Job Description P21189 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 11:38:01 GMT 2012 Rank 3 Aligned Residues 723 % Identity 22% Template c2gv9B_ PDB info PDB header:transferase Chain: B: PDB Molecule:dna polymerase; PDBTitle: crystal structure of the herpes simplex virus type 1 dna polymerase Resolution 2.68 Å

Show / Hide SS confidence

Show / Hide Conservation and Alignment quality

		10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30		.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.														50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																							.																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																							.																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		R	H	W	R	D	T	P	Q	G	T	E	V	S	F	W	L	A	T	D	N	G	.	P	L	Q	V	T	L	A	P	Q	E	S	V	A	F	I	P	A	D	Q	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	V	P	R	A	Q	H	I	L	Q	G	E	Q	G	F	R	L	T	P	L	A	L	K	D	F	H	R
Query Conservation																							.																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																							.																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		F	M	D	A	I	T	P	T	G	T	V	I	T	L	L	G	L	T	P	E	G	H	R	V	A	V	H	V	Y	G	T	R	Q	Y	F	Y	M	N	K	E	E	V	D	R	H	L	Q	C	R	A	P	R	D	L	C	E	R	M	A	A	A	L	R	E	S	R	G	I	S	A	D	H	F	E	A	E	V	V	E	R
Template Known Secondary structure					T	T	S	S												T	T	S																						T	T	T	T	S		S	S													S							S	T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		171	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250
		76											.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.		.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.
Predicted Secondary structure			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																											.																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																											.																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		Q	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	P	V	Y	G	L	Y	C	R	A	H	R	Q	L	M	N	Y	E	K	R	L	R	E	G	G	V	T	V	Y	E	A	D	V	R	P	P	E	R	Y	L	M	E	R	.	F	I	T	S	P	V	W	V	E	G	D	M	H	N	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																											.																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																					.																						.																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																	.
Template Sequence		T	D	V	Y	Y	Y	E	T	R	P	A	L	F	Y	R	V	Y	V	R	S	G	R	V	L	S	Y	L	C	D	N	F	.	C	P	A	I	K	K	Y	E	G	G	V	D	A	T	T	R	F	I	L	D	N	P	G	F	V	T	F	G	W	Y	R	L	K	P	G	R	N	N	T	L	A	Q	P	R	A	P	M	A
Template Known Secondary structure				S	S		T	T												S										T	T	S	.		S	S				B	S	T	T										T	S	T	T			S	S								B	T	T	T	B							G	G	G
Template Predicted Secondary structure																																	.
Template SS confidence
		256	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.		.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.
		134	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.												.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.			.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																.	.													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																.	.													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		T	I	V	N	A	R	L	K	P	H	P	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	D	Y	R	P	P	L	K	W	V	S	I	D	I	E	T	T	R	H	G	E	L	Y	C	I	G	L	E	G	C	G	Q	.	.	R	I	V	Y	M	L	G	P	E	N	G	D	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																.	.													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																						.										.	.													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																													.
Template Sequence		F	G	T	S	S	D	V	E	F	N	C	T	A	D	N	L	A	I	E	G	G	M	S	D	L	P	A	Y	K	L	M	C	F	D	I	E	C	K	A	G	G	E	D	.	E	L	A	F	P	V	A	G	H	P	E	D	L	V	I	Q	I	S	C	L	L	Y	D	L	S	T	T	A	L	E	H	V	L	L	F	S
Template Known Secondary structure				B	S		S							G	G	G					S	S			S																	S	S		.	T	T	S				T	T	S	T	T	S												T	T	T
Template Predicted Secondary structure																																													.
Template SS confidence
		335	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.		.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.
																		188	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.			.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																									.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																									.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	A	S	S	L	D	F	E	L	E	Y	V	A	S	R	P	Q	L	L	E	K	L	N	A	W	F	A	N	Y	D	P	D	V	I	I	G	W	N	V	V	Q	F	D	L	R	M	L	Q	K	H	A	E	R	Y	R	L	P	.	.	L	R	L	G	R	D
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																									.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																									.	.
Template Conservation
Template Sequence		L	G	S	C	D	L	P	E	S	H	L	N	E	L	A	A	R	G	L	P	T	P	V	V	L	E	F	D	S	E	F	E	M	L	L	A	F	M	T	L	V	K	Q	Y	G	P	E	F	V	T	G	Y	N	I	I	N	F	D	W	P	F	L	L	A	K	L	T	D	I	Y	K	V	P	L	D	G	Y	G	R	M
Template Known Secondary structure			S															T	T										S	S																		S					S	S	T	T	T	T											T	T	T					T	T	S	S	S	B
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		414	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.
		250	.	.	.	.	.	.					.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure									.	.	.	.
Query SS confidence									.	.	.	.
Query Sequence		N	S	E	L	E	W	R	.	.	.	.	E	H	G	F	K	N	G	V	F	F	A	Q	A	K	G	R	L	I	I	D	G	I	E	A	L	K	S	A	F	W	N	F	S	S	F	S	L	E	T	V	A	Q	E	L	L	G	E	G	K	S	I	D	N	P	W	D	R	M	D	E	I	D	R	R	F	A	E	D	K
Query Conservation									.	.	.	.
Alig confidence									.	.	.	.																													.																						.
Template Conservation																																									.																						.
Template Sequence		N	G	R	G	V	F	R	V	W	D	I	G	Q	S	H	F	Q	K	R	S	K	I	K	V	N	G	M	V	N	I	D	M	Y	G	I	I	T	D	K	.	I	K	L	S	S	Y	K	L	N	A	V	A	E	A	V	L	K	D	K	K	K	.	D	L	S	Y	R	D	I	P	A	Y	Y	A	T	G	P	A	Q	R
Template Known Secondary structure		S	S	S								S	S			T	T	S							B	T	T	B											T	T	.				S			S															.				T	T	T
Template Predicted Secondary structure																																									.																						.
Template SS confidence
		494	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.		.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.		.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.
		326	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.			.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.
Predicted Secondary structure																																											.	.
Query SS confidence																																											.	.
Query Sequence		P	A	L	A	T	Y	N	L	K	D	C	E	L	V	T	Q	I	F	H	K	T	E	I	M	P	F	L	L	E	R	A	T	V	N	G	L	P	V	D	R	H	.	.	G	G	S	V	A	A	F	G	H	L	Y	F	P	R	M	H	R	A	G	Y	V	A	P	N	L	G	E	V	P	P	H	A	S	P	G	G	Y
Query Conservation																																											.	.
Alig confidence																																											.	.																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		G	V	I	G	E	Y	C	I	Q	D	S	L	L	V	G	Q	L	F	F	K	F	L	P	H	L	E	L	S	A	V	A	R	L	A	G	I	N	I	T	R	T	I	Y	D	G	Q	Q	I	R	V	F	T	C	L	L	R	L	A	D	Q	K	G	F	I	L	P	D	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure																																				T								S	S																		T				B			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																																																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		572	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		404	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.		.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.								.	.	.	.	.	.	.	460	.	.				.	.	.	.	.	.	.	470	.	.
Predicted Secondary structure													.																																							.	.	.	.	.	.	.											.	.	.
Query SS confidence													.																																							.	.	.	.	.	.	.											.	.	.
Query Sequence		V	M	D	S	R	P	G	L	Y	D	S	.	V	L	V	L	D	Y	K	S	L	Y	P	S	I	I	R	T	F	L	I	D	P	V	G	L	V	E	G	M	A	Q	P	D	P	E	H	S	T	E	.	.	.	.	.	.	.	G	F	L	D	A	W	F	S	R	E	.	.	.	K	H	C	L	P	E	I	V	T	N
Query Conservation													.																																							.	.	.	.	.	.	.											.	.	.
Alig confidence													.																																							.	.	.	.	.	.	.											.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		V	L	D	P	T	S	G	F	H	V	N	P	V	V	V	F	D	F	A	S	L	Y	P	S	I	I	Q	A	H	N	L	C	F	S	T	L	S	L	R	A	D	A	V	A	H	L	E	A	G	K	D	Y	L	E	I	E	V	G	G	R	R	L	F	F	V	K	A	H	V	R	E	S	L	L	S	I	L	L	R	D
Template Known Secondary structure												S								T	T									T	T			T	T	T			S		T						T	S		T	T	T	T						S	S	S							T	T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		701	.	.	.	.	.	.	.	.	710	.	.	.	.	.	.	.	.	.	720	.	.	.	.	.	.	.	.	.	730	.	.	.	.	.	.	.	.	.	740	.	.	.	.	.	.	.	.	.	750	.	.	.	.	.	.	.	.	.	760	.	.	.	.	.	.	.	.	.	770	.	.	.	.	.	.	.	.	.	780
		473	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.											.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																					.	.	.	.	.
Query SS confidence															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																					.	.	.	.	.
Query Sequence		I	W	H	G	R	D	E	A	K	R	Q	G	N	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	K	P	L	S	Q	A	L	K	I	I	M	N	A	F	Y	G	V	L	G	T	T	A	C	R	F	F	D	P	R	L	A	S	S	I	T	M	R	G	H	Q	I	M	R	Q	T	K	A	L	I	E	A	Q	.	.	.	.	.
Query Conservation															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																					.	.	.	.	.
Alig confidence															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																					.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		W	L	A	M	R	K	Q	I	R	S	R	I	P	Q	S	S	P	E	E	A	V	L	L	D	K	Q	Q	A	A	I	K	V	V	C	N	S	V	Y	G	F	T	G	V	Q	H	G	L	L	P	C	L	H	V	A	A	T	V	T	T	I	G	R	E	M	L	L	A	T	R	E	Y	V	H	A	R	W	A	A	F	E
Template Known Secondary structure													G	G	G	S																				T	T								T	T	S	S	S																												T	S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		781	.	.	.	.	.	.	.	.	790	.	.	.	.	.	.	.	.	.	800	.	.	.	.	.	.	.	.	.	810	.	.	.	.	.	.	.	.	.	820	.	.	.	.	.	.	.	.	.	830	.	.	.	.	.	.	.	.	.	840	.	.	.	.	.	.	.	.	.	850	.	.	.	.	.	.	.	.	.	860
																				538	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	Y	D	V	I	Y	G	D	T	D	S	T	F	V	W	L	K	G	A	H	S	E	E	E	A	A	K	I	G	R	A	L	V	Q	H	V	N	A	W	W	A	E	T	L	Q	K	Q	R	L	T	S	A	L	E	L	E	Y	E	T	H	F	C
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																			.																						.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																						.																						.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		Q	L	L	A	D	F	P	E	A	A	D	M	R	A	P	G	P	Y	S	M	R	I	I	Y	G	D	T	D	S	I	F	V	L	C	R	G	.	L	T	A	A	G	L	T	A	M	G	D	K	M	A	S	H	I	S	R	A	L	.	.	.	.	.	.	.	.	F	L	P	P	I	K	L	E	C	E	K	T	F	T
Template Known Secondary structure								T	T	G	G	G	T	B		S	S											S	S								T	.	B		S	T	T																	.	.	.	.	.	.	.	.			T	T
Template Predicted Secondary structure																																						.																						.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		861	.	.	.	.	.	.	.	.	870	.	.	.	.	.	.	.	.	.	880	.	.	.	.	.	.	.	.	.	890	.	.	.	.	.	.		.	.	.	900	.	.	.	.	.	.	.	.	.	910	.	.	.	.	.	.	.									.	.	920	.	.	.	.	.	.	.	.	.	930	.
		600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.
Predicted Secondary structure																																																																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		R	F	L	M	P	T	I	R	G	A	D	T	G	S	K	K	R	Y	A	G	L	I	Q	E	G	D	K	Q	R	M	V	F	K	G	L	E	T	V	R	T	D	W	T	P	L	A	Q	Q	F	Q	Q	E	L	Y	L	R	I	F	R	N	E	P	Y	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation																																																																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence								.	.	.	.	.	.	.	.												.	.	.																																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation								.	.	.	.	.	.	.	.												.	.	.
Template Sequence		K	L	L	L	I	A	.	.	.	.	.	.	.	.	K	K	K	Y	I	G	V	I	Y	G	G	.	.	.	K	M	L	I	K	G	V	D	L	V	R	K	N	N	C	A	F	I	N	R	T	S	R	A	L	V	D	L	L	F	Y	D	D	T	V	S	G	A	A	A	A	L	A	E	R	P	A	E	E	W	L	A
Template Known Secondary structure								.	.	.	.	.	.	.	.	T	T							T	T	S	.	.	.						S			S			T	T	S																												T	T	S	S		G	G	G	G	G	T
Template Predicted Secondary structure								.	.	.	.	.	.	.	.												.	.	.
Template SS confidence
		932	.	.	.	.	.									.	.	940	.	.	.	.	.	.	.	.				.	950	.	.	.	.	.	.	.	.	.	960	.	.	.	.	.	.	.	.	.	970	.	.	.	.	.	.	.	.	.	980	.	.	.	.	.	.	.	.	.	990	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1000
												663	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.	.	.	.	.	.	.		680	.	.	.	.	.	.	.	.	.	690	.	.	.	.	.	.	.	.	.	700	.	.	.	.	.	.	.	.	.	710	.	.	.	.	.	.	.	.	.	720	.	.	.	.	.	.	.	.	.	730	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																		.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																		.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Q	E	Y	V	R	E	T	I	D	K	L	M	A	G	E	L	D	.	A	R	L	V	Y	R	K	R	L	R	R	P	L	S	E	Y	Q	R	N	V	P	P	H	V	R	A	A	R	L	A	D	E	E	N	Q	K	R	G	R	P	L	Q	Y	Q	N	R	G	T	I	K	Y	V
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																		.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																		.																																		.	.	.	.	.
Template Conservation																																																															.	.	.	.	.
Template Sequence		R	P	L	P	E	G	L	Q	A	F	G	A	V	L	V	D	A	H	R	R	I	T	D	P	E	R	D	I	Q	D	F	V	L	T	A	E	L	S	R	H	P	R	A	Y	T	N	K	R	L	A	H	L	T	V	Y	Y	K	L	M	A	R	.	.	.	.	.	R	A	Q	V	P	S	I	K	D	R	I	P	Y	V
Template Known Secondary structure		S				G	G	G																	S	S			G	G	G	G								S		G	G	G		S	S															T	.	.	.	.	.	T						T	T
Template Predicted Secondary structure																																																															.	.	.	.	.
Template SS confidence
		1001	.	.	.	.	.	.	.	.	1010	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1020	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1030	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1040	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1050	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1060	.						.	.	.	.	.	.	.	.	1070	.	.	.	.	.
		732	.																									.	.	.	.	.	.	740	.	.				.	.	.	.	.	.	.	750	.	.	.	.	.	.	.	.	.	760	.	.	.	.	.	.	.	.	.	770	.	.	.
Predicted Secondary structure				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.										.	.	.
Query SS confidence				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.										.	.	.
Query Sequence		W	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	N	G	P	E	P	L	D	Y	.	.	.	Q	R	S	P	L	D	Y	E	H	Y	L	T	R	Q	L	Q	P	V	A	E	G	I	L	P	F	I	E	D	N	F	A
Query Conservation				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.										.	.	.
Alig confidence				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.										.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		I	V	A	Q	T	R	E	V	E	E	T	V	A	R	L	A	A	L	R	E	L	D	K	L	L	V	S	E	L	A	E	D	P	A	Y	A	I	A	H	G	V	A	L	N	T	D	Y	Y	F	S	H	L	L	G	A	A	C	V	T	F	K	A	L	F	G	N	N	A	K
Template Known Secondary structure			B									T										T					G	G	G	G										T	T			B																		G	G	G	G	T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		1076	.	.	.	1080	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1090	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1140	.	.	.	.