Job Description P15977 Confidence 95.83% Date Thu Jan 5 11:34:58 GMT 2012 Rank 56 Aligned Residues 184 % Identity 24% Template c3edeB_ PDB info PDB header:hydrolase Chain: B: PDB Molecule:cyclomaltodextrinase; PDBTitle: structural base for cyclodextrin hydrolysis Resolution 1.71 Å

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		162	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		G	D	F	G	D	L	K	A	M	L	V	D	V	A	K	R	G	G	S	F	I	G	L	N	P	I	H	A	L	Y	P	A	N	P	E	S	A	S	P	Y	S	P	S	S	R	R	W	L	N	V	I	Y	I	D	V	N	A	V	E	D	F	H	L	S	E	E	A	Q	A	W	W	Q	L	P	T	T	Q	Q	T	L
Query Conservation
Alig confidence																														.																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																														.																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		G	D	I	R	G	T	I	D	H	L	D	Y	I	A	G	L	G	F	T	Q	L	W	P	T	P	L	V	E	.	N	D	A	A	A	Y	S	Y	H	G	Y	A	A	T	D	H	Y	R	I	D	P	R	Y	G	S	N	E	D	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure										T							T	T												.				S	S		G	G	G			S		S							T	T	T						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																														.																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		145	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.		.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200
		242	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		Q	Q	A	R	D	A	D	W	V	D	Y	S	T	V	T	A	L	K	M	T	A	L	R	M	A	W	K	G	F	A	Q	R	D	D	E	Q	M	A	A	F	R	Q	F	V	A	E	Q	G	D	S	L	F	W	Q	A	A	F	D	A	L	H	A	Q	Q	V	K	E	D	E	M	R	W	G	W	P	A	W	P	E	M
Query Conservation
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		322	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.					.	390	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																																					.	.	.	.
Query SS confidence																																																																					.	.	.	.
Query Sequence		Y	Q	N	V	D	S	P	E	V	R	Q	F	C	E	E	H	R	D	D	V	D	F	Y	L	W	L	Q	W	L	A	Y	S	Q	F	A	A	C	W	E	I	S	Q	G	Y	E	M	P	I	G	L	Y	R	D	L	A	V	G	V	A	E	G	G	A	E	T	W	C	.	.	.	.	D	R	E	L	Y	C	L	K	A
Query Conservation																																																																					.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																.	.					.													.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																.	.					.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	F	V	R	L	S	T	E	A	R	K	R	G	M	G	L	.	.	I	Q	D	V	.	V	L	S	H	I	G	K	H	H	W	W	M	K	D	L	P	T	P	D	W	I	N	Y	G	G
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.											T	T				.	.					.			S	B			T	T		G	G	G	G	S		S	S	T	T	S	B	G	G	G	G
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																.	.					.
Template SS confidence
																																			201	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.			.	.	.	.		220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.
		398	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.																	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440			.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																												.	.
Query SS confidence																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																												.	.
Query Sequence		S	V	G	A	P	P	D	I	L	G	P	L	G	Q	N	W	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	L	P	P	M	D	P	H	I	I	T	A	R	A	Y	E	P	F	I	E	L	L	R	A	N	M	Q	.	.	N	C	G	A	L	R	I	D	H	V	M	S	M	L	R	L	W	W	I
Query Conservation																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																												.	.
Alig confidence																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																.	.											.	.																		.	.
Template Conservation																																																	.	.																														.	.
Template Sequence		K	F	V	P	T	Q	H	H	R	V	A	V	Q	D	P	Y	A	A	Q	A	D	S	E	N	F	T	K	G	W	F	V	E	G	M	P	D	L	N	Q	T	N	P	L	V	A	N	Y	.	.	L	I	Q	N	N	I	W	W	I	E	Y	A	G	L	S	G	L	R	I	D	T	Y	G	Y	S	D	G	A	F	.	.
Template Known Secondary structure		S			B					G	G	G	G	S		T	T												S	B	S	S	T	T	S		B	B		T	T	S							.	.													T		S					S	S	G	G	G	S					.	.
Template Predicted Secondary structure																																																	.	.																														.	.
Template SS confidence
		245	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.			.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320
		460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		P	Y	G	E	T	A	D	Q	G	A	Y	V	H	Y	P	V	D	D	L	L	S	I	L	A	L	E	S	K	R	H	R	C	M	V	I	G	E	D	L	G	T	V	P	V	E	I	V
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.							.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.							.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	L	T	E	Y	T	R	.	.	R	L	M	A	E	Y	P	R	L	N	M	V	G	E	E	W	S	T	R	V	P	V	V	A
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.							.	.							T	T										S
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.							.	.
Template SS confidence
																	321	.	.	.	.	.			.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350

No model constructed - rank, confidence too low

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Kelley LA and Sternberg MJE. Nature Protocols 4, 363 - 371 (2009) [pdf] [Import into BibTeX]
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