Job Description P05804 Confidence 99.44% Date Thu Jan 5 10:58:55 GMT 2012 Rank 108 Aligned Residues 261 % Identity 18% Template d1pbga_ SCOP info TIM beta/alpha-barrel (Trans)glycosidases Family 1 of glycosyl hydrolase Resolution 2.30

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		309	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.																		.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.
Predicted Secondary structure																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		V	L	M	V	H	D	H	A	L	M	D	W	I	G	A	N	S	Y	R	T	S	H	Y	P	Y	A	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	E	E	M	L	D	W	A	D	E	H	G	I	V	V	I	D	E	T	A	A	V	G	F	N	L	S	L	G	I	G	F	E	A	G	N	K	P
Query Conservation																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																		.	.	.	.
Template Conservation																																																																														.	.	.	.
Template Sequence		H	K	Y	P	V	D	L	E	L	A	E	E	Y	G	V	N	G	I	R	I	S	I	A	W	S	R	I	F	P	T	G	Y	G	E	V	N	E	K	G	V	E	F	Y	H	K	L	F	A	E	C	H	K	R	H	V	E	P	F	V	T	L	H	H	F	D	T	P	E	A	L	H	S	N	G	D	F	.	.	.	.
Template Known Secondary structure														T	T														S	T	T	S	S	S	S																				T									S	S			B						T	T	G	G	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																																																														.	.	.	.
Template SS confidence
		54	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		372	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.															.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.													.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.													.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		K	E	L	Y	S	E	E	A	V	N	G	E	T	Q	Q	A	H	L	Q	A	I	K	E	L	I	A	R	D	K	N	H	P	S	V	V	M	W	S	I	A	N	E	P	D	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	R	P	Q	G	A	R	E	Y	F	A	P	L	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation																																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.													.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.																							.	.	.													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.													.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.																							.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	L	N	R	E	N	I	E	H	F	I	D	Y	A	A	F	C	F	E	E	F	P	E	.	.	.	V	N	Y	W	T	T	F	N	E	I	G	P	I	G	D	G	Q	Y	L	V	G	K	F	P	P	G	I	K	Y	D	L	A	K	V	F	Q	S	H	H	N	M	M	V	S	H	A	R
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	G	S	T																		T	T	.	.	.								S											T	S			S	T	T				S
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.																							.	.	.
Template SS confidence
										130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.				.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.
			429	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	A	E	A	T	R	K	L	D	P	T	R	P	I	T	C	V	N	V	M	F	C	D	A	H	T	D	T	I	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation		.																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		A	V	K	L	Y	K	D	K	G	Y	K	G	E	I	G	V	V	H	A	L	P	T	K	Y	P	Y	D	P	E	N	P	A	D	V	R	A	A	E	L	E	D	I	I	H	N	K	F	I	L	D	A	T	Y	L	G	H	Y	S	D	K	T	M	E	G	V	N	H	I	L	A	E	N	G	G	E	L	D	L	R	D
Template Known Secondary structure									T	T		S	S														S	S	T	T																T									T	S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		199	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.
												458	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.																									.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.			.	.	500	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																														.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																														.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	D	L	F	D	V	L	C	L	N	R	Y	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Y	G	W	Y	V	Q	S	G	D	L	E	T	A	E	K	V	L	E	K	E	L	L	A	W	Q	E	K	L	H	.	.	Q	P	I	I
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																														.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																														.	.
Template Conservation
Template Sequence		E	D	F	Q	A	L	D	A	A	K	D	L	N	D	F	L	G	I	N	Y	Y	M	S	D	W	M	Q	A	F	D	G	E	T	E	I	I	K	Y	Q	I	K	G	V	G	R	R	V	A	P	D	Y	V	P	R	W	I	I	Y	P	E	G	L	Y	D	Q	I	M	R	V	K	N	D	Y	P	N	Y	K	K	I	Y
Template Known Secondary structure											T	T										S													B		.					T	T	T							T	T			.					T															T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		279	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.
		502	.	.	.	.	.	.	.	510		.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.						.	.	.	.
Predicted Secondary structure											.																																																														.	.	.	.	.
Query SS confidence											.																																																														.	.	.	.	.
Query Sequence		I	T	E	Y	G	V	D	T	L	.	A	G	L	H	S	M	Y	T	D	M	W	S	E	E	Y	Q	C	A	W	L	D	M	Y	H	R	V	F	D	R	V	S	A	V	V	G	E	Q	V	W	N	F	A	D	F	A	T	S	Q	G	I	L	R	V	G	G	N	K	K	G	I	F	.	.	.	.	.	T	R	D	R
Query Conservation											.																																																														.	.	.	.	.
Alig confidence											.																																												.	.	.																.	.	.	.	.
Template Conservation																																																							.	.	.
Template Sequence		I	T	E	N	G	L	G	Y	K	D	E	F	V	D	N	T	V	Y	D	D	G	R	I	D	Y	V	K	Q	H	L	E	V	L	S	D	A	I	A	D	G	A	N	V	K	G	Y	F	I	W	S	L	M	D	.	.	.	V	F	S	W	S	N	G	Y	E	K	R	Y	G	L	F	Y	V	D	F	D	T	Q	E	R
Template Known Secondary structure									B						T	T																								T	T											S	B		.	.	.			B	T	T	T	B	T	T	S	B			S					T	T	T	T
Template Predicted Secondary structure																																																							.	.	.
Template SS confidence
		373	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.				.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		576	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		K	P	K	S	A	A	F	L	L	Q	K	R
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		Y	P	K	K	S	A	H	W	Y	K	K	L
Template Known Secondary structure
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.

No model constructed - rank, confidence too low

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Kelley LA and Sternberg MJE. Nature Protocols 4, 363 - 371 (2009) [pdf] [Import into BibTeX]
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