Job Description P15977 Confidence 97.92% Date Thu Jan 5 11:34:58 GMT 2012 Rank 17 Aligned Residues 225 % Identity 17% Template c3a47A_ PDB info PDB header:hydrolase Chain: A: PDB Molecule:oligo-1,6-glucosidase; PDBTitle: crystal structure of isomaltase from saccharomyces cerevisiae Resolution 1.59 Å

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		148	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		V	Q	L	Y	T	L	R	S	E	K	N	W	G	I	G	D	F	G	D	L	K	A	M	L	V	D	V	A	K	R	G	G	S	F	I	G	L	N	P	I	H	A	L	Y	P	A	N	P	E	S	A	S	P	Y	S	P	S	S	R	R	W	L	N	V	I	Y	I	D	V	N	A	V	E	D	F	H	L	S	E	E
Query Conservation
Alig confidence																																													.	.	.	.																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																													.	.	.	.																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		I	Y	P	A	S	F	K	D	S	N	D	D	G	W	G	D	M	K	G	I	A	S	K	L	E	Y	I	K	E	L	G	A	D	A	I	W	I	S	P	F	Y	D	S	.	.	.	.	P	Q	D	D	M	G	Y	D	I	A	N	Y	E	K	V	W	P	T	Y	G	T	N	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure				G	G	G	S			S	S	S	S	S	S									T								T		S											.	.	.	.			T	T	T	T	S	S		S							T	T	T				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																													.	.	.	.																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		23	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.					.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.
		228	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		A	Q	A	W	W	Q	L	P	T	T	Q	Q	T	L	Q	Q	A	R	D	A	D	W	V	D	Y	S	T	V	T	A	L	K	M	T	A	L	R	M	A	W	K	G	F	A	Q	R	D	D	E	Q	M	A	A	F	R	Q	F	V	A	E	Q	G	D	S	L	F	W	Q	A	A	F	D	A	L	H	A	Q	Q	V	K
Query Conservation
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		308	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.		.	380	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																																									.
Query SS confidence																																																																									.
Query Sequence		E	D	E	M	R	W	G	W	P	A	W	P	E	M	Y	Q	N	V	D	S	P	E	V	R	Q	F	C	E	E	H	R	D	D	V	D	F	Y	L	W	L	Q	W	L	A	Y	S	Q	F	A	A	C	W	E	I	S	Q	G	Y	E	M	P	I	G	L	Y	R	D	L	A	V	G	.	V	A	E	G	G	A	E	T
Query Conservation																																																																									.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.															.	.											.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.															.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	E	D	C	F	A	L	I	E	K	T	H	K	L	G	.	.	M	K	F	I	T	D	L	V	I	N	H	C	S	S	E	H	E	W	F
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.													T	T	.	.										S	B			T	T	S
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.															.	.
Template SS confidence
																																															88	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.			.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120
																		387	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.																									.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	W	C	D	R	E	L	Y	C	L	K	A	S	V	G	A	P	P	D	I	L	G	P	L	G	Q	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	N	W	G	L	P	P	M	D	P	H	I	I	T	A	R
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.								.
Template Conservation																																																																										.
Template Sequence		K	E	S	R	S	S	K	T	N	P	K	R	D	W	F	F	W	R	P	P	K	G	Y	D	A	E	G	K	P	I	P	P	N	N	W	K	S	Y	F	G	G	S	A	W	T	F	D	E	K	T	Q	E	F	Y	L	R	L	F	C	S	T	Q	P	D	L	N	W	E	N	E	D	C	.	R	K	A	I	Y	E	S
Template Known Secondary structure					T	T		S	S	S	T	T	G	G	G	B						S				T	T	S					S	S		B	B		T	T	S	S	B	S					T	T	T	T						S	S	S	T	T			B	B		T	T					.
Template Predicted Secondary structure																																																																										.
Template SS confidence
		121	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.		.	.	.	.	.	.	.
		427	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.																	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490
Predicted Secondary structure																																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		A	Y	E	P	F	I	E	L	L	R	A	N	M	Q	N	C	G	A	L	R	I	D	H	V	M	S	M	L	R	L	W	W	I	P	Y	G	E	T	A	D	Q	G	A	Y	V	H	Y	P	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	V	D	D	L	L	S	I	L	A	L	E	S	K	R	H	R
Query Conservation																																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence									.	.	.	.	.	.																																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.							.	.
Template Conservation									.	.	.	.	.	.																																																										.	.
Template Sequence		A	V	G	Y	W	L	D	.	.	.	.	.	.	H	G	V	D	G	F	R	I	D	V	G	S	L	Y	S	K	V	V	G	L	P	D	A	P	V	V	D	K	N	S	T	W	Q	S	S	D	P	Y	T	L	N	G	P	R	I	H	E	F	H	Q	E	M	N	Q	F	I	R	.	.	N	R	V	K	D	G	R	E
Template Known Secondary structure			T						.	.	.	.	.	.	T	T							T	T	G	G	G	S				T	T									T	T		S	S	B							S	S		T	T														.	.				S	S
Template Predicted Secondary structure									.	.	.	.	.	.																																																										.	.
Template SS confidence
		200	.	.	.	.	.	.							.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.			.	.	.	.	.	.	270	.
		491	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		C	M	V	I	G	E	D	L	G	T	V	P	V	E	I	V	G	K	L	R	S	S	G	V	Y	S	Y	K	V	L	Y	F	E
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		I	M	T	V	G	E	M	Q	H	A	S	D	E	T	K	R	L	Y	T	S	A	S	R	H	E	L	S	E	L	F	N	F	S
Template Known Secondary structure																						G	G	G		S		S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		272	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.

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Kelley LA and Sternberg MJE. Nature Protocols 4, 363 - 371 (2009) [pdf] [Import into BibTeX]
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