Job Description P15977 Confidence 96.10% Date Thu Jan 5 11:34:58 GMT 2012 Rank 54 Aligned Residues 165 % Identity 16% Template c1jaeA_ PDB info PDB header:glycosidase Chain: A: PDB Molecule:alpha-amylase; PDBTitle: structure of tenebrio molitor larval alpha-amylase Resolution 1.65 Å

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		145	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.		.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.		200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.
Predicted Secondary structure																										.																																.
Query SS confidence																										.																																.
Query Sequence		G	A	C	V	Q	L	Y	T	L	R	S	E	K	N	W	G	I	G	D	F	G	D	L	K	.	A	M	L	V	D	V	A	K	R	G	G	S	F	I	G	L	N	P	I	H	A	L	Y	P	A	N	P	E	S	A	S	.	P	Y	S	P	S	S	R	R	W	L	N	V	I	Y	I	D	V	N	A	V	E	D	F
Query Conservation																										.																																.
Alig confidence												.	.	.	.	.	.	.	.	.						.																																.							.												.	.	.	.	.
Template Conservation												.	.	.	.	.	.	.	.	.																																													.												.	.	.	.	.
Template Sequence		N	S	I	V	H	L	F	E	W	K	.	.	.	.	.	.	.	.	.	W	N	D	I	A	D	E	C	E	R	F	L	Q	P	Q	G	F	G	G	V	Q	I	S	P	P	N	E	Y	L	V	A	D	G	R	P	W	W	E	R	Y	Q	P	V	S	.	Y	I	I	N	T	R	S	G	D	E	S	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure								T	T			.	.	.	.	.	.	.	.	.											T	T	T	T	T	T										S		B	B			T	T			G	G	G	G	G	S	B			.	S		S			T	T					.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure												.	.	.	.	.	.	.	.	.																																													.												.	.	.	.	.
Template SS confidence
		11	.	.	.	.	.	.	.	.	20										.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.		.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.
		223	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		H	L	S	E	E	A	Q	A	W	W	Q	L	P	T	T	Q	Q	T	L	Q	Q	A	R	D	A	D	W	V	D	Y	S	T	V	T	A	L	K	M	T	A	L	R	M	A	W	K	G	F	A	Q	R	D	D	E	Q	M	A	A	F	R	Q	F	V	A	E	Q	G	D	S	L	F	W	Q	A	A	F	D	A	L	H
Query Conservation
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		303	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		A	Q	Q	V	K	E	D	E	M	R	W	G	W	P	A	W	P	E	M	Y	Q	N	V	D	S	P	E	V	R	Q	F	C	E	E	H	R	D	D	V	D	F	Y	L	W	L	Q	W	L	A	Y	S	Q	F	A	A	C	W	E	I	S	Q	G	Y	E	M	P	I	G	L	Y	R	D	L	A	V	G	V	A	E	G
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.														.	.											.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.														.	.											.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	A	F	T	D	M	T	R	R	C	N	D	A	G	.	.	V	R	I	Y	V	D	A	V	I	N	.	H	M	T
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.												T	T	.	.										S	.	B
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.														.	.											.
Template SS confidence
																																																					76	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.			.	90	.	.	.	.	.	.	.	.		.	100	.
		383	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.																		.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.		.	.	.
Predicted Secondary structure																																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.															.
Query SS confidence																																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.															.
Query Sequence		G	A	E	T	W	C	D	R	E	L	Y	C	L	K	A	S	V	G	A	P	P	D	I	L	G	P	L	G	Q	N	W	G	L	P	P	M	D	P	H	I	I	T	A	R	A	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Y	E	P	F	I	E	L	L	R	A	N	M	Q	N	.	C	G	A
Query Conservation																																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.															.
Alig confidence																																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.															.
Template Conservation
Template Sequence		G	M	N	G	V	G	T	S	G	S	S	A	D	H	D	G	M	N	Y	P	A	V	P	Y	G	S	G	D	F	H	S	P	C	E	V	N	N	Y	Q	D	A	D	N	V	R	N	C	E	L	V	G	L	R	D	L	N	Q	G	S	D	Y	V	R	G	V	L	I	D	Y	M	N	H	M	I	D	L	G	V	A	G
Template Known Secondary structure		S	S				B	T	T	S				B	T	T	T	T	B	B	T	T	T	T	B		G	G	G	B					B				T	T								S	B	B	T	T	B		B	B		T	T	S																	T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		102	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.
		445	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		L	R	I	D	H	V	M	S	M	L	R	L	W	W
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		F	R	V	D	A	A	K	H	M	S	P	G	D	L
Template Known Secondary structure					T	T	G	G	G	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		182	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.

No model constructed - rank, confidence too low

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Please cite: Protein structure prediction on the web: a case study using the Phyre server
Kelley LA and Sternberg MJE. Nature Protocols 4, 363 - 371 (2009) [pdf] [Import into BibTeX]
© Structural Bioinformatics Group, Imperial College, London Lawrence Kelley, Benjamin Jefferys   Disclaimer Terms and Conditions