Job Description P21189 Confidence 99.86% Date Thu Jan 5 11:38:01 GMT 2012 Rank 23 Aligned Residues 414 % Identity 17% Template c2ex3I_ PDB info PDB header:transferase/replication Chain: I: PDB Molecule:dna polymerase; PDBTitle: bacteriophage phi29 dna polymerase bound to terminal protein Resolution 3.00 Å

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		151	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		K	W	V	S	I	D	I	E	T	T	R	H	G	E	L	Y	C	I	G	L	E	G	C	G	Q	R	I	V	Y	M	L	G	P	E	N	G	D	A	S	S	L	D	F	E	L	E	Y	V	A	S	R	P	Q	L	L	E	K	L	N	A	W	F	A	N	Y	D	P	D	V	I	I	G	W	N	V	V	Q	F	D	L
Query Conservation
Alig confidence												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																					.	.	.																.	.	.	.	.													.
Template Conservation												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																					.	.	.																.	.	.	.	.													.
Template Sequence		K	M	Y	S	C	A	F	E	T	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	K	V	E	D	C	R	V	W	A	Y	G	Y	M	N	I	E	D	H	S	.	.	.	E	Y	K	I	G	N	S	L	D	E	F	M	A	W	V	.	.	.	.	.	L	K	V	Q	A	D	L	Y	F	H	N	L	.	K	F	A	G
Template Known Secondary structure												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.			S	S	S											S	S		T	T	.	.	.						S										.	.	.	.	.					S					S	S		.
Template Predicted Secondary structure												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																					.	.	.																.	.	.	.	.													.
Template SS confidence
		7	.	.	10	.	.	.	.	.	.											.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.				.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.						.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.		.	.	.	.
		231	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.												.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		R	M	L	Q	K	H	A	E	R	Y	R	L	P	L	R	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	L	G	R	D	N	S	E	L	E	W	R	E	H	G	F	K	N	G	V	F	F	A	Q	A	K	G	R	L	I	I	D	G	I	E	A	L	K	S	A	F	W	N	F	S	S	F	S	L	E	T	V	A	Q	E
Query Conservation																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																										.	.	.				.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																					.	.	.				.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		A	F	I	I	N	W	L	E	R	N	G	F	K	W	S	A	D	G	L	P	N	T	Y	N	T	I	I	S	R	M	G	Q	W	Y	M	I	D	I	C	L	G	Y	K	G	K	R	K	I	H	T	V	.	.	.	I	Y	D	.	.	.	.	.	.	.	.	S	L	K	K	L	P	F	P	V	K	K	I	A	K	D
Template Known Secondary structure											T	T					S	S			T	T								T	T														T	T							.	.	.				.	.	.	.	.	.	.	.					S		S
Template Predicted Secondary structure																																																					.	.	.				.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		68	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.				.	120	.									.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.
		300		.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure			.
Query SS confidence			.
Query Sequence		L	.	L	G	E	G	K	S	I	D	N	P	W	D	R	M	D	E	I	D	R	R	F	A	E	D	K	P	A	L	A	T	Y	N	L	K	D	C	E	L	V	T	Q	I	F	H	K	T	E	I	M	P	F	L	L	E	R	A	T	V	N	G	L	P	V	D	R	H	G	G	S	V	A	A	F	G	H	L	Y	F
Query Conservation			.
Alig confidence			.																					.	.	.	.																							.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																								.	.	.	.																							.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		F	K	L	T	V	L	K	G	D	I	D	Y	H	K	E	R	P	V	G	Y	K	I	.	.	.	.	T	P	E	E	Y	A	Y	I	K	N	D	I	Q	I	I	A	E	A	L	L	I	Q	.	.	.	.	.	.	.	.	.	F	K	Q	G	L	D	R	M	T	A	G	S	D	S	L	K	G	F	K	D	I	I	T
Template Known Secondary structure		T	T					S	S				S	S	S				T	T				.	.	.	.																							.	.	.	.	.	.	.	.	.		T	T	T			S	S	S
Template Predicted Secondary structure																								.	.	.	.																							.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		137	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.					.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180										.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.
		379	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.			.	.	.	.	.	400	.	.			.	.	.	.	.	.	.	410	.	.		.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.																.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																		.	.									.	.											.																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																		.	.									.	.											.																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		P	R	M	H	R	A	G	Y	V	A	P	N	L	G	E	V	.	.	P	P	H	A	S	P	G	G	.	.	Y	V	M	D	S	R	P	G	L	Y	.	D	S	V	L	V	L	D	Y	K	S	L	Y	P	S	I	I	R	T	F	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	L	I	D	P	V	G	L
Query Conservation																		.	.									.	.											.																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																		.	.									.	.											.																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		T	K	K	F	K	K	V	F	P	T	L	S	L	G	L	D	K	E	V	R	Y	A	Y	R	G	G	F	T	W	L	N	D	R	F	K	E	K	E	I	G	E	G	M	V	F	D	V	N	S	L	Y	P	A	Q	M	Y	S	R	L	L	P	Y	G	E	P	I	V	F	E	G	K	Y	V	W	D	E	D	Y	P	L
Template Known Secondary structure									S												G	G	G										G	G	G	B	T												T	T									S												S	S					T	T	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		204	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.
		439	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.																																																		.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		V	E	G	M	A	Q	P	D	P	E	H	S	T	E	G	F	L	D	A	W	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	F	S	R	E	K	H	C	L	P	E	I
Query Conservation																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		H	I	Q	H	I	R	C	E	F	E	L	K	E	G	Y	I	P	T	I	Q	I	K	R	S	R	F	Y	K	G	N	E	Y	L	K	S	S	G	G	E	I	A	D	L	W	L	S	N	V	D	L	E	L	M	K	E	H	Y	D	L	Y	N	V	E	Y	I	S	G	L	K	F	K	A	T	T	G	L	F	K	D	F
Template Known Secondary structure														T	T									S		T	T			T	T	S			S	B		T	T	S																																			S		S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		284	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.
		470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.																									.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		V	T	N	I	W	H	G	R	D	E	A	K	R	Q	G	N	K	P	L	S	Q	A	L	K	I	I	M	N	A	F	Y	G	V	L	G	T	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	A	C	R	F	F	D	P	R	L	A	S	S	I	T	M	R	G	H	Q
Query Conservation																																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																				.	.	.	.																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																				.	.	.	.
Template Sequence		I	D	K	W	T	Y	I	K	T	T	S	E	G	A	I	K	Q	L	.	.	.	.	A	K	L	M	L	N	S	L	Y	G	K	F	A	S	N	P	D	V	T	G	K	V	P	Y	L	K	E	N	G	A	L	G	F	R	L	G	E	E	E	T	K	D	P	V	Y	T	P	M	G	V	F	I	T	A	W	A	R	Y
Template Known Secondary structure																				.	.	.	.							S						S			S	B										T	T	S	S										B				S
Template Predicted Secondary structure																				.	.	.	.
Template SS confidence
		364	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.					.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		526	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		I	M	R	Q	T	K	A	L	I	E	A	Q	G	Y	D	V	I	Y	G	D	T	D	S	T	F	V	W	L	K	G	A	H	S	E	E	E	A	A	K	I	G	R	A	L	V	Q	H	V	N	A	W	W	A	E	T	L	Q	K	Q	R	L	T	S	A	L	E	L	E	Y	E	T	H	F	C	R	F	L	M	P	T
Query Conservation
Alig confidence				.	.	.																																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation				.	.	.																																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		T	T	.	.	.	I	T	A	A	Q	A	C	Y	D	R	I	I	Y	C	D	T	D	S	I	H	L	T	G	T	E	I	P	D	V	I	K	D	I	V	D	P	K	K	L	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	Y	W	A	H	E	S	T	F	K	R	A	K	Y	L	R
Template Known Secondary structure				.	.	.							T	T	T	T						T	T						S	S	S							T	T	B		S	S	S	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	S
Template Predicted Secondary structure				.	.	.																																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		440	.				.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.
		606	.	.	.	610	.	.	.									.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.
Predicted Secondary structure										.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence										.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		I	R	G	A	D	T	G	S	.	.	.	.	.	.	.	.	K	K	R	Y	A	G	L	I	Q	E	G	D	K	Q	R	M	V	F	K	G	L
Query Conservation										.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence										.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		Q	K	T	Y	I	Q	D	I	Y	M	K	E	V	D	G	K	L	V	E	G	S	P	D	D	Y	T	D	I	K	F	S	V	K	C	A	G	M
Template Known Secondary structure		T	T											S	S	S	S						S	S	S		S									T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		497	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.