Job Description P05804 Confidence 99.60% Date Thu Jan 5 10:58:55 GMT 2012 Rank 94 Aligned Residues 265 % Identity 21% Template d1ug6a_ SCOP info TIM beta/alpha-barrel (Trans)glycosidases Family 1 of glycosyl hydrolase Resolution 0.99

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		309	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.																		.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.
Predicted Secondary structure																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		V	L	M	V	H	D	H	A	L	M	D	W	I	G	A	N	S	Y	R	T	S	H	Y	P	Y	A	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	E	E	M	L	D	W	A	D	E	H	G	I	V	V	I	D	E	T	A	A	V	G	F	N	L	S	L	G	I	G	F	E	A	G	N	K	P
Query Conservation																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																		.	.	.	.
Template Conservation																																																																														.	.	.	.
Template Sequence		R	R	Y	E	E	D	I	A	L	M	Q	S	L	G	V	R	A	Y	R	F	S	V	A	W	P	R	I	L	P	E	G	R	G	R	I	N	P	K	G	L	A	F	Y	D	R	L	V	D	R	L	L	A	S	G	I	T	P	F	L	T	L	Y	H	W	D	L	P	L	A	L	E	E	R	G	G	W	.	.	.	.
Template Known Secondary structure															T														S	T	T	S	S	S																				T	T									S	S			B					T	T	T	G	G	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																																																														.	.	.	.
Template SS confidence
		57	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.
		372	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.														.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.											.
Predicted Secondary structure																																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		K	E	L	Y	S	E	E	A	V	N	G	E	T	Q	Q	A	H	L	Q	A	I	K	E	L	I	A	R	D	K	N	H	P	S	V	V	M	W	S	I	A	N	E	P	D	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	R	P	Q	G	A	R	E	Y	F	A	P	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	L
Query Conservation																																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.																								.	.													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.																								.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	R	S	R	E	T	A	F	A	F	A	E	Y	A	E	A	V	A	R	A	L	A	D	R	.	.	V	P	F	F	A	T	L	N	E	P	W	C	S	A	F	L	G	H	W	T	G	E	H	A	P	G	L	R	N	L	E	A	A	L	R	A	A	H	H	L	L	L	G	H	G	L	A
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	G	S																			T	T	T	.	.																			T	S		S	S	T	T
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.																								.	.
Template SS confidence
										133	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.			.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.
		429	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.																																											.	.	460	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		A	E	A	T	R	K	L	D	P	T	R	P	I	T	C	V	N	V	M	F	C	D	A	H	T	D	T	I	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	D	L	F	D	V	L	C	L	N
Query Conservation																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		V	E	A	L	R	A	A	G	A	R	R	V	G	I	V	L	N	F	A	P	A	Y	G	E	D	P	E	A	V	D	V	A	D	R	Y	H	N	R	F	F	L	D	P	I	L	G	K	G	Y	P	E	S	P	F	R	D	P	P	P	V	P	I	L	S	R	D	L	E	L	V	A	R	P	L	D	F	L	G	V	N
Template Known Secondary structure								T	T		S														S													T								T	T	S		S		S			S	S	S								T	T						T				S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		203	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.
		467	.																			.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.			.	.
Predicted Secondary structure				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																									.	.
Query SS confidence				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																									.	.
Query Sequence		R	Y	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Y	G	W	Y	V	Q	S	G	D	L	E	T	A	E	K	V	L	E	K	E	L	L	A	W	Q	E	K	L	H	Q	P	I	I	I	T	E	Y	G	V	D	T	L	A	G	L	H	S	M	Y	T	D	M	W	S	E	E	.	.	Y	Q
Query Conservation				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																									.	.
Alig confidence				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																									.	.
Template Conservation
Template Sequence		Y	Y	A	P	V	R	V	A	P	G	T	G	T	L	P	V	R	Y	L	P	P	E	G	P	A	T	A	M	G	W	E	V	Y	P	E	G	L	Y	H	L	L	K	R	L	G	R	E	V	P	W	P	L	Y	V	T	E	N	G	A	A	Y	P	D	L	W	T	G	E	A	V	V	E	D	P	E	R	V	A	Y	L
Template Known Secondary structure			S										S	S	S								S	S		B		T	T			B																		S	S																S	S		S	S	B
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		283	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.
		527	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.						.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590
Predicted Secondary structure																																																		.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																		.	.	.	.	.
Query Sequence		C	A	W	L	D	M	Y	H	R	V	F	D	R	V	S	A	V	V	G	E	Q	V	W	N	F	A	D	F	A	T	S	Q	G	I	L	R	V	G	G	N	K	K	G	I	F	T	R	D	.	.	.	.	.	R	K	P	K	S	A	A	F	L	L	Q	K	R	W	T	G
Query Conservation																																																		.	.	.	.	.
Alig confidence																													.	.	.																			.	.	.	.	.
Template Conservation																													.	.	.
Template Sequence		E	A	H	V	E	A	A	L	R	A	R	E	E	G	V	D	L	R	G	Y	F	V	W	S	L	M	D	.	.	.	N	F	E	W	A	F	G	Y	T	R	R	F	G	L	Y	Y	V	D	F	P	S	Q	R	R	I	P	K	R	S	A	L	W	Y	R	E	R	I	A	R
Template Known Secondary structure															T											S	B		.	.	.				G	G	G	G	G	G	S				S					T	T	T	T					B
Template Predicted Secondary structure																													.	.	.
Template SS confidence
		363	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.				390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.

No model constructed - rank, confidence too low

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Kelley LA and Sternberg MJE. Nature Protocols 4, 363 - 371 (2009) [pdf] [Import into BibTeX]
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