Job Description P21189 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 11:38:01 GMT 2012 Rank 4 Aligned Residues 712 % Identity 25% Template c2vwkA_ PDB info PDB header:dna replication Chain: A: PDB Molecule:dna polymerase; PDBTitle: uracil recognition in archaeal dna polymerases captured by2 x-ray crystallography. v93q polymerase variant Resolution 2.6 Å

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		6	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.										.	.	.
Predicted Secondary structure																																																																						.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																																						.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		F	I	L	T	R	H	W	R	D	T	P	Q	G	T	E	V	S	F	W	L	A	T	D	N	G	P	L	Q	V	T	L	A	P	Q	E	S	V	A	F	I	P	A	D	Q	V	P	R	A	Q	H	I	L	Q	G	E	Q	G	F	R	L	T	P	L	A	L	K	D	F	.	.	.	.	.	.	.	.	.	H	R	Q
Query Conservation																																																																						.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																																																																						.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		M	I	L	D	T	D	Y	I	T	E	D	G	K	P	V	I	R	I	F	K	K	E	N	G	E	F	K	I	D	Y	D	R	N	F	E	P	Y	I	Y	A	L	L	K	D	D	S	A	I	E	D	V	K	K	I	T	A	E	R	H	G	T	T	V	R	V	V	R	A	E	K	V	K	K	K	F	L	G	R	P	I
Template Known Secondary structure												T	T											T	T								S											S	S	G	G	G					T	T						T	T																T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		1	.	.	.	.	.	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80
		77	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100			.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																										.	.
Query SS confidence																										.	.
Query Sequence		P	V	Y	G	L	Y	C	R	A	H	R	Q	L	M	N	Y	E	K	R	L	R	E	G	G	.	.	V	T	V	Y	E	A	D	V	R	P	P	E	R	Y	L	M	E	R	F	I	T	S	P	V	W	V	E	G	D	M	H	N	G	T	I	V	N	A	R	L	K	P	H	P	D	Y	R	P	P	L	K	W	V	S
Query Conservation																										.	.
Alig confidence																										.	.																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		E	V	W	K	L	Y	F	T	H	P	Q	D	Q	P	A	I	R	D	K	I	K	E	H	P	A	V	V	D	I	Y	E	Y	D	I	P	F	A	K	R	Y	L	I	D	K	G	L	I	P	M	E	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	D	E	E	L	K	M	L	A
Template Known Secondary structure									S		T	T											T	S	T	T						S		S	S											T			T	T		S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S
Template Predicted Secondary structure																																																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		81	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.																						.	.	.	.	.	.	.	.
		155	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.								.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																			.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																			.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		I	D	I	E	T	T	R	H	G	E	L	Y	C	I	G	L	E	G	C	G	Q	R	I	V	Y	M	L	G	P	E	N	G	D	.	.	.	.	.	.	.	A	S	S	L	D	F	E	L	E	Y	V	A	S	R	P	Q	L	L	E	K	L	N	A	W	F	A	N	Y	D	P	D	V	I	I	G	W	N	V	V	Q
Query Conservation																																			.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence												.	.	.	.	.	.																		.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation												.	.	.	.	.	.
Template Sequence		F	D	I	E	T	L	Y	H	E	G	.	.	.	.	.	.	E	K	F	A	E	G	P	I	L	M	I	S	Y	A	D	E	E	G	A	R	V	I	T	W	R	N	I	D	L	P	Y	V	D	V	V	S	T	E	K	E	M	I	K	R	F	L	K	V	V	K	E	K	D	P	D	V	L	I	T	Y	N	G	D	N
Template Known Secondary structure										T	T	.	.	.	.	.	.	S		T	T		S										S	S							S	S					T	T					S																			S					S	S	T	T	T
Template Predicted Secondary structure												.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		140	.	.	.	.	.	.	.	.	.							150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.
		228	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		F	D	L	R	M	L	Q	K	H	A	E	R	Y	R	L	P	L	R	L	G	R	D	N	S	E	L	E	W	R	E	H	G	F	K	N	G	V	F	F	A	Q	A	K	G	R	L	I	I	D	G	I	E	A	L	K	S	A	F	W	N	F	S	S	F	S	L	E	T	V	A	Q	E	L	L	G	E	G	K	S	I
Query Conservation
Alig confidence																																		.	.	.																							.
Template Conservation																																		.	.	.																							.
Template Sequence		F	A	F	A	Y	L	K	K	R	S	E	K	L	G	V	K	F	I	L	G	R	E	G	S	E	P	K	I	Q	R	M	G	.	.	.	D	R	F	A	V	E	V	K	G	R	I	H	F	D	L	Y	P	V	I	R	R	T	.	I	N	L	P	T	Y	T	L	E	A	V	Y	E	A	I	F	G	Q	P	K	E	K
Template Known Secondary structure		T													T						S	T	T	S									T	.	.	.	T							T	T	S													.	S			S	S										T	T		S
Template Predicted Secondary structure																																		.	.	.																							.
Template SS confidence
		214	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.				.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.		.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		308	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.			.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																													.	.
Query SS confidence																																																													.	.
Query Sequence		D	N	P	W	D	R	M	D	E	I	D	R	R	F	A	E	D	K	P	A	L	A	T	Y	N	L	K	D	C	E	L	V	T	Q	I	F	H	K	T	E	I	M	P	F	L	L	E	R	A	T	V	N	G	L	P	V	D	R	H	.	.	G	G	S	V	A	A	F	G	H	L	Y	F	P	R	M	H	R	A	G
Query Conservation																																																													.	.
Alig confidence															.	.																								.	.																				.	.
Template Conservation															.	.																								.	.
Template Sequence		V	Y	A	E	E	I	A	Q	A	W	E	T	G	.	.	E	G	L	E	R	V	A	R	Y	S	M	E	D	A	K	V	T	Y	E	L	G	K	E	.	.	F	F	P	M	E	A	Q	L	S	R	L	V	G	Q	S	L	W	D	V	S	R	S	S	T	G	N	L	V	E	W	F	L	L	R	K	A	Y	E	R	N
Template Known Secondary structure													T		.	.	T	T																						.	.													T	S						T	T																		T	T
Template Predicted Secondary structure															.	.																								.	.
Template SS confidence
		290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.			.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.			.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.
		386	.	.	.	390	.	.	.						.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460
Predicted Secondary structure										.	.	.	.	.
Query SS confidence										.	.	.	.	.
Query Sequence		Y	V	A	P	N	L	G	E	.	.	.	.	.	V	P	P	H	A	S	P	G	G	Y	V	M	D	S	R	P	G	L	Y	D	S	V	L	V	L	D	Y	K	S	L	Y	P	S	I	I	R	T	F	L	I	D	P	V	G	L	V	E	G	M	A	Q	P	D	P	E	H	S	T	E	G	F	L	D	A	W	F	S
Query Conservation										.	.	.	.	.
Alig confidence										.	.	.	.	.																																																				.	.
Template Conservation																																																																		.	.
Template Sequence		E	L	A	P	N	K	P	D	E	R	E	L	A	R	R	R	E	S	Y	A	G	G	Y	V	K	E	P	E	R	G	L	W	E	N	I	V	Y	L	D	F	R	S	L	Y	P	S	I	I	I	T	H	N	V	S	P	D	T	L	N	R	E	G	C	E	.	.	E	Y	D	V	A	P	Q	V	G	H	K	F	C	K
Template Known Secondary structure		B																S								B					S											T	T									T	T			T	T	T	B	T		T	T		S	.	.	S					T	T	T
Template Predicted Secondary structure																																																																		.	.
Template SS confidence
		366	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.			430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.
		461	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.												.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		R	E	K	H	C	L	P	E	I	V	T	N	I	W	H	G	R	D	E	A	K	R	Q	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	N	K	P	L	S	Q	A	L	K	I	I	M	N	A	F	Y	G	V	L	G	T	T	A	C	R	F	F	D	P	R	L	A	S	S	I	T	M	R	G	H	Q	I	M	R	Q
Query Conservation																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		D	F	P	G	F	I	P	S	L	L	G	D	L	L	E	E	R	Q	K	V	K	K	K	M	K	A	T	I	D	P	I	E	K	K	L	L	D	Y	R	Q	R	A	I	K	I	L	A	N	S	F	Y	G	Y	Y	G	Y	A	K	A	R	W	Y	C	K	E	C	A	E	S	V	T	A	W	G	R	Q	Y	I	E	T
Template Known Secondary structure		S	S																																														T	T						T		T	T		T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		444	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.
		530	.	.	.	.	.	.	.		.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure										.
Query SS confidence										.
Query Sequence		T	K	A	L	I	E	A	Q	.	G	Y	D	V	I	Y	G	D	T	D	S	T	F	V	W	L	K	G	A	H	S	E	E	E	A	A	K	I	G	R	A	L	V	Q	H	V	N	A	W	W	A	E	T	L	Q	K	Q	R	L	T	S	A	L	E	L	E	Y	E	T	H	F	C	R	F	L	M	P	T	I	R	G
Query Conservation										.
Alig confidence										.																			.																					.	.	.	.	.	.	.	.	.																					.	.	.
Template Conservation																													.																					.	.	.	.	.	.	.	.	.																					.	.	.
Template Sequence		T	I	R	E	I	E	E	K	F	G	F	K	V	L	Y	A	D	T	D	G	F	F	A	T	I	P	G	.	A	D	A	E	T	V	K	K	K	A	K	E	F	L	D	Y	I	N	A	K	.	.	.	.	.	.	.	.	.	L	P	G	L	L	E	L	E	Y	E	G	F	Y	K	R	G	F	F	V	T	.	.	.
Template Known Secondary structure									T	T									T	T							T	T	.																			T	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S		T	T																	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																													.																					.	.	.	.	.	.	.	.	.																					.	.	.
Template SS confidence
		524	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550		.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570										.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590
		609	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.				.	.	.	.	.	.	670	.	.	.	.	.	.	.	.	.		680	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																									.	.	.																	.
Query SS confidence																																																									.	.	.																	.
Query Sequence		A	D	T	G	S	K	K	R	Y	A	G	L	I	Q	E	G	D	K	Q	R	M	V	F	K	G	L	E	T	V	R	T	D	W	T	P	L	A	Q	Q	F	Q	Q	E	L	Y	L	R	I	F	R	N	E	P	Y	Q	.	.	.	E	Y	V	R	E	T	I	D	K	L	M	A	G	E	L	D	.	A	R	L	V	Y
Query Conservation																																																									.	.	.																	.
Alig confidence		.	.	.	.	.												.	.	.																																					.	.	.																	.
Template Conservation		.	.	.	.	.												.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	K	K	K	Y	A	V	I	D	E	E	D	.	.	.	K	I	T	T	R	G	L	E	I	V	R	R	D	W	S	E	I	A	K	E	T	Q	A	R	V	L	E	A	I	L	K	H	G	D	V	E	E	A	V	R	I	V	K	E	V	T	E	K	L	S	K	Y	E	V	P	P	E	K	L	V	I
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	T	T							T	T	S	.	.	.						S		S				S	S	B																	T	S																			T	T		S		G	G	G	G
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.												.	.	.
Template SS confidence
							591	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.				.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.
		685	.	.	.	.	690	.	.	.	.	.	.	.	.	.	700	.	.	.	.	.	.	.	.	.	710	.	.	.	.	.	.	.	.	.	720	.	.	.	.	.	.	.	.	.	730	.	.	.	.	.	.										.	.	.	740	.	.	.	.	.	.	.	.	.	750	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																						.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																						.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		R	K	R	L	R	R	P	L	S	E	Y	Q	R	N	V	P	P	H	V	R	A	A	R	L	A	D	E	E	N	Q	K	R	G	R	P	L	Q	Y	Q	N	R	G	T	I	K	Y	V	W	T	T	N	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	P	E	P	L	D	Y	Q	R	S	P	L	D	Y	E	H	Y	L	T	R
Query Conservation																																																						.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence													.																	.	.	.	.	.	.																			.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation													.																	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		Y	E	Q	I	T	R	D	L	K	D	Y	.	K	A	T	G	P	H	V	A	V	A	K	R	L	A	A	R	.	.	.	.	.	.	G	I	K	I	R	P	G	T	V	I	S	Y	I	V	L	K	G	S	G	R	I	G	D	R	A	I	P	F	D	E	F	D	P	A	K	H	K	Y	D	A	E	Y	Y	I	E	N
Template Known Secondary structure						S	S		G	G	G	S	.		S	S	S	T										T	T	.	.	.	.	.	.	T					T	T	S							B			S	S	S	T	T						G	G	G			T	T	T			B								T
Template Predicted Secondary structure													.																	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		663	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.		.	.	.	.	.	.	680	.	.	.	.	.	.	.	.	.							690	.	.	.	.	.	.	.	.	.	700	.	.	.	.	.	.	.	.	.	710	.	.	.	.	.	.	.	.	.	720	.	.	.	.	.	.	.	.	.	730	.	.	.	.	.
		756	.	.	.	760	.	.	.	.	.	.	.	.	.	770	.	.	.	.	.	.	.	.				.	780	.	.
Predicted Secondary structure																									.	.	.
Query SS confidence																									.	.	.
Query Sequence		Q	L	Q	P	V	A	E	G	I	L	P	F	I	E	D	N	F	A	T	L	M	T	G	.	.	.	Q	L	G	L
Query Conservation																									.	.	.
Alig confidence																									.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		Q	V	L	P	A	V	E	R	I	L	R	A	F	G	Y	R	K	E	D	L	R	Y	Q	K	T	R	Q	V	G	L
Template Known Secondary structure		T											T	T	T			G	G	G	G	S		S	S	S				S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		736	.	.	.	740	.	.	.	.	.	.	.	.	.	750	.	.	.	.	.	.	.	.	.	760	.	.	.	.	.