Job Description P05804 Confidence 99.16% Date Thu Jan 5 10:58:55 GMT 2012 Rank 141 Aligned Residues 266 % Identity 20% Template d1e4mm_ SCOP info TIM beta/alpha-barrel (Trans)glycosidases Family 1 of glycosyl hydrolase Resolution 1.2

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		309	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.																				.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		V	L	M	V	H	D	H	A	L	M	D	W	I	G	A	N	S	Y	R	T	S	H	Y	P	Y	A	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	E	E	M	L	D	W	A	D	E	H	G	I	V	V	I	D	E	T	A	A	V	G	F	N	L	S	L	G	I	G	F	E	A	G	N
Query Conservation																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																		.	.
Template Conservation																																																																																.	.
Template Sequence		S	Y	W	Q	K	D	I	D	V	L	D	E	L	N	A	T	G	Y	R	F	S	I	A	W	S	R	I	I	P	R	G	K	R	S	R	G	V	N	E	K	G	I	D	Y	Y	H	G	L	I	S	G	L	I	K	K	G	I	T	P	F	V	T	L	F	H	W	D	L	P	Q	T	L	Q	D	E	Y	E	G	.	.
Template Known Secondary structure															T		S													T	T	S	S	G	G	G																				T	T									S	S			B									G	.	.
Template Predicted Secondary structure																																																																																.	.
Template SS confidence
		77	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.
		370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		K	P	K	E	L	Y	S	E	E	A	V	N	G	E	T	Q	Q	A	H	L	Q	A	I	K	E	L	I	A	R	D	K	N	H	P	S	V	V	M	W	S	I	A	N	E	P	D	T	R	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation																																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.																									.	.														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.																									.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	F	L	D	P	Q	I	I	D	D	F	K	D	Y	A	D	L	C	F	E	E	F	G	D	S	.	.	V	K	Y	W	L	T	I	N	Q	L	Y	S	V	P	T	R	G	Y	G	S	A	L	D	A	P	G	R	C	S	P	T	V	D	P	S	C	Y	A	G	N	S	S	T	E	P
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	G	S	T																		T	T	T	.	.								S		T	T								T	S		S	S	T	T					T	T	T		T	T		S	S			T	T	T
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.																									.	.
Template SS confidence
											155	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.			.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.
					418	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460
Predicted Secondary structure		.	.	.																																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.																																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	P	Q	G	A	R	E	Y	F	A	P	L	A	E	A	T	R	K	L	D	P	T	R	P	I	T	C	V	N	V	M	F	C	D	A	H	T	D	T	I	S	D	L	F	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation		.	.	.																																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.																																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		Y	I	V	A	H	H	Q	L	L	A	H	A	K	V	V	D	L	Y	R	K	N	Y	T	H	Q	G	G	K	I	G	P	T	M	I	T	R	W	F	L	P	Y	N	D	T	D	R	H	S	I	A	A	T	E	R	M	K	E	F	F	L	G	W	F	M	G	P	L	T	N	G	T	Y	P	Q	I	M	I	D	T	V
Template Known Secondary structure																							S	G	G	G																S	S	T	T																T										S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		224	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.
																					461	.	.	.	.	.	.	.																																											.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	D	V	L	C	L	N	R	Y	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Y	G	W	Y	V	Q	S	G	D	L	E
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		G	E	R	L	P	S	F	S	P	E	E	S	N	L	V	K	G	S	Y	D	F	L	G	L	N	Y	Y	F	T	Q	Y	A	Q	P	S	P	N	P	V	N	S	T	N	H	T	A	M	M	D	A	G	A	K	L	T	Y	I	N	A	S	G	H	Y	I	G	P	L	F	E	K	D	K	A	D	S	T	D	N	I	Y
Template Known Secondary structure		G	G	G	S												T	T			S	S																		T	T	S	T	T			G	G	G	G	G						S	B		T	T	S		B		S	S						S	S		G	G	G
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		304	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.
		480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.		500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.			.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.		.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																						.																										.	.															.
Query SS confidence																						.																										.	.															.
Query Sequence		T	A	E	K	V	L	E	K	E	L	L	A	W	Q	E	K	L	H	Q	P	.	I	I	I	T	E	Y	G	V	D	T	L	A	G	L	H	S	M	Y	T	D	M	W	S	E	E	.	.	Y	Q	C	A	W	L	D	M	Y	H	R	V	F	D	.	R	V	S	A	V	V	G	E	Q	V	W	N	F	A	D	F	A
Query Conservation																						.																										.	.															.
Alig confidence																						.																										.	.															.																.	.
Template Conservation																																																																																.	.
Template Sequence		Y	Y	P	K	G	I	Y	S	V	M	D	Y	F	K	N	K	Y	Y	N	P	L	I	Y	V	T	E	N	G	I	S	T	P	G	D	E	N	R	N	Q	S	M	L	D	Y	T	R	I	D	Y	L	C	S	H	L	C	F	L	N	K	V	I	K	E	K	D	V	N	V	K	G	Y	L	A	W	A	L	G	D	.	.
Template Known Secondary structure				T														T	T	S														T	T	S																																									S	B		.	.
Template Predicted Secondary structure																																																																																.	.
Template SS confidence
		384	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.
		556	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.							.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590
Predicted Secondary structure																		.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																		.	.	.	.	.	.
Query Sequence		T	S	Q	G	I	L	R	V	G	G	N	K	K	G	I	F	.	.	.	.	.	.	T	R	D	R	K	P	K	S	A	A	F	L	L	Q	K	R	W	T	G
Query Conservation																		.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.																.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.
Template Sequence		.	N	Y	E	F	N	K	G	F	T	V	R	F	G	L	S	Y	I	D	W	N	N	V	T	D	R	D	L	K	K	S	G	Q	W	Y	Q	S	F	I	S	P
Template Known Secondary structure		.			B	T	T	T	B	T	S					S					T	T
Template Predicted Secondary structure		.
Template SS confidence
			462	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.

No model constructed - rank, confidence too low

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Kelley LA and Sternberg MJE. Nature Protocols 4, 363 - 371 (2009) [pdf] [Import into BibTeX]
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