Job Description P15977 Confidence 98.42% Date Thu Jan 5 11:34:58 GMT 2012 Rank 5 Aligned Residues 343 % Identity 15% Template c3amkA_ PDB info PDB header:transferase Chain: A: PDB Molecule:os06g0726400 protein; PDBTitle: structure of the starch branching enzyme i (bei) from oryza sativa l Resolution 1.90 Å

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		155	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.		.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.		200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.
Predicted Secondary structure																.																																.
Query SS confidence																.																																.
Query Sequence		S	E	K	N	W	G	I	G	D	F	G	D	L	K	.	A	M	L	V	D	V	A	K	R	G	G	S	F	I	G	L	N	P	I	H	A	L	Y	P	A	N	P	E	S	A	S	.	P	Y	S	P	S	S	R	R	W	L	N	V	I	Y	I	D	V	N	A	V	E	D	F	H	L	S	E	E	A	Q	A	W	W
Query Conservation																.																																.
Alig confidence																.																						.	.	.	.							.																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																						.	.	.	.																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		S	G	E	E	P	E	V	S	T	Y	R	E	F	A	D	N	V	L	P	R	I	R	A	N	N	Y	N	T	V	Q	L	M	A	I	M	E	.	.	.	.	H	S	Y	Y	A	S	F	G	Y	H	V	T	N	F	F	A	V	S	S	R	S	G	T	P	E	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure			S	S	S	S	S											T							T	T								S				.	.	.	.		S		G	G	G	T	T		S		S							G	G	G					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																						.	.	.	.																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		191	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.					.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.
		233	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		Q	L	P	T	T	Q	Q	T	L	Q	Q	A	R	D	A	D	W	V	D	Y	S	T	V	T	A	L	K	M	T	A	L	R	M	A	W	K	G	F	A	Q	R	D	D	E	Q	M	A	A	F	R	Q	F	V	A	E	Q	G	D	S	L	F	W	Q	A	A	F	D	A	L	H	A	Q	Q	V	K	E	D	E	M	R
Query Conservation
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		313	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.		.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.
Predicted Secondary structure																																																																				.
Query SS confidence																																																																				.
Query Sequence		W	G	W	P	A	W	P	E	M	Y	Q	N	V	D	S	P	E	V	R	Q	F	C	E	E	H	R	D	D	V	D	F	Y	L	W	L	Q	W	L	A	Y	S	Q	F	A	A	C	W	E	I	S	Q	G	Y	E	M	P	I	G	L	Y	R	D	L	A	V	G	.	V	A	E	G	G	A	E	T	W	C	D	R	E
Query Conservation																																																																				.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.														.	.											.											.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.														.	.																						.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	D	L	K	Y	L	V	D	K	A	H	S	L	G	.	.	L	R	V	L	M	D	V	V	H	S	H	A	S	N	N	V	T	D	G	L	N	.	.	.
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.												T	T	.	.										S						T	T	T	S	G	G	.	.	.
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.														.	.																						.	.	.
Template SS confidence
																																											252	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.			.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.
		392	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.					.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440			.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.						.	.	.	.	.	460
Predicted Secondary structure																						.	.	.	.																														.	.															.	.	.	.	.
Query SS confidence																						.	.	.	.																														.	.															.	.	.	.	.
Query Sequence		L	Y	C	L	K	A	S	V	G	A	P	P	D	I	L	G	P	L	G	Q	.	.	.	.	N	W	G	L	P	P	M	D	P	H	I	I	T	A	R	A	Y	E	P	F	I	E	L	L	R	A	N	M	Q	.	.	N	C	G	A	L	R	I	D	H	V	M	S	M	L	.	.	.	.	.	R	L	W	W	I	P
Query Conservation																						.	.	.	.																														.	.															.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.																			.	.	.	.																		.	.											.	.															.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.																																								.	.
Template Sequence		.	.	G	Y	D	V	G	Q	N	T	H	E	S	Y	F	H	T	G	D	R	G	Y	H	K	L	W	D	S	R	L	F	N	Y	A	N	W	E	V	L	R	F	.	.	L	L	S	N	L	R	Y	W	M	D	E	F	M	F	D	G	F	R	F	D	G	V	T	S	M	L	Y	H	H	H	G	I	N	K	G	F	T
Template Known Secondary structure		.	.	G	G		S	S			G	G	G	S	S	B			G	G	G	G			T	T	T	T				B		T	T	S							.	.															S					T	T						B	T	T	T	T	T	T
Template Predicted Secondary structure		.	.																																								.	.
Template SS confidence
				286	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.			.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.
		461	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.			.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.																							.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																								.	.																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																								.	.																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		Y	G	E	T	A	D	Q	G	A	Y	V	H	Y	P	V	D	D	L	L	S	I	L	.	.	A	L	E	S	K	R	H	R	C	M	V	I	G	E	D	L	G	T	V	P	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	V	E	I	V	G	K	L	R	S	S	G	V	Y	S
Query Conservation																								.	.																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																								.	.																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		G	N	Y	K	E	Y	F	S	L	D	T	D	V	D	A	I	V	Y	M	M	L	A	N	H	L	M	H	K	L	L	P	E	A	T	I	V	A	E	D	V	S	G	M	P	V	L	C	R	P	V	D	E	G	G	V	G	F	D	F	R	L	A	M	A	I	P	D	R	W	I	D	Y	L	K	N	K	E	D	R	K
Template Known Secondary structure		S						S	S	T	T	B																				T	T								S	S			T	T	T	T	S		G	G	G	T	S				S					T	T														G	G	G
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		362	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.
		517	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		Y	K	V	L	Y	F	E	N	D	H	E	K	T	F	R	A	P	K	A	Y	P	E	Q	S	M	A	V	A	A	T	H	D	L	P	T	L	R	G	Y	W	E	C	G	D	L	T	L	G	K	T	L	G	L	Y	P	D	E	V	V	L	R	G	L	Y	Q	D	R	E	L	A	K	Q	G	L	L	D	A	L	H	K
Query Conservation
Alig confidence																.	.	.	.	.																																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																.	.	.	.	.																																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		W	S	M	S	E	I	V	Q	T	L	T	N	R	R	.	.	.	.	.	Y	T	E	K	C	I	A	Y	A	E	S	H	D	D	K	T	I	A	F	L	L	M	D	K	E	M	Y	T	G	M	S	D	L	Q	P	A	S	P	T	I	N	R	G	I	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure														S		.	.	.	.	.	T	T	S				B		S														G	G	G					T	B	T	T	S											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																.	.	.	.	.																																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		442	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.						.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		597	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																																															.	.	.
Query SS confidence																																																																															.	.	.
Query Sequence		Y	G	C	L	P	K	R	A	G	H	K	A	S	L	M	S	M	T	P	T	L	N	R	G	L	Q	R	Y	I	A	D	S	N	S	A	L	L	G	L	Q	P	E	D	W	L	D	M	A	E	P	V	N	I	P	G	T	S	Y	Q	Y	K	N	W	R	R	K	L	S	A	T	L	E	S	M	F	A	D	.	.	.
Query Conservation																																																																															.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																									.	.																	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																									.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	A	L	Q	K	M	I	H	F	I	T	M	A	L	G	G	D	G	Y	L	N	F	M	G	N	E	F	G	H	P	E	W	I	D	F	P	R	E	G	N	N	.	.	W	S	Y	D	K	C	R	R	Q	W	S	L	V	D	T	D	H	L	R
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																S	S					T	T	G	G	G	T			S							G	G	G	T	.	.	S			T	T	S	S									T	T	B	S
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																									.	.
Template SS confidence
																					505	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.			.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.
			674	.	.	.	.	.	680	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.
Query SS confidence		.
Query Sequence		.	D	G	V	N	K	L	L	K	D	L	D	R	R	R	R	A
Query Conservation		.
Alig confidence		.
Template Conservation
Template Sequence		Y	K	Y	M	N	A	F	D	Q	A	M	N	A	L	E	E	E
Template Known Secondary structure
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		564	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580