Job Description P05804 Confidence 99.52% Date Thu Jan 5 10:58:55 GMT 2012 Rank 104 Aligned Residues 249 % Identity 22% Template d1vffa1 SCOP info TIM beta/alpha-barrel (Trans)glycosidases Family 1 of glycosyl hydrolase Resolution 2.50

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		309	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.																	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.
Predicted Secondary structure																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		V	L	M	V	H	D	H	A	L	M	D	W	I	G	A	N	S	Y	R	T	S	H	Y	P	Y	A	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	E	E	M	L	D	W	A	D	E	H	G	I	V	V	I	D	E	T	A	A	V	G	F	N	L	S	L	G	I	G	F	E	A	G	N	K	P	K
Query Conservation																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																		.	.	.	.	.
Template Conservation																																																																													.	.	.	.	.
Template Sequence		E	L	Y	R	D	D	I	Q	L	M	T	S	L	G	Y	N	A	Y	R	F	S	I	E	W	S	R	L	F	P	E	E	N	K	F	N	E	D	A	F	M	K	Y	R	E	I	I	D	L	L	L	T	R	G	I	T	P	L	V	T	L	H	H	F	T	S	P	L	W	F	M	K	K	G	G	F	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure															T															S	B	T	T	B																			T	T									S	S			B						T	T	G	G	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																																																													.	.	.	.	.
Template SS confidence
		50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.
		373	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.																					.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.
Predicted Secondary structure																																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		E	L	Y	S	E	E	A	V	N	G	E	T	Q	Q	A	H	L	Q	A	I	K	E	L	I	A	R	D	K	N	H	P	S	V	V	M	W	S	I	A	N	E	P	D	T	R	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	P	Q	G	A	R	E	Y	F	A	P	L	A	E	A	T
Query Conservation																																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.																					.	.	.																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.																					.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	L	R	E	E	N	L	K	H	W	E	K	Y	I	E	K	V	A	E	L	L	.	.	.	E	K	V	K	L	V	A	T	F	N	E	P	M	V	Y	V	M	M	G	Y	L	T	A	Y	W	P	P	F	I	R	S	P	F	K	A	F	K	V	A	A	N	L	L	K	A	H	A	I	A	Y
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	G	S	G	G	G															T	.	.	.	T	T																			T	S		S	S	T	T
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.																					.	.	.
Template SS confidence
									125	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.				.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.
		433	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.																																						.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.														.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.														.	.	.	.	.	.
Query Sequence		R	K	L	D	P	T	R	P	I	T	C	V	N	V	M	F	C	D	A	H	T	D	T	I	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	D	L	F	D	V	L	C	L	N	R	Y	Y	.	.	.	.	.	.
Query Conservation																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.														.	.	.	.	.	.
Alig confidence																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.														.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		E	L	L	H	G	K	F	K	V	G	I	V	K	N	I	P	I	I	L	P	A	S	D	K	E	R	D	R	K	A	A	E	K	A	D	N	L	F	N	W	H	F	L	D	A	I	W	S	G	K	Y	R	G	V	F	K	T	Y	R	I	P	Q	S	D	A	D	F	I	G	V	N	Y	Y	T	A	S	E	V	R	H
Template Known Secondary structure					T	T	T	S														S	S	S	S															T															S	S											S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		195	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.
																		470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	W	Y	V	Q	S	G	D	L	E	T	A	E	K	V	L	E	K	E	L	L	A	W	Q	E	K	L	H	Q	P	I	I	I	T	E	Y	G	V	D	T	L	A	G	L	H	S	M	Y	T	D	M	W	S	E	E	Y	Q	C	A	W	L	D	M	Y
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																								.																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																									.																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		T	W	N	P	L	K	F	F	F	E	V	K	L	A	D	I	S	E	R	K	T	Q	M	G	W	S	V	Y	P	K	G	I	Y	M	A	L	K	K	A	.	S	R	Y	G	R	P	L	Y	I	T	E	N	G	I	A	T	L	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	D	D	E	W	R	V	E	F	I	I	Q	H
Template Known Secondary structure			S		G	G	G	T	T									S	S	S			T	T						T											.	G	G	G		S												S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																									.																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		275	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.		.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330												.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.
		534					.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.						.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure			.	.	.	.																																						.	.	.	.	.
Query SS confidence			.	.	.	.																																						.	.	.	.	.
Query Sequence		H	.	.	.	.	R	V	F	D	R	V	S	A	V	V	G	E	Q	V	W	N	F	A	D	F	A	T	S	Q	G	I	L	R	V	G	G	N	K	K	G	I	F	.	.	.	.	.	T	R	D	R	K	P	K	S	A	A	F	L	L	Q	K	R
Query Conservation			.	.	.	.																																						.	.	.	.	.
Alig confidence			.	.	.	.																				.	.	.																.	.	.	.	.
Template Conservation																										.	.	.
Template Sequence		L	Q	Y	V	H	K	A	I	E	D	G	L	D	V	R	G	Y	F	Y	W	S	F	M	D	.	.	.	N	Y	E	W	K	E	G	F	G	P	R	F	G	L	V	E	V	D	Y	Q	T	F	E	R	R	P	R	K	S	A	Y	V	Y	G	E	I
Template Known Secondary structure											T	T											S	B		.	.	.				G	G	G	T	T						S					T	T	T
Template Predicted Secondary structure																										.	.	.
Template SS confidence
		343	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.				.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.

No model constructed - rank, confidence too low

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Kelley LA and Sternberg MJE. Nature Protocols 4, 363 - 371 (2009) [pdf] [Import into BibTeX]
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