Job Description P77454 Confidence 97.54% Date Thu Jan 5 12:29:25 GMT 2012 Rank 16 Aligned Residues 252 % Identity 17% Template d1vqqa3 SCOP info beta-lactamase/transpeptidase-like beta-lactamase/transpeptidase-like beta-Lactamase/D-ala carboxypeptidase Resolution 1.80

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		6	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		K	L	Q	Q	A	V	D	Q	A	Y	T	Q	F	H	S	L	N	G	G	Q	N	A	D	Y	I	P	F	L	A	N	V	P	G	Q	L	A	A	V	A	I	V	T	C	D	G	N	V	Y	S	A	G	D	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation																																																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		K	V	Q	K	S	I	Y	N	N	M	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	K	N	D	Y	G	S	G	T	A	I	H	P	Q	T	G	E	L	L	A	L	V	S	T	P	S	Y	D	V	Y	P	F	M	Y	G	M	S	N	E	E	Y	N	K	L	T	E	D	K	K	E	P
Template Known Secondary structure												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	T	S	S								T	T	T	T									S				S																	T		T	T		T
Template Predicted Secondary structure												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		331	.	.	.	.	.	.	.	.	340																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390
						58	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100												.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.																																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.																																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	S	D	Y	R	F	A	L	E	S	I	S	K	V	C	T	L	A	L	A	L	E	D	V	G	P	Q	A	V	Q	D	K	I	G	A	D	P	T	G	L	P	F	N	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	V	I	A	L	E	L	H	G	G	K	P	L	S	P	L	V	N	A	G	A	I	A
Query Conservation		.	.	.	.																																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		L	L	N	K	F	Q	I	T	T	S	P	G	S	T	Q	K	I	L	T	A	M	I	G	L	N	N	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	K	T	L	D	D	K	T	S	Y	K	I	D	G	K	G	W	Q	K	D	K	S	W	G	G	Y	N	V	T	R	Y	E	V	V	N	G	N	I	D	L	K	Q	A	I	E
Template Known Secondary structure		T	S		T	T	T	S		B			G	G	G												T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	S	S		T	T							S	S				S	S	G	G	G	T	T						S	S
Template Predicted Secondary structure																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		391	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.											.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460
		123	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.			.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.		.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																.	.												.
Query SS confidence																.	.												.
Query Sequence		T	T	S	L	I	N	A	E	N	V	E	Q	R	W	.	.	Q	R	I	L	H	I	Q	Q	Q	L	A	.	G	E	Q	V	A	L	S	D	E	V	N	Q	S	E	Q	T	T	N	F	H	N	R	A	I	A	W	L	L	Y	S	A	G	Y	L	Y	C	D	A	M	E	A	C	D	V	Y	T	R	Q	C	S	T	L
Query Conservation																.	.												.
Alig confidence																.	.												.																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		S	S	D	N	I	F	F	A	R	V	A	L	E	L	G	S	K	K	F	E	K	G	M	K	K	L	G	V	G	E	D	I	P	S	D	Y	P	F	Y	N	A	Q	I	S	N	K	N	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	L	D	N	E	I	L	L	A	D	S	G	Y	G	Q	G	E	I	L
Template Known Secondary structure		T	T																								T	T	T	T	S					S	S						B	S		S	S		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.			S									T	T		S	S		B
Template Predicted Secondary structure																																																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		461	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.																.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.
		200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.												.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.			.	260	.	.	.
Predicted Secondary structure																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																											.	.						.	.	.
Query SS confidence																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																											.	.						.	.	.
Query Sequence		L	N	T	I	E	L	A	T	L	G	A	T	L	A	A	G	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	V	N	P	L	T	H	K	R	V	L	Q	A	D	N	V	P	Y	I	L	A	E	M	M	M	E	G	L	Y	G	R	S	G	D	W	A	Y	R	V	G	L	P	G	.	.	K	S	G	V	G	.	.	.
Query Conservation																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																											.	.						.	.	.
Alig confidence																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																										.																	.	.						.	.	.
Template Conservation																																																							.
Template Sequence		I	N	P	V	Q	I	L	S	I	Y	S	A	L	E	N	N	G	N	I	N	A	P	H	L	L	K	D	T	K	N	K	V	W	K	K	N	I	I	S	K	E	N	I	N	L	L	T	D	G	M	Q	Q	V	.	V	N	K	T	H	K	E	D	I	Y	R	S	Y	A	N	L	I	G	K	S	G	T	A	E	L	K
Template Known Secondary structure		B											G	G	G	T	T	T						B			T	T	S										S																.			T	T	T	T	T	T	T			T	T	S
Template Predicted Secondary structure																																																							.
Template SS confidence
		526	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.		.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.
						264	.	.	.	.	.	270	.			.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.									.	.
Query SS confidence		.	.	.	.									.	.
Query Sequence		.	.	.	.	G	G	I	L	A	V	V	P	.	.	G	V	M	G	I	A	A	F	S	P	P	L	D	E	D	G	N	S	V	R	G	Q	K	M	V	A	S	V	A	K	Q	L
Query Conservation		.	.	.	.									.	.
Alig confidence		.	.	.	.									.	.
Template Conservation
Template Sequence		G	R	Q	I	G	W	F	I	S	Y	D	K	D	N	P	N	M	M	M	A	I	N	V	K	D	V	Q	D	K	G	M	A	S	Y	N	A	K	I	S	G	K	V	Y	D	E	L
Template Known Secondary structure													T	T	S		S											T	T	T	T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		611	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.

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Kelley LA and Sternberg MJE. Nature Protocols 4, 363 - 371 (2009) [pdf] [Import into BibTeX]
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