Job Description P05804 Confidence 99.42% Date Thu Jan 5 10:58:55 GMT 2012 Rank 111 Aligned Residues 262 % Identity 20% Template d2j78a1 SCOP info TIM beta/alpha-barrel (Trans)glycosidases Family 1 of glycosyl hydrolase Resolution 1.65

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		309	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.																		.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.
Predicted Secondary structure																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		V	L	M	V	H	D	H	A	L	M	D	W	I	G	A	N	S	Y	R	T	S	H	Y	P	Y	A	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	E	E	M	L	D	W	A	D	E	H	G	I	V	V	I	D	E	T	A	A	V	G	F	N	L	S	L	G	I	G	F	E	A	G	N	K	P
Query Conservation																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																		.	.	.	.
Template Conservation																																																																														.	.	.	.
Template Sequence		N	R	W	K	E	D	I	E	I	I	E	K	L	G	V	K	A	Y	R	F	S	I	S	W	P	R	I	L	P	E	G	T	G	R	V	N	Q	K	G	L	D	F	Y	N	R	I	I	D	T	L	L	E	K	G	I	T	P	F	V	T	I	Y	H	W	D	L	P	F	A	L	Q	L	K	G	G	W	.	.	.	.
Template Known Secondary structure														T	T														S	T	T	S	S	S																				T	T									S	S			B					T	T	T	G	G	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																																																														.	.	.	.
Template SS confidence
		59	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.
		372	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.														.	.	.	420	.	.	.	.	.	.											.	.
Predicted Secondary structure																																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		K	E	L	Y	S	E	E	A	V	N	G	E	T	Q	Q	A	H	L	Q	A	I	K	E	L	I	A	R	D	K	N	H	P	S	V	V	M	W	S	I	A	N	E	P	D	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	R	P	Q	G	A	R	E	Y	F	A	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	P	L
Query Conservation																																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.																								.	.													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.																								.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	A	N	R	E	I	A	D	W	F	A	E	Y	S	R	V	L	F	E	N	F	G	D	R	.	.	V	K	N	W	I	T	L	N	E	P	W	V	V	A	I	V	G	H	L	Y	G	V	H	A	P	G	M	R	D	I	Y	V	A	F	R	A	V	H	N	L	L	R	A	H	A	R	A
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	G	S	T	T																	T	T	T	.	.																			T	S		S	S	T	T
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.																								.	.
Template SS confidence
										135	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.			.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.
		429	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.																																																				.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		A	E	A	T	R	K	L	D	P	T	R	P	I	T	C	V	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	N	V	M	F	C	D	A	H	T	D	T	I	S
Query Conservation																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		V	K	V	F	R	E	T	V	K	D	G	K	I	G	I	V	F	N	N	G	Y	F	E	P	A	S	E	K	E	E	D	I	R	A	V	R	F	M	H	Q	F	N	N	Y	P	L	F	L	N	P	I	Y	R	G	D	Y	P	E	L	V	L	E	F	A	R	E	Y	L	P	E	N	Y	K	D	D	M	S	E	I	Q
Template Known Secondary structure										T	T															S	S	S																S	T										S	S										G	G	G	S		T	T	G	G	G	G					T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		205	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.
		458	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.																			.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.		500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																.
Query SS confidence													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																.
Query Sequence		D	L	F	D	V	L	C	L	N	R	Y	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Y	G	W	Y	V	Q	S	G	D	L	E	T	A	E	K	V	L	E	K	E	L	L	A	W	Q	E	K	L	H	Q	P	.	I	I	I	T	E	Y	G	V	D	T	L	A	G	L	H	S	M	Y	T
Query Conservation													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																.
Alig confidence													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																.
Template Conservation
Template Sequence		E	K	I	D	F	V	G	L	N	Y	Y	S	G	H	L	V	K	F	D	P	D	A	A	K	V	S	F	V	E	R	D	L	P	K	T	A	M	G	W	E	I	V	P	E	G	I	Y	W	I	L	K	K	V	K	E	E	Y	N	P	P	E	V	Y	I	T	E	N	G	A	A	F	D	D	V	V	S	E	D	G	R
Template Known Secondary structure					S																T	T										S	S		B		T	T			B			T																	S															B		T	T	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		285	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.
				519	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.						.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.																																																									.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.																																																									.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	D	M	W	S	E	E	Y	Q	C	A	W	L	D	M	Y	H	R	V	F	D	R	V	S	A	V	V	G	E	Q	V	W	N	F	A	D	F	A	T	S	Q	G	I	L	R	V	G	G	N	K	K	G	I	F	T	R	D	.	.	.	.	.	R	K	P	K	S	A	A	F	L	L	Q	K	R
Query Conservation		.	.																																																									.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.																																				.	.	.																			.	.	.	.	.
Template Conservation																																							.	.	.
Template Sequence		V	H	D	Q	N	R	I	D	Y	L	K	A	H	I	G	Q	A	W	K	A	I	Q	E	G	V	P	L	K	G	Y	F	V	W	S	L	L	D	.	.	.	N	F	E	W	A	E	G	Y	S	K	R	F	G	I	V	Y	V	D	Y	S	T	Q	K	R	I	V	K	D	S	G	Y	W	Y	S	N	V
Template Known Secondary structure		B																						T	T											S	B		.	.	.				G	G	G	G	G	G					S					T	T	T	T
Template Predicted Secondary structure																																							.	.	.
Template SS confidence
		366	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.				.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.

No model constructed - rank, confidence too low

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Kelley LA and Sternberg MJE. Nature Protocols 4, 363 - 371 (2009) [pdf] [Import into BibTeX]
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