Job Description P15977 Confidence 97.24% Date Thu Jan 5 11:34:58 GMT 2012 Rank 39 Aligned Residues 176 % Identity 20% Template d2bhua3 SCOP info TIM beta/alpha-barrel (Trans)glycosidases Amylase, catalytic domain Resolution 1.1

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		162	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		G	D	F	G	D	L	K	A	M	L	V	D	V	A	K	R	G	G	S	F	I	G	L	N	P	I	H	A	L	Y	P	A	N	P	E	S	A	S	P	Y	S	P	S	S	R	R	W	L	N	V	I	Y	I	D	V	N	A	V	E	D	F	H	L	S	E	E	A	Q	A	W	W	Q	L	P	T	T	Q	Q	T	L
Query Conservation
Alig confidence																												.	.	.																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																												.	.	.																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		G	T	Y	R	A	A	A	E	K	L	P	Y	L	K	E	L	G	V	T	A	I	Q	V	M	P	L	.	.	.	A	A	F	D	G	Q	R	G	W	G	Y	D	G	A	A	F	Y	A	P	Y	A	P	Y	G	R	P	E	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure			S							T								T										.	.	.				S	S	S				S	T	T									G	G	G					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																												.	.	.																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		141	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.				.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.
		242	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		Q	Q	A	R	D	A	D	W	V	D	Y	S	T	V	T	A	L	K	M	T	A	L	R	M	A	W	K	G	F	A	Q	R	D	D	E	Q	M	A	A	F	R	Q	F	V	A	E	Q	G	D	S	L	F	W	Q	A	A	F	D	A	L	H	A	Q	Q	V	K	E	D	E	M	R	W	G	W	P	A	W	P	E	M
Query Conservation
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		322	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		Y	Q	N	V	D	S	P	E	V	R	Q	F	C	E	E	H	R	D	D	V	D	F	Y	L	W	L	Q	W	L	A	Y	S	Q	F	A	A	C	W	E	I	S	Q	G	Y	E	M	P	I	G	L	Y	R	D	L	A	V	G	V	A	E	G	G	A	E	T	W	C	D	R	E	L	Y	C	L	K	A	S	V	G	A
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.														.	.																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.														.	.																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	D	L	M	A	L	V	D	A	A	H	R	L	G	.	.	L	G	V	F	L	D	V	V	Y	N	H	F	G	P	S	G	N	Y	L	S	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Y
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.												T	T	.	.										S				S	S	S						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.														.	.																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
																																		194	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.			.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.												.
		402	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440			.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																									.	.
Query SS confidence																																									.	.
Query Sequence		P	P	D	I	L	G	P	L	G	Q	N	W	G	L	P	P	M	D	P	H	I	I	T	A	R	A	Y	E	P	F	I	E	L	L	R	A	N	M	Q	.	.	N	C	G	A	L	R	I	D	H	V	M	S	M	L	R	L	W	W	I	P	Y	G	E	T	A	D	Q	G	A	Y	V	H	Y	P	V	D	D	L	L
Query Conservation																																									.	.
Alig confidence																													.	.											.	.																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																													.	.																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		A	P	S	Y	F	T	D	R	F	S	S	A	W	G	M	G	L	D	Y	A	E	P	H	M	R	R	Y	.	.	V	T	G	N	A	R	M	W	L	R	D	Y	H	F	D	G	L	R	L	D	A	T	P	Y	M	T	D	D	S	E	T	H	I	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	L	T	E	L	A
Template Known Secondary structure			G	G	G								S	S	S					T	T	S							.	.															S					T	T	G	G	G					S	S	S			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																													.	.																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		229	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.			.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.														.	290	.	.	.
		480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		S	I	L	A	L	E	S	K	R	H	R	C	M	V	I	G	E	D	L	G	T	V	P	V	E	I	V
Query Conservation
Alig confidence			.	.
Template Conservation			.	.
Template Sequence		Q	.	.	E	I	H	E	L	G	G	T	H	L	L	L	A	E	D	H	R	N	L	P	D	L	V	T
Template Known Secondary structure			.	.				T	T		S									S	S			T
Template Predicted Secondary structure			.	.
Template SS confidence
		294			.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.

No model constructed - rank, confidence too low

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Kelley LA and Sternberg MJE. Nature Protocols 4, 363 - 371 (2009) [pdf] [Import into BibTeX]
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