Job Description P05804 Confidence 99.37% Date Thu Jan 5 10:58:55 GMT 2012 Rank 118 Aligned Residues 260 % Identity 21% Template d1v02a_ SCOP info TIM beta/alpha-barrel (Trans)glycosidases Family 1 of glycosyl hydrolase Resolution 1.9

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		309	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.						330	.	.	.	.	.															.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																							.	.	.	.	.							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																							.	.	.	.	.							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		V	L	M	V	H	D	H	A	L	M	D	W	I	G	A	N	S	Y	R	T	S	.	.	.	.	.	H	Y	P	Y	A	E	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	E	M	L	D	W	A	D	E	H	G	I	V	V	I	D	E	T	A	A	V	G	F	N	L	S	L	G	I	G	F	E	A	G	N
Query Conservation																							.	.	.	.	.							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																							.	.	.	.	.							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																	.	.
Template Conservation																																																																																.	.
Template Sequence		H	M	Y	A	E	D	V	R	L	L	K	E	M	G	M	D	A	Y	R	F	S	I	S	W	P	R	I	L	P	K	G	T	L	A	G	G	I	N	E	K	R	V	E	Y	Y	N	K	L	I	D	L	L	L	E	N	G	I	E	P	Y	I	T	I	F	H	W	D	T	P	Q	A	L	V	D	A	Y	G	G	.	.
Template Known Secondary structure														T	T		S												S	T	T	S	S	S	T	T																				T	T									S	S			B									G	.	.
Template Predicted Secondary structure																																																																																.	.
Template SS confidence
		79	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.
		370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420
Predicted Secondary structure																																																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		K	P	K	E	L	Y	S	E	E	A	V	N	G	E	T	Q	Q	A	H	L	Q	A	I	K	E	L	I	A	R	D	K	N	H	P	S	V	V	M	W	S	I	A	N	E	P	D	T	R	P	Q	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation																																																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.																							.	.																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.																							.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	F	L	D	E	R	I	I	K	D	Y	T	D	F	A	K	V	C	F	E	K	F	G	.	.	K	T	V	K	N	W	L	T	F	N	E	P	E	T	F	C	S	V	S	Y	G	T	G	V	L	A	P	G	R	C	S	P	G	V	S	C	A	V	P	T	G	N	S	L	S	E	P
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	G	S	T																		T	.	.	T	T																			T	S			S	T	T		B			T	T	S		S	S	B		S	S		T	T	T
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.																							.	.
Template SS confidence
											157	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.			.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.
								421	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.																																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.																																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	A	R	E	Y	F	A	P	L	A	E	A	T	R	K	L	D	P	T	R	P	I	T	C	V	N	V	M	F	C	D	A	H	T	D	T	I	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation		.	.	.	.	.	.																																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.																																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		Y	I	V	A	H	N	L	L	R	A	H	A	E	T	V	D	I	Y	N	K	Y	H	K	G	A	D	G	R	I	G	L	A	L	N	V	F	G	R	V	P	Y	T	N	T	F	L	D	Q	Q	A	Q	E	R	S	M	D	K	C	L	G	W	F	L	E	P	V	V	R	G	D	Y	P	F	S	M	R	V	S	A	R
Template Known Secondary structure																							T		T	T	T															S	S	S	S																									S	S										G
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		226	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.
																457	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.																																									.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	D	L	F	D	V	L	C	L	N	R	Y	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Y	G	W	Y	V	Q	S	G	D	L	E	T	A	E
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		D	R	V	P	Y	F	K	E	K	E	Q	E	K	L	V	G	S	Y	D	M	I	G	I	N	Y	Y	T	S	T	F	S	K	H	I	D	L	S	P	N	N	S	P	V	L	N	T	D	D	A	Y	A	S	Q	E	T	K	G	P	D	G	N	A	I	G	P	P	T	G	N	A	W	I	N	M	Y	P	K	G	L	H
Template Known Secondary structure		G	G	S												T	T			S																		S	T	T					S	G	G	G	G	G						S	B		T	T	S		B	S	S		B		S	S	S	S		B			T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		306	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.
		483	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540					.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																												.	.	.	.
Query SS confidence																																																												.	.	.	.
Query Sequence		K	V	L	E	K	E	L	L	A	W	Q	E	K	L	H	Q	P	I	I	I	T	E	Y	G	V	D	T	L	A	G	L	H	S	M	Y	T	D	M	W	S	E	E	Y	Q	C	A	W	L	D	M	Y	H	R	V	F	D	R	V	.	.	.	.	S	A	V	V	G	E	Q	V	W	N	F	A	D	F	A	T	S	Q
Query Conservation																																																												.	.	.	.
Alig confidence											.	.	.																																															.	.	.	.														.	.	.
Template Conservation											.	.	.																																																																.	.	.
Template Sequence		D	I	L	M	T	M	K	N	K	.	.	.	Y	G	N	P	P	M	Y	I	T	E	N	G	M	G	D	I	D	K	G	D	L	P	K	P	V	A	L	E	D	H	T	R	L	D	Y	I	Q	R	H	L	S	V	L	K	Q	S	I	D	L	G	A	D	V	R	G	Y	F	A	W	S	L	L	D	.	.	.	N	F
Template Known Secondary structure											.	.	.	S																	S	S																														T	T											S	B		.	.	.
Template Predicted Secondary structure											.	.	.																																																																.	.	.
Template SS confidence
		386	.	.	.	390	.	.	.	.				.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.				.	.
		559	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.							.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																		.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																		.	.	.	.	.	.
Query Sequence		G	I	L	R	V	G	G	N	K	K	G	I	F	T	R	D	.	.	.	.	.	.	R	K	P	K	S	A	A	F	L	L	Q	K	R
Query Conservation																		.	.	.	.	.	.
Alig confidence																		.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		E	W	S	S	G	Y	T	E	R	F	G	I	V	Y	V	D	R	E	N	G	C	E	R	T	M	K	R	S	A	R	W	L	Q	E	F
Template Known Secondary structure			G	G	G	G	G	G					S					G	G	G	T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.

No model constructed - rank, confidence too low

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Kelley LA and Sternberg MJE. Nature Protocols 4, 363 - 371 (2009) [pdf] [Import into BibTeX]
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