.	.	.	.																										.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		I	E	V	V	S	K	Q	S	I	W	G	Y	S	G	D	T	K	L	P	F	W	K	I	Y	V	T	Y	P	H	M	V	N	K	L	R	T	A	F	E	R	G	H	L	S	F	N	S	W	F	S	N	G	T	T	T	Y	D	N	I	A	Y	T	L	R	L	M	V	D	C	G	I	V	G	M	S	W	I	T	L	P
Template Known Secondary structure										S	S			S		S											S	S	T	T												S				G	G	G	S	S	T	T					B														T			T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		194	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.
		130	.								.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.															.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.
Predicted Secondary structure				.	.	.	.	.	.	.																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																				.	.	.	.	.	.
Query SS confidence				.	.	.	.	.	.	.																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																				.	.	.	.	.	.
Query Sequence		M	H	.	.	.	.	.	.	.	N	G	T	I	V	N	A	R	L	K	P	H	P	D	Y	R	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	P	P	L	K	W	V	S	I	D	I	E	T	T	R	H	G	E	L	Y	C	I	G	L	E	G	C	G	Q	R	I	V	Y	M	L	G	.	.	.	.	.	.
Query Conservation				.	.	.	.	.	.	.																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																				.	.	.	.	.	.
Alig confidence				.	.	.	.	.	.	.																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																				.	.	.	.													.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																												.	.	.	.
Template Sequence		K	G	K	Y	S	M	I	E	P	N	N	R	V	S	S	C	Q	L	E	V	S	I	N	Y	R	N	L	I	A	H	P	A	E	G	D	W	S	H	T	A	P	L	R	I	M	S	F	D	I	E	C	A	G	R	I	G	V	F	.	.	.	.	P	E	P	E	Y	D	P	V	I	Q	I	A	N	V	V	S	I	A
Template Known Secondary structure		T	T	S						G	G	G			B			S							T	T	T						S	S	G	G	G	S																		T	T	S		.	.	.	.			T	T	T													T
Template Predicted Secondary structure																																																												.	.	.	.
Template SS confidence
		274	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.					.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.
													183	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.			.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																														.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																														.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	P	E	N	G	D	A	S	S	L	D	F	E	L	E	Y	V	A	S	R	P	Q	L	L	E	K	L	N	A	W	F	A	N	Y	D	P	D	V	I	I	G	W	N	V	V	Q	F	D	L	R	M	L	Q	K	H	A	E	R	Y	R	L	P	.	.	L	R	L	G	R	D
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																														.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																														.	.
Template Conservation
Template Sequence		G	A	K	K	P	F	I	R	N	V	F	T	L	N	T	C	S	P	I	T	G	S	M	I	F	S	H	A	T	E	E	E	M	L	S	N	W	R	N	F	I	I	K	V	D	P	D	V	I	I	G	Y	N	T	T	N	F	D	I	P	Y	L	L	N	R	A	K	A	L	K	V	N	D	F	P	Y	F	G	R	L
Template Known Secondary structure		T		S	S		S								S					B	T	T	B						S	S																		S					S	S	T	T	T	T												T	T		T	T		S			S	S	B
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.								.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.
Predicted Secondary structure															.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence															.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		N	S	E	L	E	W	R	E	H	G	F	K	N	.	.	.	.	.	.	.	G	V	F	F	A	Q	A	K	G	R	L	I	I	D	G	I	E	A	L	K	S	A	F	W	N	F	S	S	F	S	L	E	T	V	A	Q	E	L	L	G	E	G	K	S	I	D	N	P	W	D	R	M	D	E	I	D	R	R	F	A
Query Conservation															.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence															.	.	.	.	.	.	.																							.																						.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																												.																						.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		K	T	V	K	Q	E	I	K	E	S	V	F	S	S	K	A	Y	G	T	R	E	T	K	N	V	N	I	D	G	R	L	Q	L	D	L	L	Q	F	I	Q	R	E	.	Y	K	L	R	S	Y	T	L	N	A	V	S	A	H	F	L	G	E	Q	S	I	.	.	.	.	.	.	.	I	S	D	L	Q	N	G	D	S
Template Known Secondary structure		T	T					B								T	T	T								B			T	T														.				S																		.	.	.	.	.	.	.						T	S
Template Predicted Secondary structure																																												.																						.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.		.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.								.	.	.	.	.	.	.	500	.
		323	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.			.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.		.	.
Predicted Secondary structure																																														.	.																																.
Query SS confidence																																														.	.																																.
Query Sequence		E	D	K	P	A	L	A	T	Y	N	L	K	D	C	E	L	V	T	Q	I	F	H	K	T	E	I	M	P	F	L	L	E	R	A	T	V	N	G	L	P	V	D	R	H	.	.	G	G	S	V	A	A	F	G	H	L	Y	F	P	R	M	H	R	A	G	Y	V	A	P	N	L	G	E	V	P	P	H	.	A	S
Query Conservation																																														.	.																																.
Alig confidence																																														.	.																																.
Template Conservation
Template Sequence		E	T	R	R	R	L	A	V	Y	C	L	K	D	A	Y	L	P	L	R	L	M	E	K	L	M	A	L	V	N	Y	T	E	M	A	R	V	T	G	V	P	F	S	Y	L	L	A	R	G	Q	Q	I	K	V	V	S	Q	L	F	R	K	C	L	E	I	D	T	V	I	P	N	M	Q	S	Q	A	S	D	D	Q	Y
Template Known Secondary structure																									T	T																						S																	T	T				B								S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		508	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.
		400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.		.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.						.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.				.	.	.	.	.	.	.	.	470
Predicted Secondary structure																.																															.	.	.	.	.																			.	.	.
Query SS confidence																.																															.	.	.	.	.																			.	.	.
Query Sequence		P	G	G	Y	V	M	D	S	R	P	G	L	Y	D	.	S	V	L	V	L	D	Y	K	S	L	Y	P	S	I	I	R	T	F	L	I	D	P	V	G	L	V	E	G	M	A	.	.	.	.	.	Q	P	D	P	E	H	S	T	E	G	F	L	D	A	W	F	S	R	.	.	.	E	K	H	C	L	P	E	I	V
Query Conservation																.																															.	.	.	.	.																			.	.	.
Alig confidence																.																															.	.	.	.	.																			.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		E	G	A	T	V	I	E	P	I	R	G	Y	Y	D	V	P	I	A	T	L	D	F	N	S	L	Y	P	S	I	M	M	A	H	N	L	C	Y	T	T	L	C	N	K	A	T	V	E	R	L	N	L	K	I	D	E	D	Y	V	I	T	P	N	G	D	Y	F	V	T	T	K	R	R	R	G	I	L	P	I	I	L
Template Known Secondary structure						B										S								T	T									T	T		S	G	G	G										T	T			B	T	T	T					T	T	S						T	T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		588	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.
		471	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.												.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																					.	.	.
Query SS confidence																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																					.	.	.
Query Sequence		T	N	I	W	H	G	R	D	E	A	K	R	Q	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	N	K	P	L	S	Q	A	L	K	I	I	M	N	A	F	Y	G	V	L	G	T	T	A	C	R	F	F	D	P	R	L	A	S	S	I	T	M	R	G	H	Q	I	M	R	Q	T	K	A	L	I	E	A	.	.	.
Query Conservation																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																					.	.	.
Alig confidence																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																					.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		D	E	L	I	S	A	R	K	R	A	K	K	D	L	R	D	E	K	D	P	F	K	R	D	V	L	N	G	R	Q	L	A	L	K	I	S	A	N	S	V	Y	G	F	T	G	A	T	V	G	K	L	P	C	L	A	I	S	S	S	V	T	A	Y	G	R	T	M	I	L	K	T	K	T	A	V	Q	E	K	Y	C
Template Known Secondary structure																	T																													T		S	S	S	S																													S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		668	.	670	.	.	.	.	.	.	.	.	.	680	.	.	.	.	.	.	.	.	.	690	.	.	.	.	.	.	.	.	.	700	.	.	.	.	.	.	.	.	.	710	.	.	.	.	.	.	.	.	.	720	.	.	.	.	.	.	.	.	.	730	.	.	.	.	.	.	.	.	.	740	.	.	.	.	.	.	.
								537	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	Q	G	Y	D	V	I	Y	G	D	T	D	S	T	F	V	W	L	K	G	A	H	S	E	E	E	A	A	K	I	G	R	A	L	V	Q	H	V	N	A	W	W	A	E	T	L	Q	K	Q	R	L	T	S	A	L	E	L	E	Y	E	T	H	F	C	R	F	L	M	P	T	I	R	G	A	D
Query Conservation		.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.																				.																					.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																											.																					.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		I	K	N	G	Y	K	H	D	A	V	V	V	Y	G	D	T	D	S	V	M	V	K	F	G	T	.	T	D	L	K	E	A	M	D	L	G	T	E	A	A	K	Y	V	S	T	L	.	.	.	.	.	.	.	.	.	F	K	H	P	I	N	L	E	F	E	K	A	Y	F	P	Y	L	L	I	N	K	K	R	Y	A
Template Known Secondary structure		G	G	G	T		S	S								B	S	S							S		.	S																		T	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S		T	T																	T	T
Template Predicted Secondary structure																											.																					.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		748	.	750	.	.	.	.	.	.	.	.	.	760	.	.	.	.	.	.	.	.	.	770	.	.		.	.	.	.	.	.	.	780	.	.	.	.	.	.	.	.	.	790	.	.										.	.	.	.	.	.	.	800	.	.	.	.	.	.	.	.	.	810	.	.	.	.	.	.	.
		611	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.				.	.	.	.	.	.	670	.	.	.	.	.	.	.	.	.		680	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																							.	.	.																	.
Query SS confidence																																																							.	.	.																	.
Query Sequence		T	G	S	K	K	R	Y	A	G	L	I	Q	E	G	D	K	Q	R	M	V	F	K	G	L	E	T	V	R	T	D	W	T	P	L	A	Q	Q	F	Q	Q	E	L	Y	L	R	I	F	R	N	E	P	Y	Q	.	.	.	E	Y	V	R	E	T	I	D	K	L	M	A	G	E	L	D	.	A	R	L	V	Y	R	K
Query Conservation																																																							.	.	.																	.
Alig confidence								.	.	.	.	.	.																																										.	.	.																	.
Template Conservation								.	.	.	.	.	.
Template Sequence		G	L	F	W	T	N	.	.	.	.	.	.	P	D	K	F	D	K	L	D	Q	K	G	L	A	S	V	R	R	D	S	C	S	L	V	S	I	V	M	N	K	V	L	K	K	I	L	I	E	R	N	V	D	G	A	L	A	F	V	R	E	T	I	N	D	I	L	H	N	R	V	D	I	S	K	L	I	I	S	K
Template Known Secondary structure						S	S	.	.	.	.	.	.	S	S	S								S	S	G	G	G		T	T	S																	T	T																			T	T		S		G	G	G	G
Template Predicted Secondary structure								.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		818	.	820	.	.	.							.	.	.	.	.	.	830	.	.	.	.	.	.	.	.	.	840	.	.	.	.	.	.	.	.	.	850	.	.	.	.	.	.	.	.	.	860	.	.	.	.	.	.	.	.	.	870	.	.	.	.	.	.	.	.	.	880	.	.	.	.	.	.	.	.	.	890	.
		687	.	.	690	.	.	.	.	.	.	.	.	.	700	.	.	.	.	.	.	.	.	.	710	.	.	.	.	.	.	.	.	.	720	.	.	.	.	.	.	.	.	.	730	.	.	.	.	.	.	.	.	.	740	.	.	.										.	.	.	.	.	.	750	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																											.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																											.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		R	L	R	R	P	L	S	E	Y	Q	R	N	V	P	P	H	V	R	A	A	R	L	A	D	E	E	N	Q	K	R	G	R	P	L	Q	Y	Q	N	R	G	T	I	K	Y	V	W	T	T	N	G	P	E	P	L	D	Y	Q	.	.	.	.	.	.	.	.	.	R	S	P	L	D	Y	E	H	Y	L	T	R	Q	L
Query Conservation																																																											.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence											.	.	.	.															.	.	.	.	.																										.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation											.	.	.	.															.	.	.	.	.
Template Sequence		T	L	A	P	N	Y	T	N	P	.	.	.	.	Q	P	H	A	V	L	A	E	R	M	K	R	R	E	.	.	.	.	.	G	V	G	P	N	V	G	D	R	V	D	Y	V	I	I	G	G	N	D	K	L	Y	N	R	A	E	D	P	L	F	V	L	E	N	N	I	Q	V	D	S	R	Y	Y	L	T	N	Q	L
Template Known Secondary structure					S			S	S		.	.	.	.															.	.	.	.	.	S					T	T	S							B		S	S	S		G	G	G											T	T			B									T	T
Template Predicted Secondary structure											.	.	.	.															.	.	.	.	.
Template SS confidence
		892	.	.	.	.	.	.	.	900					.	.	.	.	.	.	.	.	.	910	.	.	.	.						.	.	.	.	.	920	.	.	.	.	.	.	.	.	.	930	.	.	.	.	.	.	.	.	.	940	.	.	.	.	.	.	.	.	.	950	.	.	.	.	.	.	.	.	.	960	.	.
		758	.	760	.	.	.	.	.	.	.	.	.	770	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		Q	P	V	A	E	G	I	L	P	F	I	E	D	N	F	A	T
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		Q	N	P	I	I	S	I	V	A	P	I	I	G	D	K	Q	A
Template Known Secondary structure
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		963	.	.	.	.	.	.	970	.	.	.	.	.	.	.	.	.